關於朱元璋的死亡時間，有各種說法，一是洪武31年(1398年)閏五月初九，一說是閏五月初五，一說是閏五月十七日等。爲什麼會有這麼多種說法，表面的原因是史書上記載多模糊。按說這是很清楚的事情，爲什麼史書上要寫得模糊?這與朱允炆給朱元璋選擇下葬時間不當，“嫌其太速，事理有不盡然者”，爲掩人耳目，故意混淆是非。確實，如果根據《明皇大政記》等史書的記載，堂堂一位開國之君，死後幾天即下葬了，這正常麼?所以，朱棣在聽說侄兒把他老子匆匆埋了後，十分惱火。這爲以後篡位找到了第一理由。
現在史學界大多認爲，朱允炆確實是速葬了朱元璋。那朱允炆爲什麼敢冒天下之大不韙?有史書上稱，這是朱元璋自己選擇的時間，“故即位而葬，同日並舉，皆高皇遺命，正以速葬消諸。”而祕史更稱，朱允炆實際上在即位的前一天,即閏五月十五日把朱元璋給下葬了。這裏說明朱元璋擔心自己死後出亂子，留下遺言要朱允炆從速辦自己喪事的。
那決定下葬又發生了什麼?這同樣是一個謎團。在南京民間，連小孩子都知道這樣的傳說，朱元璋下葬那天出現了“迷魂陣”，就是南京的十三個城門同時出殯。此說法史書有記載，爲什麼要這樣?
原來，在葬後不久即傳出，朱元璋不是葬在明孝陵，而獨葬朝天宮(就是今天南京王府大街向南千米的朝天宮，具體地點是“世傳三清殿下爲明祖真葬處”。)
朝天宮，宋代時爲天慶觀、永壽宮。朱元璋定都南京後，改爲朝天宮，那時”百僚朝賀習儀於此”。葬在朝天宮這種說法，倒是給朱允炆速葬朱元璋、大擺迷魂陣、十三個城門同時出殯找到了合理的解釋和可能性，但後世好多學者都不信。清代文人甘熙就不認可，其所著的額《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬兩的銀子，造了十幾年，總不應該爲馬皇后一個人造的吧。而且，朱允炆是很講孝道的一個仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。後來又傳出，朱元璋不是葬在明孝陵，也非朝天宮，離開了南京城，選葬在北京的萬歲山。後經考證，這是以訛傳訛，不可信。甘熙即說，“萬歲山在燕京，其時方以會葬不從，興師靖難，焉有奉移梓宮不遠數千裏而往之事?”筆者也這樣認爲，如果真是這樣，朱棣造反第一理由又從哪來?
朱元璋到底是否真的葬在明孝陵內，現在並沒有學者能說“一定”二字。孝陵博物館工作的中山陵園管理局文物處副處長廖錦漢先生稱，在明孝陵“申遺”之前，中山陵園管理局曾專門請南京大學等相關的技術、史學專家，經數年科學探測、考古，證明明孝陵地宮未曾被盜，完好無損。後來相關專家表示，1998年開始，江蘇省地震局工程研究院的專家在寶城內，採用無損磁測法，已經明確發現在寶頂地下深處有一個面積達數千平方米的建築空間，而且還找到了進入這個空間長達百米的通道(墓道)走向和入口，無疑寶頂下存在的這個巨大建築空間可能是明孝陵的地宮，而地宮的入口就在明樓東側十幾米處呈下沉錯位、有裂口的寶城城牆下面。但這並不能證明朱元璋的屍骨就在地宮中，真相恐怕只有等到挖開明孝陵的那一天才能最終揭開!
朱元璋“七十二疑冢”之謎：朱元璋墓穴在哪裏？
在風水學上，陰宅風水也和陽宅風水一樣，不但直接關係到死者本人入土後的安適不安適，還會影響到子孫後代的吉凶和榮枯。朱元璋一直認爲，他的發跡在一定程度上要感謝祖父對墓地的選擇，而當他考慮自己的身後事時，自然不會忽略這一點。
朱元璋陵墓的地址是他自己選擇的。紫金山南麓的獨龍阜是一處不可多得的風水寶地，北依鐘山主峯，阜高150米，泉壑幽深，紫氣蒸騰，雲霧山色，朝夕多變，自古就有“此地多奇嶺，千雲非一狀”的美譽。而且林木蒼蒼，濃廕庇日，溪澗蜿蜒，流水潺潺，古代許多著名的寺觀和重要的墓穴多建於此。
陵園的修建從洪武十四年(1381年)動工，於洪武十六年完成了陵墓的享殿等主體工程，先後調用軍工10萬，至永樂三年(1405年)才完全建成，歷時25年。洪武十五年八月，先入葬了皇后馬氏，因皇后諡號“孝慈”，所以將陵墓定名爲“孝陵”，也有“以孝治天下”之意。洪武二十五年(1392年)，又葬皇太子朱標於孝陵之東，稱東陵。洪武三十一年(1398年)閏五月初十日，朱元璋崩於西宮，與馬皇后合葬此陵，殉葬的嬪妃46人。
當時的孝陵圍牆內，享殿巍峨，樓閣壯麗。陵內植鬆10萬株，養鹿千頭，每隻鹿頸間都掛有“盜宰者抵死”的銀牌，號稱“長生鹿”。爲保衛孝陵，專設神宮監，外設孝陵衛，有軍士5600人。若有樵夫誤入山陵，即被“正法”斬首。清康熙、乾隆帝南巡時，都曾親往謁陵，還特設守陵監2員，40陵戶，撥給司香田若干。咸豐三年(公元1853年)，孝陵地區成了太平軍和清軍對峙的重要戰場，地面木結構建築幾乎全毀。現存神烈山碑、禁約碑、下馬坊、大金門、四方城及神功聖德碑、石像翁仲、大石橋、寶城、墓冢及清末所建碑亭、享殿等，仍然氣勢恢宏，蔚爲壯觀，凝聚着不散的帝王之氣。
據記載，孝陵的紅牆周長22.5千米，相當於當時京城城牆長度的三分之二，可見規模之龐大。明孝陵的神道石刻是中國帝王陵中唯一不呈直線，而是環繞建有三國時代孫權墓的梅花山形成一個彎曲的形狀，形似北斗七星。沿神道依次有下馬坊、禁約碑、大金門、神功聖德碑碑亭、御橋、石像路、石望柱、武將、文臣、櫺星門等建築，過了櫺星門折向東北就進入了陵園的主體部分。陵園主體建築排列在南北中軸線上，規模宏大，雄偉壯觀。
清代康熙等皇帝都曾到明孝陵拜謁明太祖，但是後來隨着清朝國力下降，無力修復，明孝陵漸漸荒蕪，尤其是在咸豐年間成爲太平天國和清廷戰爭的主戰場，幾乎使明孝陵地表建築毀於一旦，康熙手書的御碑甚至倒地破碎。到現在，陵內所有木質結構的殿堂早已焚燬，但從遺存的石質基礎仍能看出當年的佈局規模。它與北京十三陵的佈局和建築形式相同，但要比十三陵中的帝陵大得多，可見明代諸皇陵都是以此爲藍本的。
有傳說朱元璋未必真的葬在這裏面，而是怕有人在他死後報復他，像曹操那樣設了七十二疑冢。不過這些傳說並沒有充分的根據，因爲孝陵在朱元璋去世以前已經建成，到了朱元璋死的時候，陵墓的一切設施都已就緒。而且，朱元璋是洪武三十一年(1398年)閏五月死的，南京地區當時已經進入夏季，停靈七天以後，就立即葬入了孝陵。如果在別處另造新陵，在時間上也是來不及的。再者，孝陵的位置緊靠宮城，北倚鐘山，南有皇牆，內有神宮監，外有孝陵衛的官兵日夜巡邏，其安全的程度遠較別處爲高。此地匯聚了南京的龍氣，朱元璋既然選擇了此地作爲陵寢，他是不會遺命舍此而他葬的。
祖上選定的龍脈給了朱元璋發跡的機會，而他一生之中屢遇貴人，也爲其創下基業帶來所必須的際遇。登基之後，朱元璋定都南京，此地雖有虎踞龍盤之勢，但選此爲都的王朝都很短命。秦始皇曾由於此地有王者之氣，下令掘斷連岡，以壓偏霸之氣，故名秣陵。這樣以後，在金陵建都的朝代的壽命果然都是短短几十年。朱元璋離世之後，南京果然成了短命的國都，但所幸的是大明王朝遷都北京，將龍脈南北打通，這一變通，也讓明朝的福祉延長到了近三百年之久。
