雖然進入20世紀後半期以來秦始皇的行情一直看漲，尤其是近20年來直接對中國普通百姓歷史觀產生巨大影響的電影和電視劇把秦始皇描繪得英雄蓋世，千古無雙，人格也越來越高大，任何反抗秦始皇的人似乎都成了反對歷史進步的反動派和醜類，不過好像還沒人出來否認秦始皇焚書坑儒。兩千多年來中國文化界對秦始皇曾經焚書坑儒這件事本身並沒有爭議，不但司馬遷言之鑿鑿，而且歷代史家必提此事，熟讀史籍的毛澤東還說秦始皇坑得比“我們”少多了。
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略有爭議的是，秦始皇焚書坑儒的目的是什麼，坑的那些人是否全是儒等，對焚書坑儒的事實並不存疑。但是近來究竟有沒有“坑儒”這事卻成了一樁公案。先是中華讀書報2009年11月18日文化週刊國學版刊登了李開元先生的《焚書坑儒，半樁僞造的歷史》(以下簡稱《僞造》)一文。接着該報2010年2月24日國學版發表了馬執斌先生的《“焚書坑儒”辨》，表達了“李先生對‘坑儒’提出四個疑點，筆者十分贊同”。《僞造》我沒有讀到，不便置喙。但是對《“焚書坑儒”辨》的結論“我們承認秦始皇的殘暴，但不贊成讓秦始皇背坑儒的黑鍋，因爲實事求是是史學工作者應當永遠尊奉的圭臬”，卻不敢苟同。我反覆讀了的《“焚書坑儒”辨》(以下簡稱《辨》)，覺得秦始皇坑儒此事被馬先生旁徵博引論證之後非但沒有被推翻，反倒變得更加確定無疑了。要說背“黑鍋”的話，被冤枉的不是秦始皇，而是“黑鍋”。
《辨》文說秦始皇下令焚書“不難發現其目的確實不在滅絕儒學，而在禁止私學。”這話沒有抓住要害。
《史記·秦始皇本紀》李斯奏道：
……異時諸侯並爭，厚招遊學。今天下已定，法令出一，百姓當家則力農工，士則學習法令闢禁。今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首。丞相臣斯昧死言：古者天下散亂，莫之能一，是以諸侯並作，語皆道古以害今，飾虛言以亂實，人善其所私學，以非上之所建立。今皇帝並有天下，別黑白而定一尊。私學而相與非法教，人聞令下，則各以其學議之，入則心非，出則巷議，誇主以爲名，異趣以爲高，率羣下以造謗。如此弗禁，則主勢降乎上，黨與成乎下。禁之便。臣請史官非秦記皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語《詩》、《書》者棄市。以古非今者族。吏見知不舉者與同罪……
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學問家出身的李斯上奏充分表明，他深知書籍和文人對於政權的重要性。奪取政權一定要爭取知識分子，鞏固政權必定要控制知識分子。李斯之言講得非常直白，一點空話套話的虛飾都沒有：當初爲了奪取天下，秦國不但要籠絡人才，把各地遊學的士人儘可能多地“招”來，還要“厚”待他們，使其心甘情願地樂於爲秦所用而不讓他國用。現在天下統一了，這些人已經沒有從前那麼大的利用價值，用不着再厚待。可是這些士人還要以自己的學問來責難當世，蠱惑百姓，破壞當今的統治。因此李斯認爲現在應該只許他們老老實實，不許他們亂說亂動，這樣百姓就不會思想混亂，只知道傻乎乎賣力氣幹活，不會有任何反對朝廷的想法和行爲了。李斯顯然不是主張殺盡儒生，而是要殺盡那些不聽話的敢於“非上”者。也不是主張秦國絕對不許有《詩》、《書》之類的書籍，不過只能保存在皇家的官方藏書室裏，民間不許留哪怕一點。也不是絕對不許別人讀《詩》、《書》之類的書，只是必須按照官方口徑解釋，不得越雷池一步。爲什麼要禁絕《詩》、《書》之類的書籍?就是因爲這些書讀了會使人產生對於已經被朝廷定於一尊的思想的懷疑和不滿，不但“心非”，還會在公共場合“巷議”，批評朝政。於是“異”就成了“謗”。只有禁止私學，才能禁止這些與官方口徑不同的學說影響擴散，從而可能危及統治者的寶座。儒生只要乖乖地聽話，按照官方口徑解釋《詩》、《書》之類，在教化百姓服從統治和按照官方正統理論來統一大家的思想方面還是可以大有作爲的。所以禁止“私學”只是手段而不是目的，真正的目的不僅是要壟斷辦學權力，“回到官學”(《辨》)，歸根結底是要壟斷思想，獨霸話語權。非但不允許公開議論，連想都不讓你想，從根本上給你徹底洗腦。總之，只要是“非”的、有可能危害“一”的，有可能“亂”的，敢於“議”朝政而影響“一尊”的，都要禁，都要殺。這就是焚書坑儒和不讓辦“私學”的要害。
《辨》文將“坑儒”事件定性爲“故事”，說“故事原型見於《說苑》卷二十《反質》”。《辨》文引唐劉知己《史通·雜說篇》批評西漢劉向《說苑》“廣陳虛事，多構僞詞”，於是就得出結論，“《說苑》屬稗官野史之流，坑儒一事，本不足信。”從而否定歷史上曾經有秦始皇坑儒之事。劉向的《說苑》雖然有劉知己指出的毛病，但劉知己只是說它“廣陳虛事，多構僞詞”，而沒有使用全稱判斷說它“全陳虛事，皆構僞詞”，全盤否定《說苑》的價值。而《辨》文卻由此就否定它對於“坑儒”記載的真實性，這在邏輯上是站不住腳的。更令人不解的是，《辨》文說司馬遷“基本上因襲《說苑·反質》的傳聞”。司馬遷爲西漢中葉人(公元前135——前93年)，他去世十六年後劉向(公元前77——前6年)纔出生，《辨》文也說劉向是“西漢末葉”人。但是司馬遷居然會“因襲”一個當時還沒有出生者的內容，那不也成了關公戰秦瓊了嗎?這反而證明《說苑》起碼在“坑儒”這件事情的記載上沒有“陳虛事”、“構僞詞”。
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《辨》文否定坑儒事實的理由之一是，若有此事，“秦末漢初非孔姓的儒生肯定有人會講述此事”。他舉了伏生等四人之例後說，“這些人誰也沒談論過秦始皇坑儒的事情。特別值得提出的漢初儒學鉅子賈誼，他寫的那篇膾炙人口的政論文《過秦論》，專門批判秦始皇的過失，裏面說秦始皇‘廢先王之道，焚百家之言，以愚黔首……’根本沒談坑儒之事。”其實不然。兩千年來許多司馬遷當年尚存的文獻已經湮滅，現在所見伏生等四人的片言隻語不能代表其講過的全部。《過秦論》像當時一些政論文一樣愛用對偶句式，這裏的“百家”就指代焚書坑儒兩個方面的事實。何以見得?李斯的原話是“非博士官所職，天下敢有藏《詩》、《書》、百家語者悉詣守、尉雜燒之。有敢偶語《詩》、《書》者棄市。”藏《詩》、《書》要燒，語《詩》、《書》要殺，可見李斯是將儒家典籍《詩》、《書》作爲“百家”的代表的，李斯和秦始皇對儒家的恐懼與仇視要超過百家中的其他任何一家。如果按照《辨》文的邏輯，那賈誼就等於說只焚了“百家”書而不包括儒家典籍了。所以“焚百家”就是對待儒家的態度，何況下文“殺豪傑”已經用了個“殺”字，不但文字不宜重複，而且所殺“豪傑”中就包括了敢於對秦廷非議者。
