湯若望是一名外國傳教士，曾憑藉自己廣博的知識得到過順治帝的信任與賞識，被尊稱爲“瑪法”。順治死後，他卻很快淪爲了階下囚，並險些喪命。
湯若望在中國竭力傳播基督教，但對於佛教、道教占主導地位的中國來說，這是十分困難的，並遭到了很多勢力的阻撓和破壞。欽天監(清代掌管天文曆法的官員)楊光先就是一個心術不正，專靠誹謗爲能事的傢伙，他先後把一百多個無辜的人投入監獄。楊光先信奉道教，從1660年開始，他就爲反對耶穌基督而四處活動，併發誓要從根上剷除耶穌宗教，尤其是作爲耶穌會北京教區區長的湯若望。
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楊光先拉攏禮部尚書恩格德，誣衊說，由於湯若望爲皇太子選的葬日不合理，所以引起了董鄂妃的早逝及順治帝的莫名亡逝，要湯若望爲此事買單。對於這莫須有的罪名，輔政大臣鰲拜卻深信不疑，因爲他信奉薩滿教。四輔政大臣中的另三位也都要求處罰湯若望。
1664年4月20日，湯若望突然因腦溢血而半身不遂，不僅不能正常行走，連說話也開始含混不清。就在他快要喪失語言能力和反抗能力時，楊光先趁機施以打擊。他寫了一本名爲《不得已》的誹謗之書，公開宣佈湯若望及同夥南懷仁、布格里沃和馬格拉斯，還有四名中國教徒都是煽動者，其罪名爲謀逆罪、散佈謬誤的道德倫理和錯誤的天文歷算。
湯若望及其同事被逮捕起來，由於有皇帝的命令，湯若望沒被戴上枷鎖，但他的同事每人都被九條鐵鏈鎖住。鐵鏈十分沉重，使人坐臥不安，只能整天爬在地上。每個被關者都有五名人員看守，審問時又必須連續數小時跪對審判官，這對半癱瘓的湯若望來說更是苦不堪言。
當湯若望入獄時，天空中出現了一顆彗星，在中國人看來這是極爲不祥之物，同時也是一種莫大的警告。並且還有一股巨大的沙塵暴刮遍北京城，刑部大院更是落滿了沙塵，於是刑部希望儘快結束這場審判。
這時，獄中的南懷仁被突然鬆綁，他接到命令從牢窗的小孔中計算下一個日食的時間和規模。刑部的官員企圖讓神甫在這種過於簡陋的觀測條件下工作，以使他們在計算上失誤，從而證實基督徒在傳播錯誤的天文歷算。在獄中，南懷仁一直細心照料比他大26歲已危在旦夕的湯若望。在審判時，他充當湯若望的大腦和喉舌。南懷仁在獄中依照歐洲的歷算學方法，由不能正常言語的湯若望當顧問，終於測出了下一個日食的時間。同時，中國和阿拉伯學者們也各依其法進行了測算。
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中國天算學家預告：2點15分。阿拉伯天算學家預告：2點30分。耶穌會神甫預告：3點。
朝內的重要官員齊集觀象臺上，都想弄清在中國、阿拉伯和歐洲的三種天文計算中，究竟誰屬謬誤者?這對正在遭到厄運的耶穌會神甫來說，則是生死攸關的問題。一名衛兵取下南懷仁的手銬腳鐐，放下脖子上的枷鎖，教士們被允許在監牢內觀察日食情況。湯若望仍然躺在牢內喘着粗氣，不時陷入昏迷之中。真相大白的時刻逼近了，猛然間，一個站在時刻表前的人喊到：“現在是中國人測報的時刻，2點15分，無日食發生，16分、17分、18分……”大統歷的計算方法被排除在正確之外。
“現在是回回曆的測報時間，2點30分。”然而太陽上並未出現絲毫蚊子，失望的觀察者還在等待，5分、10分、15分……阿拉伯人也被擊敗了。
“3點整，現在就到你們預報的時間了。”牢內的大官盯着湯若望，恰巧此時他剛醒。3點整，第一絲影子投到了太陽上，這只是神甫的第一個勝利。影子越來越大，逐漸遮蓋了整個太陽，這又是一個勝利，因爲神甫們預報將是日全食，而中國和阿拉伯學者都預報是日偏食。
邸報神甫們的勝利消息傳遍全國，大統歷和回回曆的天算家們被無情地擊敗了。刑部官員們無視已出現的事實，仍聚衆議決歐洲歷算學家的正確與否，可笑的是，他們對西方的數學和天文學近乎無知。南懷仁向中國官員保證，將準確報出晝夜一般長的春分時間，以此證明歐洲歷算法的優越性。然而，這些人就像燙傷的小蟲害怕再見到火一樣，他們只知道譴責湯若望和他的科學。
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不久，湯若望被判斬刑，鰲拜將其改爲凌遲。凌遲是中國最殘酷的刑罰，即在人活着的時候就開始分割身體。湯若望將被一刀刀割死，爲延長死亡過程，還要用烙鐵和熱油去止血。而他的同事則將被判一百棍，驅逐出境。
正當湯若望的判決被達到11歲的康熙皇帝面前時，上午11時，天和地又開始發生巨大變化了。天空中又出現了一顆慧星，拖着長長的尾巴。地面發生了一次大地震，持續長達三天，北京城和皇宮晃得像一條海上的船。監獄的牆塌了，衛士們嚇得驚慌失措，房屋在強震中像紙牌一樣成片塌倒。地面到處出現大裂口，城牆多處毀壞，火災四處蔓延……。尤其令人可怕的是，一股颶風夾帶着黑雲遮天蓋地而來，皇宮內的大臣、貴戚和宮女都嚇壞了。皇帝的祖母孝莊太皇太后帶着小皇帝康熙跑到外邊，住在了搭在瓦礫上的帳篷內，年老的皇太后哭着說：“這是天譴啊!”
在老天爺的無情打擊下，輔政大臣們不得不退卻，最後放棄處死湯若望的決定，將他釋放，湯若望就是在這種情況下死裏逃生的。
