不管太宗如何在文治武功上謀求超越太祖的地位，但終太宗一朝，卻始終無法擺脫太祖的陰影。太宗繼位之後，面對的一個頭疼問題就是如何對待此後的皇位繼承。按照“金匱之盟”的約定，廷美是皇位第一繼承人，並由廷美傳回太祖之子德昭。這是太宗所不願意看到的。自古帝王傳承多爲父死子繼，太宗也不例外。爲此，太宗絞盡腦汁，力圖一一排除傳子過程中的障礙，走過了一段充滿風波曲折的歷程。
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所謂的金匱之盟可能是太宗、趙普捏造出來的，雖然一時能掩人耳目，但最終限制了太宗傳子的願望。這還得靠太宗和趙普自己解開這道難題。在此過程中，太宗逼死弟弟和侄兒，逼瘋長子，其間的無奈、痛苦也許他再也不願重受一遍。
趙普在太宗定儲一事中扮演了極爲特殊的角色。太宗曾以傳國之事詢問趙普的意見。趙普一生讀書不多，但好讀《論語》，並從中學到一些治國之道。他曾對太宗說：“臣平生所知，誠不出此(指《論語》)。昔以其半輔太祖定天下，今欲以其半輔陛下致太平。”因此以“以半部《論語》治天下”而聞名於世。
趙普在太祖時代以佐命元臣之身份在中樞機構執政達10年之久，與太祖私交甚好，被其視爲左右手。太祖時代的一系列重大事件如陳橋兵變、杯酒釋兵權、制定統一戰略等事上，趙普都發揮了相當重要的作用。趙普的權勢甚至一度在晉王光義之上。他還反對過太祖傳位晉王光義的意圖。因此，他與太宗的關係極爲微妙。
太宗繼位後，趙普的地位已遠遠不及太祖時代，頗受壓抑和冷漠。太宗要維護自己的權力，對趙普這樣的太祖舊臣自然心存猜忌，何況兩人還曾是政敵呢。然而，趙普是開國元勳，太宗要安撫人心，自然需要利用這樣的元老重臣裝點門面，所以對趙普在表面上還是客客氣氣。趙普沉浮宦海幾十年，深知一朝天子一朝臣的道理，在身家性命隨時有危險的情況下，政治態度自然會發生一些變化。於是，當太宗向他詢問傳任廷美之事時，趙普心知太宗心意，便說：“自古帝王傳位乃是父傳子，當年太祖已誤，陛下今日還要再錯嗎?”這句話大獲太宗賞識，堅定了太宗傳子的信心。此後，趙普在太宗傳位的過程中扮演了極其重要的角色。
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太祖去世後，還留有兩個兒子德昭和德芳。太宗繼位之初，德昭封爲節度使和郡王。太宗徵遼時，德昭從徵幽州。高梁河之戰，宋軍慘敗趙德昭像，太宗隻身逃脫，不知所蹤。這時有人商議立德昭爲帝。後來，太宗生還，此事便作罷。班師回京後，太宗以此次北伐不利，便很久不行此前平定北漢之賞，將士們不免議論紛紛。德昭便爲將士們請賞，認爲即使與遼作戰失敗了，還是應該賞賜平北漢有功的將領。太宗聽後很不高興，就說：“待你做了皇帝再賞賜也不遲。”此言一出，德昭惶恐萬分，低頭垂淚，默然而出。
德昭所處地位本就微妙，而叔父那番話分明又是懷疑他有奪位之心，日後難全其身，又思及父母早亡，兄弟二人不得保，滿腹心事竟無處訴說，頓生短念，回來後便自刎身亡。據記載，太宗得知此事後又驚又悔，趕過來抱屍痛哭：“癡兒何至此邪!”下令厚葬，追封魏王。德昭死時年僅29歲。兩年以後，德芳又不明不白地死去，年僅23歲。於是，太宗皇位繼承的兩大“隱患”被消除了。
趙普借盧多遜交通秦王案，既打擊了政敵盧多遜，又討好了太宗，一箭雙鵰。但廷美的悲慘命運還沒到頭。趙普更進一步，他挑唆開封知府李符落井下石，上言說廷美不思改過，反多怨望。於是，廷美被降爲涪陵縣公，安置到房州。太宗命人嚴加監管。廷美氣憤難平，兩年後便死在房州，年僅38歲。順便提及的是，李符並沒有得到什麼好處。趙普怕他泄漏祕密，後來找了一個別的茬兒，將他貶到地方做了一個小官。
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廷美死後，太宗對外稱廷美乃是乳母陳國夫人耿氏的兒子，並非杜太后所生，這樣就徹底地將廷美排除在皇位繼承系統之外。當時，杜太后早已去世，太宗兄弟也只剩下他一人，太宗所言無人能夠反駁。因此，廷美到底是誰的兒子，恐怕也只有太宗自己最清楚了。
經過上述種種手段，太宗終於清除了將皇位傳給兒子的障礙。不過，太宗對皇位繼承人的挑選卻並非一帆風順，也頗多曲折。
太宗長子元佐自幼聰明機警，長得又像太宗，頗爲太宗喜歡。元佐有武藝，善騎射，還曾經隨太宗出征過太原、幽薊。
太宗迫害廷美時，元佐頗爲不滿，力加營救，請免其罪，但未能成功。後廷美死於房州，元佐得知此事，悲憤成疾，竟然發狂。左右僕從若有小錯，元佐即以刀棒傷人。太宗命太醫治理，才稍有好轉。
然而，雍熙二年(985)重陽節，太宗召集幾個兒子在宮苑中設宴飲酒作樂，因元佐病未痊癒，就沒有派人請他。散宴後，陳王元佑去看望元佐。元佐得知設宴一事，說：“汝等與至尊宴射，而我不預焉，是爲君父所棄也。”忿氣難平，一個勁喝酒。到了半夜，索性放了一把火焚燒宮院。一時間，殿閣亭臺，煙霧滾滾，火光沖天。太宗得知後，猜想可能是元佐所爲，便命人查問，元佐具實以對。太宗怒不可遏，欲絕父子之情。衆人營救不得，元佐被廢爲庶人。有人說元佐是在裝狂，以表示對父親的不滿和對皇位的拒絕。
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太宗去世後，其妻李皇后曾打算立元佐爲帝，但元佐並不知情，所以未受牽連。元佐的同母弟真宗即位後對元佐很好，努力幫他治病，只是元佐在其弟做了皇帝后，終身未見他。元佐死於仁宗天聖五年(1027)，享年62歲。在真宗即位後，元佐竟能安享富貴達30年之久，真是幸運。
在元佐焚宮這件事中，有一特殊人物，即陳王元佑。宴會後，元佑去元佐府中，不知說了什麼竟惹得元佐縱火焚宮，而後太宗認爲元佐宮中起火併非偶然，決意廢元佐爲庶人，元佑是否對太宗說過什麼，也難以查明。雍熙三年七月，元佑改名元僖，並封開封尹兼侍中，成了準皇儲。
