唐高祖武德九年六月初四，秦王李世民率部誅殺李建成、李元吉，脅迫李淵封自己爲皇太子，這就是著名的玄武門之變。玄武門事變發動前，李世民召集長孫無忌、房玄齡等人進行了密議，但令人吃驚的是，參與密議的人中有新降不久的尉遲敬德，卻沒有一直跟隨秦王李世民出生入死的秦叔寶。李世民找尉遲敬德而不找秦叔寶，這裏面又有什麼不可告人的祕密?
一、敬德是李世民的人，秦瓊是李淵的人。
敬德是李世民的人，忠於李世民，這是毫無疑問的。但秦瓊怎麼就不是李世民的人了呢。這要從頭說起。
秦叔寶歸降的是李唐，不是李世民。秦叔寶初爲隋朝將令，後投瓦崗山，再投王世充，最後投了唐。歸唐後秦叔寶被唐高祖李淵指派到秦王李世民帳下。自己收服的和別人指派來的，還是有差距的。
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秦叔寶歸降後，連續征戰，立下了汗馬功勞，也得到了高祖激賞。尤其是柏壁之戰，打敗了宋金鋼，河東收復，秦叔寶戰功最著，唐高祖欣喜萬分，加封上柱國，賞黃金百斤、雜彩六千段，他派人送秦叔寶一個金瓶子裝酒，告訴秦叔寶，“你不顧自己的妻子兒女，遠來投奔我，立下了很大的功勞。如果我的肉可以食用，我都應該賜給你，何況那些子女玉帛?你要以此爲勉勵，帶領部下，爲大唐再立新功”。秦叔寶向來重江湖義氣，李淵如此厚待秦叔寶，秦叔寶怎麼可能會做對不起李淵的事呢，更何況是要殺他的兩個兒子，這不能不引起李世民防範。
二、敬德與建成元吉矛盾有着不可調和的矛盾。
敬德有一項獨特的武藝，是善於奪取敵人長矛並反刺。李元吉不相信敬德武藝比自己高，要同他比試。比試過程中，敬德三次奪走李元吉長矛。李元吉雖然口中歎服其技藝，但心裏卻非常忌恨。李元吉多次派人刺殺敬德未隧。行刺不成，元吉又在高祖面前反覆講述敬德的壞話，捏造罪名，說得高祖信以爲真，下詔逮捕了敬德，準備問斬。關鍵時刻，李世民挺身而出，以事實駁斥虛假罪名，才使敬德免於一死。可以說李元吉與敬德的矛盾已經白熱化，李元吉不死，敬德必死。而李世民於敬德則是救命之恩。
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敬德與李建成也矛盾重重。李建成爲擴展自己的羽翼，削弱對方的實力，派人悄悄地給尉遲敬德送去一車金銀器具，並附信表示願與交爲朋友。敬德當即拒絕，說“我本賤民出身，流落叛軍之中，按理說罪不容誅，但承蒙秦王的惠顧，才使我獲得新生，如今又讓我擔當將領，我唯願以身報恩。而對殿下實無寸功，所以不敢接受重禮。”建成鼻子都氣歪了，欲殺之而反快。
相反，秦叔寶雖然在秦王帳下效力，但與建成、元吉卻沒有發生過什麼衝突。反觀參與玄武門之變的將領，基本都是李世民的死忠之臣，與建成、元吉存在各種各樣的矛盾，如長孫無忌、敬德、侯君集等。
事實上一些人是不想參與事變的，畢竟這是滅九族的勾當。就以李世民的近臣房玄齡、杜如晦來講。事變前，房、杜二人被高祖調出秦王府，不准他們再進。在李世民派長孫無忌祕密去召喚時，房玄齡推脫說：“皇上有令不準再進，今天如果私自進去，必然遭致誅殺，所以不敢從命。”秦王大怒，對尉遲敬德說：“這兩個人是不是要背棄我?”並把隨身佩刀交給敬德，讓其再去一次，並說如果看出他們仍然不來的心思，便把他們斬首，提頭來見。可見房杜二人是被逼的。
三、玄武門之變，敬德功居第一，秦叔寶被雪藏。
武德九年六月四日，李世民發動玄武門之變，尉遲敬德一馬當先，射死李元吉。東宮部將得到消息前來報仇，和秦王的部隊在玄武門外發生激烈戰鬥，尉遲恭將建成、元吉二人的頭割下示衆，衆軍兵見首領被殺，也就退去了。
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玄武門事變後，唐高祖任命政變功臣，宇文士及爲太子詹事，長孫無忌與杜如晦爲左庶子，高士廉與房玄齡爲右庶子，尉遲恭爲左衛率，程知節爲右衛率，秦王府舊臣虞世南爲中舍人，褚亮爲舍人，姚思廉爲太子洗馬，論及政變的功勞，以長孫無忌和尉遲恭爲第一，分別賜絹一萬匹。高祖還特別嘉獎尉遲恭，慰勞他說：“愛卿對於國家來說有安定社稷的功勞。”把齊王國司的金銀布帛器物全部賞賜給尉遲恭。很顯然，李淵說這些話是違心的，是被脅迫的。
這次封賞，連程咬金都官拜右衛率，而唯獨沒有秦叔寶。李世民登基後，雖然給秦叔寶封了個左武衛大將軍，那也只是個安慰獎，與玄武門之變的首功之臣是沒法比的。
玄武門之變後，秦叔寶沒有再領兵出征，基本等於被雪藏了。加之多年以來纏綿病榻，身體十分虛弱，於貞觀十二年去世，一代名將至此殞落。
