晚清的滅亡與近代中國的衰落，慈禧確實難辭其咎，但她與光緒之間的關係，卻未必有那麼多的陰謀和算計。
作爲一國最尊貴的皇太后，慈禧即便沒有任何人提醒，她也能深深體會到自己在同治教育問題上的失敗，所以她領養光緒之後，暗自下決心不能在同一個問題上犯兩次錯誤。爲了培養光緒，慈禧請了全國最好的老師，對他進行最嚴格的道德品質教育、文化薰陶，慈禧立志要將光緒培養成一代明君，守住大清萬年基業。
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光緒的童年教育應該說是清朝歷代皇帝中最好的，他的知識素養也是這些皇帝中最棒的。到了1886年，十年苦讀使光緒有了很大提升，一個優秀君主已經露出了跡象。這一年，51歲的慈禧找到光緒的生身父親和軍機大臣一起商量，爭取讓光緒早點兒親政。慈禧的理由很簡單：一是皇兒長大了，二是自己也想歇歇了。
慈禧的建議起初並沒有獲得相關各方認同，然而各種各樣的勸說並沒有改變她的想法。幾經周折，年輕的光緒終於在1887年開始親政，慈禧在各方殷切要求下答應以後繼續爲光緒拿拿主意，不過帝國的日常事務處置權還是逐步向光緒轉移。
慈禧在這個事情上做得光明磊落，清廷的各種官方文件對此有着詳盡記載，然而到了1898年秋天，或許因爲“戊戌六君子喋血菜市口”之事，慈禧再度出院訓政，各種傳言便開始出現，甚至認爲慈禧先前撤簾歸政並不真誠。這顯然是不對的，因爲，假如慈禧不想讓出權力，她可以有無數理由和種種手段。
然而，大清國的政治現實並沒有滿足慈禧的期待。光緒親政沒幾年，甲午戰爭爆發，維新運動開始了，爲了大清國整體利益，慈禧不得不再次出山，幫助光緒料理國家大事。
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光緒不僅自幼體弱多病，更重要的是，作爲皇帝，他沒有完成而且永遠無法完成大位傳承。光緒的病情大約從1898年秋天逐步惡化，但經過宮廷御醫、天下名醫精心呵護治療，光緒竟然在那個沒有血液透析醫療條件下活了十年之久，這本身就是一個奇蹟。而如果沒有慈禧的支持和授意，這個奇蹟也很難發生。
誰也沒有想到，1908年秋，當政治改革到了最吃緊的關頭，年僅38歲的光緒病倒了，而且很快一命嗚呼。關於光緒的死因，清代正史和醫學專家的結論大體都是正常死亡。
歷史巧合之處在於，光緒發病的前一段時間，慈禧也因吃了一點不合適的東西拉肚子，鬧了好長一段時間。拉肚子在很多時候不會致人死亡，這是對的。蹊蹺之處還在於，慈禧拉肚子既然已經很長時間了，如果光緒不死亡，慈禧大概也不至於突然不治。光緒的死亡對73歲的慈禧打擊太大了，生命垂危中的老太太越想越傷心，越想越覺得自己一生太命苦，所有希望均成泡影，所以她在光緒英年早逝不到一天的時間，自己也一命嗚呼了。
這個解釋來自清代官方正式文件和清宮檔案，大意是說，慈禧得知光緒“大行”後，不禁悲從中來，不能自克，以致病情加劇，遂致死亡。
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這個解釋合乎人道合乎人情，合乎歷史合乎邏輯，唯一不合乎的是中國人最習慣最願意接受的陰謀：一個並非親生的兒子，慈禧怎麼可能爲他做到這個份上呢?
更被廣爲接受的是一個陰謀論的說法，這個說法的起源是康有爲。流亡美國的他在光緒逝世第二天就致電美國總統，要求美國政府不要承認新皇帝，因爲光緒是被慈禧謀殺的。這個說法沒有根據，況且遠在海外的他如何能夠得出這樣確鑿無疑的結論?美國政府沒有把他當回事兒，但是一百年後，康有爲卻找到了許多知音。
人們不願意相信清宮檔案中的記載，反而相信康有爲一廂情願的栽贓，慈禧太后也從此被釘在了歷史的恥辱柱上。
