紹興和議後，張俊還有滋有味的賴在樞密使的位子上。秦檜讓御史彈劾他，將其舊部將譬爲大小兒子：“大男楊存中握兵於行在，小男田師中用兵於上流，他日變生，禍不可測。”張俊只得乖乖提出辭呈。好在高宗說他有復辟之功，無謀反之事，同意他辭位，與秦檜演完了第二次削兵權最後一場雙簧戲。從此以後，南宋政局重新迴歸重文輕武、以文抑武的舊軌。攆走了張俊，再也沒人能與秦檜分庭抗禮，紹興和議的附文又規定宋朝不能無故罷免首相，自此開始了秦檜獨相專政的黑暗年代。
自紹興八年(1138年)將趙鼎排擠出朝起，到紹興二十五年去世爲止，秦檜獨相長達十七年之久，地位始終未見動搖。除對金和議上，高宗引爲同調這一因素以外，作爲一代權相，他自有一套鞏固權位的手段與陰謀。這裏，不妨從打擊政敵、引用親黨、控制君主三方面作一介紹。
首先來說打擊政敵。秦檜製造冤獄、整治政敵的殘酷程度，可謂是不擇手段。他尤其將趙鼎、李光、胡銓視爲眼中釘，必欲置之死地而後快。
趙鼎在朝野頗有聲望，也受高宗器重，秦檜將其視作莫大威脅。紹興八年，趙鼎罷相，出知紹興府，秦檜不久讓他改知泉州，將他打發的遠遠的，免得高宗把他隨時召入行在，東山再起。秦檜還不放心，將其一貶再貶，潮州安置。趙鼎在潮五年，緘口不談國事，秦檜再將他編管吉陽軍(今海南崖縣)。趙鼎謝表說：“白首何歸，悵餘生之無幾;丹心未泯，誓九死以不移”，秦檜見後悻悻說：“此老倔強猶昔!”
趙鼎在宜陽軍三年，門人故吏都不敢通問，只有廣西安撫使張宗元還過海送些酒米。秦檜就讓吉陽軍每月向朝廷報告趙鼎生死的消息。趙鼎知道秦檜決不會放過他，便對兒子說：“秦檜必欲殺我。我死，你們無事;否則，禍及全家。”紹興十七年八月絕食而死。但秦檜並沒有就此結束對趙家與所謂趙鼎餘黨的迫害。
李光罷政後出知紹興府。紹興十一年，和議將成，紹興府百姓連日遊行抗議，諫議大夫万俟禼誣陷說是李光鼓動的，將其押送藤州(今廣西藤縣)安置。藤州知州周謀表面與李光詩歌唱和，背地裏卻把他抨擊和議的篇什送給秦檜。李光再以所謂“動搖國論”被安置瓊州(今海南海口)，一家都受到株連。
李光罷官後曾札記過一些宦海見聞，這在宋代士大夫中原是常事。但從紹興十四年起，秦檜與高宗唯恐民間私史記下他們的卑劣行徑，一再下令查禁野史。紹興十九年，李光之子李孟堅與其父門客閒談起此事，不料這門客賣主求榮，孟堅入獄，除名編管峽州。李光也因私撰國史，與胡銓賦詩唱和譏訕朝政，遠徙昌化軍(今海南新州)。
胡銓曾在紹興八年請斬秦檜，被編管昭州(今廣西樂平)，不久迫於公論，將其處分改爲監廣州鹽倉。但這筆帳，秦檜不會輕易了結。紹興十二年，秦檜死黨羅汝楫上章要求嚴懲，胡銓再次被除名勒停，編管新州(今廣東新興)。詞人張元幹以一闋《賀新郎·夢繞神州路》爲他壯行。胡銓在新州六年，遇到大赦也不準量移近便州郡。
紹興十八年，秦檜的表兄王鈇接任廣東經略使，問新州守臣：趙鼎、李光都遠徙海南，胡銓爲什麼還不過海?一句話，就把胡銓貶到吉陽軍。三年後，秦檜知道張元幹知道有那首詞，便以他事將其投入大理寺獄，因抓不到更多的把柄，將其除去官職了事。
在引用親黨上，秦檜也工於心計。
其一，控制檯諫，操縱言路。秦檜當過御史中丞，深知爲了專擅政局、遏制輿論、排斥異己，不能僅憑君主寵信，還必須使臺諫完全成爲相權的喉舌與鷹犬。秦檜弄權的關鍵一步即是“擇人爲臺諫”，自獨相後，他基本左右了臺諫系統，以至在金朝毀約南侵時，竟沒有一個臺諫官出來譴責和議的失敗。紹興和議以後，臺諫便成爲其指東不西的鷹犬，不少彈章都出自他的手筆或授意。以至識者都說：這是老秦之筆。
其二，彈去執政，補以言官。臺諫只要充當鷹犬，不須二三年，秦檜就讓他位至執政。通過這種一箭雙鵰的手段，秦檜既使執政不可能進而覬覦其獨攬的相權，又能將執政顯位作爲網羅臺諫的誘餌。
秦檜的同鄉巫伋也這樣當上了執政，有一次秦檜問他鄉里有何新鮮事，他吞吞吐吐，說有一術士自鄉里來，頗能論命，秦檜立時作色說：“這人說你何日拜相罷!”不久，巫伋就遭到臺諫論劾而被罷政。
秦檜獨相十七年，執政如走馬燈似的更換了二十八人，其中由御史中丞、諫議大夫升爲執政的即有十二人。唆使言官彈去執政而補其空闕，而臺諫之權盡在秦檜，便於他把相權和監察權都牢牢掌握在自己手中。
其三，引薦柔佞，檢汰異己。不論臺諫，還是執政，抑或其他要職，秦檜都引用柔佞而無名望的小人。柔佞就沒有獨立的人格，最適合做鷹犬;無名望就不能擁有與他相抗衡的實力，有利於他的獨相與專政。秦檜獨相期間的數十個執政，十有八九都是這樣的角色，不過是備員畫圈而已。但秦檜一旦認爲誰與自己立異，就毫不手軟的汰除異己。最典型的例子是万俟禼。
万俟禼曾是秦檜最忠實的走狗，紹興和議後當上了參知政事。万俟禼出使金國還朝，秦檜讓他上奏時假借金人之口讚揚自己，他自以爲已位至執政，想自立門戶，拒絕了這一要求。還有一次，秦檜要任命一批親黨，派人讓他畫圈，他說沒聽皇上提起過，拒絕署名。秦檜自此與他不交一語，讓臺諫彈劾他“黷貨營私，窺搖國是”，把他貶到歸州(今湖北秭歸)。
最後說說秦檜控制高宗的手段。
其一，每除言路，必預經筵。秦檜破壞臺諫官不兼經筵官的制度，利用經筵官經常侍講君側的職任之便，讓臺諫兼任經筵，以達到交通臺諫和窺伺君主的雙重目的。他讓其兄秦梓，其子秦熺相繼任職經筵，傳導風旨給那些兼任經筵的臺諫官，打算彈劾誰，就在經筵侍對時轉告或暗示，經筵一退，彈文即上。高宗並非任人擺佈的庸主，秦檜擔心他接近儒生，受到影響，讓甘充鷹犬的臺諫悉兼經筵，一來起到隔絕高宗的作用，二來可以窺察人主的動向。
其二，聯姻外戚，結交內臣。高宗原配邢氏被擄至北方，韋太后南歸才帶來其死訊。秦檜積極建議立吳氏，吳氏正位中宮以後對他自然感激。秦檜趁熱打鐵，把自己孫女嫁給吳皇后之弟吳益。秦檜死後，其子孫無一遭到貶謫，與吳皇后的庇護大有關係。秦檜還交結內侍張去爲，他曾是韋太后跟前的紅人，後來當上內侍省的都知，秦檜倚靠他刺探宮中消息。
御醫王繼先深得高宗寵信，甚至把恢復性能力的事兒都一手交給他辦，秦檜讓妻子王氏與繼先認爲兄妹，以便通過繼先影響高宗。高宗曾說：秦檜是國之司命，王繼先是朕之司命。再加上張去爲是後宮管家，秦檜與這兩人暗中勾結，互爲表裏。一方面對高宗的動向意願瞭如指掌，便於應對，一方面通過他們影響高宗的好惡，鞏固自己的權位。
對秦檜擅權專政，高宗是瞭然於胸的，但一方面爲維持對金和議，他與秦檜必須狼狽爲奸，另一方面金朝規定不能任意罷免首相，他對秦檜尾大不掉之勢也無可奈何。因而高宗對秦檜是既勾結利用，又疑忌猜防。
高宗不僅對秦檜任用親黨採取眼開眼閉的態度，還在紹興十五年特賜望仙橋甲第一區，次年特許他在府第之東營建家廟，讓他享受罕見的禮遇。爲滿足秦檜的貪慾，高宗將劉光世在建康的第宅園林轉到秦檜的名下，還把面積千餘頃、年租三萬石的永豐圩賜給秦檜。但另一方面，高宗對秦檜又時刻提防着，據其後來自稱，他每次接見秦檜，膝褲裏總藏着匕首，以防不測。
高宗對秦檜隱忍的同時，也會在適當時機以適當方式表達君威莫測。紹興二十四年省試，經秦檜授意，已定其長孫秦壎第一，其門客曹冠第二，張孝祥第三。誰知殿試時，高宗打破慣例，稱讚張孝祥“議論確正，詞翰爽美”，親擢爲第一，把秦壎降爲第三。高宗此舉，意在向專橫跋扈的秦檜表明：皇權仍是不可侵犯的。
秦檜則預感到自己的權位受到了挑釁，在他看來，張孝祥之父張祁與胡寅爲知交，而胡寅這時正以譏訕朝政安置新州，這表明這些政敵即便遠斥，仍能使故人之子中狀元，更有必要實施毀滅性的打擊。
紹興二十五年，秦檜捏造了一起“謀大逆”的大案。八月，他指使臺諫誣稱故相趙鼎之子趙汾必有“奸謀密計”，將其逮捕入獄，嚴刑逼供，勒令他承認與胡寅、李光等“謀大逆”，以張浚爲“謀主”，涉案五十三人，都是秦檜視爲眼中釘的“一時賢士”。獄成以後，大理寺請秦檜簽押，他已病重的不能署名，這一大案纔不了了之。
紹興二十五年十月，秦檜知道來日無多，加緊策劃讓其子秦熺繼承相位。秦熺是秦檜妻兄王喚的庶子，秦檜養爲己子。紹興十二年，因秦檜的關係，成爲科考榜眼，才六年就位至知樞密院事，時無右相，立班僅在秦檜之下。秦檜兩次上表請辭相位，高宗爲了穩住秦檜父子，下詔不允。
十月二十一日，高宗親臨秦府探病，明表恩寵而暗探虛實，秦檜勉強朝服相見，高宗知道他將不久於人世。秦熺在一旁迫不及待的發問：“代居宰相者爲誰?”高宗冷冷說：“此事卿不當與!”回宮當日，高宗就命起草秦檜父子致仕的制詞，而秦檜的親黨也正準備聯名上書，準備讓秦熺當宰相。次日，高宗宣佈秦檜進封建康郡王，秦熺升爲少師同時致仕，秦檜之孫秦壎與秦堪一併免官。得知一門被罷，秦檜當夜病情急劇惡化，一命嗚呼。
高宗的隱忍終於出頭了，他舒心地對楊存中說：我今日纔不必在這膝褲裏藏上匕首。他“更化”的第一條措施就是親自任命臺諫，削弱秦檜勢力。湯鵬舉成爲高宗最倚重的御史，此人原來追隨秦檜，因得罪了秦熺的妻兄曹泳，在秦檜死前數月被劃出了死黨的圈子。回朝以後，他在短短一年半里劾罷秦檜黨羽不下百人。
高宗“更化”的第二條措施就是改變獨相局面，相位暫時空缺。秦檜去世以後的半年多裏，高宗沒有任命過新宰相，旨在結束相權陵忽君權的格局。他先後讓沈該、湯思退和万俟禼參知政事，他們原來都是秦檜的死黨。万俟禼因想自立門戶，遭到秦檜的排斥。湯思退在秦檜死前與懂德元各收到秦檜千兩黃金，懂德元以爲倘然拒絕，秦檜病癒一定懷疑我二心，就收下了贈金;湯思退則認爲，秦檜多疑，他日病癒，必以爲我待以必死，於是拒絕了贈金。高宗據此以爲他不黨秦檜，讓他升爲參知政事。
紹興二十六年五月，高宗先讓沈該與万俟禼並相，次年六月，湯思退取代了万俟禼的相位。高宗當然明白他們原先與秦檜的關係，實際上他也並不想真正糾正秦檜獨相時的內外方針。難怪南宋史家呂中評判高宗更化說：“檜之身雖死，而檜之心未嘗不存。”用現在的話說，就是推行沒有秦檜的秦檜路線。當朝野聲討秦檜投降賣國時，高宗毫不猶豫地下詔強調：“講和之策，斷自朕志。”
秦檜死後，儘管也平反了部分冤獄，但岳飛的冤案在高宗在位期間卻始終未獲昭雪。有人提議起用張浚，高宗斷然表示“朕寧亡國，不用張浚”，下詔讓他依舊永州居住。在清除秦檜的影響與維護苟安的路線上，高宗的分寸把握得恰到好處。
高宗“更化”的另一件大事就是正式立儲。早在紹興元年，高宗就從太祖後裔中選了兩人入養後宮，他倆後來分別改名趙瑗與趙璩。但高宗總還存着能生下兒子的僥倖心理，故而遲遲沒有確立誰爲皇儲。更化當年，高宗已四十九歲，不得不面對自己不能生育的現實，開始考慮立儲問題。
不久，這個好色的皇帝卻以女色來試探自己的接班人，他給趙瑗與趙璩各賜宮女十名，數日以後對宮女進行體檢，趙瑗因聽從王府教授史浩的勸告，十個宮女依舊完璧，而趙璩則採盡了秀色。紹興三十年三月，趙璩改稱皇侄，趙瑗立爲皇子，更名趙瑋，進封建王。他就是後來的宋孝宗，終以不近女色而被高宗定爲皇儲。
除此之外，高宗的“更化”一無是處，他依舊維持對金主和的既定方針，強調所謂“確守勿變”，諱言抗金，對金主完顏亮虎視眈眈的南侵準備置若罔聞。
