袁崇煥之死，比較流行的說法是明朝誤中了皇太極的反間計。但是，綜合歷史來考查，其實反間計只不過是導火索，使崇禎有了殺袁崇煥的藉口。其實，崇禎對於袁崇煥隱忍已久，即使沒有反間計，袁崇煥仍然難逃一死。
一、擅殺毛文龍埋下禍根。崇禎二年(公元1629年)五月底，袁崇煥巡視東江。其間，袁與東江總兵毛文龍進行了幾次談話，明確要求毛不得再持續以前的半獨立狀態，而要聽從朝廷的指揮。但是，毛文龍以各種理由搪塞。眼看無法談攏，袁崇煥便下令將毛文龍逮捕，公佈了其十二條罪狀，條條當斬。
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隨後，袁崇煥命人用崇禎賜於的尚方寶劍將毛文龍斬首。應當說，袁崇煥斬毛文龍主要是因爲毛不聽節制，影響了袁五年復遼戰略的實施。然後，毛文龍畢竟是朝廷任命的總兵官，尚方寶劍再厲害也斬不到他頭上。斬殺毛文龍，在當時就引起了巨大爭議。崇禎當然對袁崇煥的做法也十分不滿，但彼時他正依靠袁崇煥恢復遼東，所以暫時忍下這口氣，沒有責難。後來，在逮捕袁崇煥的時候，這件事就被翻出來成爲罪狀之一。
二、後金襲京使崇禎惱羞成怒。崇禎二年10月，後金繞道蒙古，破邊牆而入，直襲北京。袁崇煥接報後，除自己率軍入京勤王外，還先後在遵化、薊州和通州進行攔截，但都沒有成功。在此情況下，袁崇煥帶領9000騎兵日夜兼程，終於於11月19日趕到了北京城下，比後金軍總算早了一天。
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當時的北京城已經一片慌亂。崇禎不得已，只好重新起用孫承宗。方寸大亂的崇禎先是命孫承宗負責通州防衛，旨意剛下沒多久，又叫孫承宗負責京城防務，等孫承宗巡視完京城，他又命令孫承宗去通州。如此一令三改，顯示出崇禎的極度慌亂。而這一切，距離五年復遼目標的提出才僅僅一年多。在崇禎看來，我給了你袁崇煥那麼大的權力，要錢給錢，要人給人，沒看到你收復多少失地，可你卻以後金的兵臨城下來回報我!既然如此，我要你何用?
三、入京勤王引發猜忌。後金向北京進軍時，就有流言說袁崇煥引後金入京。崇禎本就是一個疑心很重的人，加上對袁崇煥的惱怒，便下令要求袁崇煥兵駐薊州，沒有聖旨不得入京勤王。但袁崇煥根本沒有意識到自己已引起皇帝的猜疑，依舊率軍來到北京城下。在袁崇煥眼裏，他是勤王，但在崇禎眼裏則時抗旨，性質十分嚴重。
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十一月二十三日，崇禎召見袁崇煥。袁崇煥提出連日作戰，士兵疲憊，希望可以像滿桂進入德勝門甕城休整一樣，讓他的部隊也進入城內。沒想到，崇禎毫不猶豫地拒絕了，而且也不準袁崇煥住進城內。這說明，崇禎根本就已經不相信袁崇煥了，只是礙於大敵當前，還沒有下定決心要處置袁崇煥而已。
十一月二十九日，反間計發，使崇禎對於袁崇煥的憤怒終於找到了發泄口。十二月初一，崇禎借召見之機，將袁崇煥逮捕下獄，又過了8個多月，處死了袁崇煥。
