萬曆登極之初，就以他高貴的儀表給了臣僚們深刻的印象。他的聲音發自丹田，深沉有力，並有餘音嫋嫋。雖然他只有九歲，但從各種跡象看來，他確實是一個早熟的君主。他自己說過他在五歲時就能夠讀書，按中國舊時的計算方法，那時他的實足年齡僅在三歲至四歲之間。
萬曆和他的母親對張居正有特殊的尊重，並稱之爲“元輔張先生”。除了首揆以外，張居正又兼管萬曆的教育事務。小皇帝的五個主講經史的老師、兩個教書法的老師和一個侍讀，都是他一手任命的。他還編訂了講章作爲萬曆的教科書，有機會還親自講授。
1572年秋天以後也就是在萬曆八歲的時候，他每天的功課有三項內容：經書、書法、歷史。學習完經書以後，授課老師可以到休息室小憩，但皇帝本人卻並不能那麼清閒，因爲他還有其它課程要上。其實就我們現在教育來看，八歲上學已經比較晚了，但他的壓力還是挺大的(背後有個嚴格的老師)。
萬曆他的書法課特別好寫的一手好字，他還經常寫些字賜給太監們，萬曆看到太監們都交口稱讚，心理也美滋滋的，可這件事被張居正發現了，於是他取消了萬曆唯一的喜歡課程。
又有一次萬曆夜遊西城，貼身侍應太監孫海爲其找來兩位年輕貌美的宮女陪酒。喝得半醉時，萬曆皇帝要這兩位宮女唱時令新曲。所謂時令新曲，類似於今天的流行歌曲，但明代坊間的曲子，語頗輕佻，與時下東北民間的二人轉，庶幾近之。兩位宮女說不會唱，孫海在一旁慫恿，宮女仍堅持不唱，萬曆皇帝因此大怒，喝令推出斬首。經孫海提醒，萬曆皇帝這才醒悟殺人不是好玩的事情，於是改爲削髮代替斬首。這件事傳到太后那裏了，這下可就不不得了，她跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤銷萬曆皇帝的九五至尊地位的決定，改讓潞王繼承皇位。這下萬曆嚇得不輕，但在衆人的勸說下平息了這件事，並由張居正寫了一道勸誡皇上“慎起居”的奏疏。
這次事件，可看做是朱翊鈞與張居正這一對君臣關係的轉折點。此前，朱翊鈞對張居正深爲倚賴，信任有加;此後，他對張居正除了敬畏，更在內心中潛藏了一份不滿。
