錦衣衛原先是軍事建制。明初的軍制比較簡單，其基層單位是“衛”和“所”，京城的禁衛軍所轄衛所爲48處。朱元璋改革禁衛軍，建立了12個親軍衛，其中最重要的就是“錦衣衛”。錦衣衛的首領稱爲指揮使，由皇帝的親信武將擔任，很少由太監擔任。
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其職能是：“掌直駕侍衛、巡查緝捕”，即一部分是負責執掌侍衛、展列儀仗和隨同皇帝出巡的錦衣衛，基本上與傳統的禁衛軍沒什麼兩樣。這些人雖名爲“將軍”，其實只負責在殿中侍立，傳遞皇帝的命令，兼做保衛工作。這些人都不是等閒之輩，一個個長得牛高馬大，虎背熊腰，而且中氣十足，聲音洪亮，從外表上看頗有威嚴，對人有一定震懾作用。
朱元璋在建國後，因循歷代稗政設錦衣衛鎮撫司，掌本衛刑名，兼理軍匠，其下有專司偵察的官校。錦衣衛於是開始兼掌緝捕，刑獄之事。朱元璋猜忌多疑，怕大臣不忠，因此充滿戒心，要求大臣對他絕對服從，忠心不二，出朝之後也要對他恭敬，便排密探四處巡視。這就是錦衣衛以及明朝特務機構的雛形。
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後來朱元璋以親信密探曰“檢校”，負責偵察在京中官吏的大小之事。洪武十三年，發生胡惟庸案，朱元璋對臣下更加不信任，至洪武十五年(1382年)，正式建立錦衣衛組織。到了朱棣當皇帝的時候，爲了壓制臣民對他的不滿，於是恢復了錦衣衛的權力而且有所加強。
“三法司”(即刑部，都察院與大理寺)無權干涉錦衣衛所處理的案件。通常錦衣衛在逮捕嫌犯之前，需由刑科給事中籤批“駕帖”纔可行事，作用相當於現代的逮捕令。早期加入錦衣衛都會經過嚴格的審查和考覈，要求良民，無犯罪紀錄，後經過訓練與挑選最終決定。
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後期若有錦衣衛逝世，他的親屬，如親兒或是親兄弟，可成爲其替補，無兒或兄弟則會於市上遠擇合適的人作爲代替，故錦衣衛中不會出現職位有空缺的情況。
錦衣衛和東廠都是明朝的特務機構，見到飛魚服唯一不需要忌憚的是皇帝，繡春刀可以殺除了皇帝以外的任何人，直接聽命於皇帝，負責監視國內百姓，官員，保護皇帝安全，刺探敵方情報。是類似於軍統，保密局性質的工作，錦衣衛總管自然也就相當於戴老闆一樣開掛的人物了。錦衣衛的影響力從軍統就可見一斑。
但任何事務都具有兩面性，錦衣衛東廠聽命於皇帝就是統治的利器。但如果錦衣衛總管懷有二心那是非常恐怖的。這就是明朝強於廠衛，敗於廠衛的原因。
