上三旗包衣既然常任重要稅差，內務府在清代財政體制中亦顯得突出與關鍵。但差異在於：內務府的收入屬於皇帝私人所有，戶部管理的則是國家財產。內務府的經費來源大概有幾種：關稅、莊園、人蔘和毛皮的專賣事業、官員的罰金(議罪銀)、官員被抄家之後的人丁財產、貢品、宮中變價出售的物品、經營當鋪、發商生息等。據賴惠敏的研究，我們可以更清楚地瞭解清朝皇帝如何精明地管理他們的家產。
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例如，開設當鋪就是皇帝經營資本的一種手段，但由於官營當鋪利息不能太高，以致於收益不多，經營困難。相較之下，皇帝更喜歡將內帑銀兩借給商人作爲經營資本，即所謂“發商生息”。清代資本雄厚的商人莫過於鹽商，內務府包衣常任鹽政，通過出任此差，包衣可替皇帝與商人搭建起聯絡的管道，也可以代替內廷監督商人的經營資本與還款狀態。
值得注意的是，滿洲統治者雖然有權運用內務府與戶部兩個口袋，卻始終公私分明，從未混淆，顯示了清朝的行政理性原則。甚至在大部分的時候，皇帝都是以內廷經費支持國家用度。乾隆四十六年的上諭就提到：“以內帑論，乾隆初年內務府尚有奏撥部銀備用之事。
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今則裁減浮費，釐剔積弊，不但毋須奏撥，且每歲將內務府庫銀撥歸戶部者動以百萬計。”到道光、咸豐初年，清廷仍可維持“戶部用部庫之錢糧，內務府動內府之進款。時有特沛恩旨，頒發內帑，以爲賑濟、河工、軍餉之需，從無內務府向戶部撥借銀兩之事”的規模。
直至太平天國亂起，內務府的財政受到嚴重的衝擊與重創，自此改由戶部支持內廷。但即便晚清皇室收入不足，統治者對於公私兩個口袋的財用仍持謹慎心態，未嘗改變，興修頤和園即是一例。
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受康有爲、梁啓超等保皇派的論述影響，後人多認爲清廷爲了籌辦慈禧六旬大壽，動用海軍經費整修頤和園，是甲午戰爭失敗的主要原因。但光緒十四年宣佈興修園工的上諭中，具體宣佈“工用所需，悉出節省羨餘，未動司農正款，亦屬無傷國計”的籌款原則，併爲負責園工的醇親王與李鴻章所遵守。與過去我們對於慈禧太后窮奢極欲的印象極爲不同。
