謝林出生於1775年，1790年進入圖賓根大學神學院學習哲學和神學，他的父親是這所大學的牧師以及東方文化教授。在這裏他和黑格爾、荷爾德林成爲同窗好友。1792年，他從哲學院畢業。之後他開始研讀康德和費希特，兩人的思想極大地影響了青年時的謝林。1794年，他出版了一本闡述費希特思想的文章《論一種絕對形式的哲學可能性》(Über die Möglichkeit einer Form der Philosophie überhaupt,On the Possibility of an Absolute Form of Philosophy)。這篇文章獲得了費希特本人的認可，這使得謝林在哲學界獲得了一定名聲。1795年，謝林完成了他的神學學位論文。畢業後，他在萊比錫作過兩年私人教師，在這期間他研究了數學、物理和醫學，同時研讀了維柯和斯賓諾莎的哲學。
1798年，年僅23歲的謝林受聘爲耶拿大學的編外教授，講授自然哲學和先驗哲學。在耶拿的日子裏，他受到了浪漫主義影響，哲學創作進入了鼎盛時期，寫出了他的早期著作《先驗唯心論體系》。很快，他成了浪漫派的領軍人物，並開始反對費希特的思想，認爲它是深奧難懂的。1803年，謝林和他的妻子卡洛琳(Karoline)結婚(這件事造成了他和浪漫派的決裂)，並離開了耶拿。
1803年-1806年間，謝林任維爾次堡大學教授，由於他“好戰”的性格，使得他在同僚和政府中有很多敵人。同時他的思想也開始傾向於宗教神祕主義，1804年寫了《哲學與宗教》一書。1806年，他移居慕尼黑，找到了美術學院院長等各種職務。1809年，他的妻子去世，同年他寫出《對人類自由本質的研究》(Investigations of Human Freedom)。文中他對於神祕主義傾向更加明顯，他闡述了康德哲學中對於理性和實踐之間的區分，他將自由定義爲對善與惡的理解力(a capacity for good and evil)。這部集謝林晚期思想大成的著作受到了黑格爾刻意貶低，沒有得到它應有的地位。海德格爾仔細研讀了這篇文章並給予了高度評價，他將黑格爾對此文的誣衊評論爲“由此可見，一個偉大的思想家在根上怎麼也不能理解另一個同樣偉大的思想家，因爲他們每個人都有自己獨特的偉大之處。”但這篇文章的某種泛神論思想同樣受到了叔本華的批評。1820年-1827年任埃爾蘭根大學教授，1827年重返慕尼黑執教，並被推舉爲國家科學院院長。
直到1841年，他被普魯士國王召回柏林，接替了黑格爾去世後留下的哲學教席。他試圖遏制流行的黑格爾哲學浪潮，但沒有成功，於1854年前往瑞士的途中不幸去世。謝林生前就已經感覺到自己的名聲和思想將會處於黑格爾的威脅和影響力之下，在他去世後的百年間，和黑格爾相比，他的知音寥寥無幾。但他獲得了海德格爾的至高評價，稱他爲德國唯心主義的頂峯，而不是黑格爾。
