納芙蒂蒂在阿蒙諾菲斯三世之子阿肯那頓就位第四年時與他成親。當時她約莫15歲，而阿肯那頓也至少有14歲。由於他們兩人的結合，這位貌美如花的女子一躍成爲埃及有史以來最具權勢的女性君主之一。她受到衆人的敬愛、崇仰與膜拜。在所有重要的場合中，她隨時伴隨君側-她所享有的地位幾乎等同於法老王本人。但，突然地，這一切卻告無疾而終。直到今日爲止，沒有任何證據能顯示出納芙蒂蒂神祕失蹤的真正原因。在此之前，她的遺骸鹹認已不可追查。
納芙蒂蒂的出身到底爲何?
這位美麗的皇后，其出身背景也同樣的引人疑竇。有一派學說認爲，她有可能是米坦尼公主塔杜赫芭(Tadukhepa)，原先是許配給阿蒙諾菲斯三世，後來卻嫁給了他兒子。另外一派學說認爲，納芙蒂蒂乃是阿蒙諾菲斯三世與一名寵妾結合所生。這樣一來，阿肯那頓與納芙蒂蒂便成了同父異母的手足。但是這個理論不可盡信，要不然納芙蒂蒂就會享有“法老王之女”的封號，但事實卻非如此。
還有一種學說認爲納芙蒂蒂是提伊(Ti，也拼做Tiy)與艾伊之女(Ay，也拼做Aya)。根據此理論，她的父親會是在阿蒙諾菲斯三世朝廷中身居要津的官員，後來更成爲了阿肯那頓的心腹。
根據這個在埃及學界流傳漸廣的理論，納芙蒂蒂出身自埃及社會中的最高層。然而提伊或許不是這位美貌皇后的生母，根據證據顯示提伊很有可能是她的奶媽。
納芙蒂蒂與阿肯那頓法老王兩人攜手進行重大的宗教及文化改革。他們最背離傳統的一點在於他們摒棄了埃及自古以來的神祈，並全心供奉太陽神阿頓。
阿肯那頓在位後第15年，法老王夫婦兩人將皇居從底比斯遷移至阿克特阿頓(阿克特阿頓)，意即“阿頓神榮光之地”，但以其阿拉伯文名“阿瑪納”更爲人熟知。就算在傳統上爲阿蒙神信仰中心的卡納克，也紛紛建築新的廟宇來崇敬太陽神。
這些廟宇裏裝飾有許多納芙蒂蒂的肖像，而由於她也是君主，因此她另外有一個皇室封號“納芙納芙魯阿頓”(Neferneferuaton)，意思是“阿頓神完美無瑕”。
納芙蒂蒂是埃及有史以來在寺廟裏與紀念碑上出現次數最多的皇后，堪稱空前絕後。這位美貌的皇后很有可能甚至位居大祭司一職，而傳統上此職位是僅有法老王能夠擔任的。
然而於阿肯那頓在位的末年，納芙蒂蒂卻從圖畫與浮雕上消失了，取而代之的是她六名女兒中的梅莉特阿頓(Meritaton)和安海森帕阿頓(Ankhesenpaaton)。
皇后的下落到底如何呢?長久以來，研究人員相信納芙蒂蒂因爲失寵而被阿肯那頓逐出王室。或許這是因爲她無法生育男性子嗣的緣故嗎?另外也有學說認爲法老王夫婦兩人遭到人民叛變而被推翻，因爲人民將阿頓神信仰視爲異端邪說。的確，圖坦卡門於1333年繼承王位後，任何喚起阿肯那頓與納芙蒂蒂記憶的事物都遭到有系統的抹滅。 直到今天爲止，在阿克特阿頓的陵墓裏，只發現了與阿肯那頓有關的喪葬物品，這顯示了納芙蒂蒂從未下葬於該地。皇后的官方死亡紀錄也不可考。
