對於失職、瀆職，職務侵佔的大臣，道光帝下令歷任管庫司員、查庫御史人等着逐細查明，嚴行治罪。爲了追繳庫銀，儘可能地減少國庫損失，道光帝又下令：自嘉慶五年起至道光二十三年，歷任庫官、查庫御史各按在任年月，每月罰賠銀1200兩，已故者照數減半;管庫大臣着每月罰賠銀500兩，查庫王大臣每次罰賠銀6000兩，已故各員按數減半。
在長達40多年的時間裏，共有320餘位官員出任戶部司員或查庫御史，任職時間在1年左右爲最多。這些官員無論公忠廉能與否，一律進行追罰。
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道光帝對銀庫案的處理態度堅決，就連最受他信任、親近的高官也不能倖免。比如道光朝身任宰輔多年的三朝元老、大學士、軍機大臣曹振鏞，也因庫案所涉，被減半罰賠銀2萬餘兩。其時人已去世，由其子照數賠補。其子賠補1萬兩後因病身亡，又改由其孫繼續補繳。曹振鏞如此，其他人不問可知。
駱秉章也無法倖免。他因查庫一年有餘，工作失察被先行革職，再被罰賠款12800兩。一向清廉的駱大人去哪弄這麼多錢交罰款呢?好在他的朋友圈給力。親家伍承禧、門生吳廷溥、同鄉樑鐵山、宋萼樓等人紛紛出手相助，終於籌得如數款項交到戶部。
前面提到的駱秉章的兩位恩師，當朝權貴潘世恩和穆彰阿也各因查庫兩次失察雙雙被罰銀12000兩。
銀庫被盜大案給道光帝帶來的重創不僅是錢財的損失，更多的是讓他產生了嚴重的心理陰影，他開始對身邊的王公大臣和滿朝文武心灰意冷，對誰也不敢再相信。但思前想後，道光帝又有點不甘心，難道我大清官場到了一片漆黑的地步，在銀庫案中就沒有一個清廉官員了嗎?他抱着最後一絲希望和僥倖問左右，有沒有哪位官員沒有收過規銀?結果得到回覆，至今只有御史駱秉章非但“己身不染”，而且“僕隸亦不受絲毫”。聽說還有一位廉吏，道光帝極爲高興，一直緊鎖的眉頭終於舒展開來，黑沉沉的臉也難得有了一絲笑容。
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看到這裏，大家可能不以爲然，那駱大人深知銀庫之弊，既不能改陋規，建章立制;又不敢捅黑幕，向上舉報，好像也算不得什麼清官、好官。那我們聽聽心裏很受傷很受傷的道光皇帝是如何說的吧。
道光二十三年(1843年)年底，駱秉章在被撤職後很快恢復工作，被任命爲詹事府右春坊右庶子。此時，駱大人51歲，已過知命之年。
道光皇帝特地召見駱秉章，發表了一番通情達理、體恤入微、語重心長的談話，文言譯成白話，大約是如下幾層意思——
你那年查庫做得不錯，不光是我知道，可以說滿朝文武沒有不知道的。你讀過書，清廉二字是本分，你的品格還是讀書人的品格。我知道你在銀庫當差想爲國家出力，事事整頓。別人都願意做的事，你不願做。無奈是積重難返，靠你一個人哪能挽回?況且銀庫工作量之大，也不是你一人能夠清盤覈查的。可見當皇帝有皇帝的難處，當臣子有臣子的難處。
大家都知道銀庫虧空，但也沒個準數，這種情況下，你如何敢向我奏明?即便王大臣、管庫大臣知道銀庫虧損，但在未得準數情況下也不敢奏我的。如果你知道銀庫短缺900萬兩之多，你肯定沒有不奏之理。可是即便奏了我，我就是將所有庫官御史殺頭的殺頭，充軍的充軍，撤職的撤職，調動的調動也是於公事無濟。
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今日有此案，你的名聲更大了，沒有此案，我也不知道你，更不知道你內心到底想些什麼，我現在賞你右庶子職務，這是讀書人升職的必須途徑，你不要看只是五品，你以前的府丞是四品，但也不過是四品，你好好做學問，好好做官，將來好爲國家辦事……
這是道光皇帝表明態度和立場的真心話，既有對駱在銀庫有所爲的肯定和讚許，又有對駱有所不爲的理解和包容，更多透露的信息則是將來要重用駱秉章。
“洊升封疆，其見知自此始”。國庫被盜大案成就了駱秉章。在清廷上下官員大都非貪即佔的一片渾濁中，他以廉潔奉公的良好品行進入了大清皇帝視野。此後他被派到山東、河南和江蘇三省去做巡視大員，專門整肅官場風氣。其後又出任湖北按察使、湖南巡撫和四川總督……官居一品，位極人臣，成就了他作爲一名漢籍官員的輝煌。
