兩廣總督，全稱“總督兩廣等處地方提督軍務、糧餉兼巡撫事”，是管轄廣東、廣西兩省的最高軍政長官。
清朝入關後的第一個兩廣總督，叫佟養甲。
佟養甲生於1608年，出身於遼寧撫順一個富商家庭。當時，遼東一帶漢滿雜處，各種勢力錯綜複雜。佟家作爲商人，難免與各方勢力都有生意往來，明朝朝廷也沒有嚴格管理。
1616年，努爾哈赤建立後金政權。1618年，努爾哈赤在盛京宣讀著名的“七大恨”檄文，率領兩萬步兵、騎兵嚮明朝發起進攻。此後，後金就與明朝處於戰爭狀態。這時候，與後金做生意，就有“通敵”的嫌疑。偏偏佟養甲的堂哥佟養性見錢眼開，不顧朝廷禁令，依然與後金保持貿易往來，被抓走了。佟家隨即投靠後金，帶領後金軍隊攻陷了撫順。
佟家投靠後金後，一部分被編入漢軍八旗中的正藍旗，一部分編入滿軍八旗中的正白旗。佟養甲屬於漢軍正藍旗。他加入了清軍，並於1644年跟隨清軍入關，成爲清軍統一全國的急先鋒。
佟養甲與另一名明朝降將李成棟一起，從北京南下，攻克南京，摧毀了南明弘光政權。隨後又進軍福建，摧毀了南明隆武政權。接下來又轉戰廣東，摧毀了南明紹武政權。
佟養甲因功，於1647年被任命爲兩廣總督。
在對待南明政權方面，佟養甲堪稱心狠手辣。在攻佔廣州後，佟養甲將隆武帝一家20餘口全部殺掉。佟養甲誘降明朝大學士兼兵部尚書陳子壯，沒有成功，惱羞成怒地將陳子壯活活鋸死。南明抗清官員陳邦彥被佟養甲俘虜後，慘遭凌遲之刑。另一名抗清英雄張家玉也在東莞與佟養甲的軍隊血戰而亡。
陳子壯、陳邦彥、張家玉號稱“嶺南三忠”，他們全都死在佟養甲手上。
佟養甲的殘酷冷血，激起了廣東民衆的激烈反抗。不過，佟養甲沒有死在抗清軍隊手中，而是被自己人所殺。
這個自己人，就是曾經跟隨他征戰南北的副將李成棟。
佟養甲與李成棟並肩作戰，是同僚關係。可是，由於佟養甲的身份是漢軍正藍旗，屬於清朝的“自己人”，而李成棟只是明朝降將。所以，當他們攻克廣州後，佟養甲被任命爲兩廣總督，李成棟則只擔任兩廣提督。這樣一來，李成棟不但無權過問地方行政事務，在軍事行動上還得聽從佟養甲指揮。
心高氣傲的李成棟，忍不下這口氣。1648年，當江西總兵金聲桓、副將王得仁反清歸明後，李成棟認爲時機已經成熟，決定響應金聲桓、王得仁的行動，反正易幟。
1648年6月，李成棟在廣州發起兵變，宣佈反抗清廷，歸順南明永曆政權。佟養甲見形勢不妙，被迫剪掉辮子，表示順從李成棟。
後來，南明永曆政權雖然將佟養甲封爲襄平伯，掛了一個管理中軍都督府事的職務，但手裏並沒有實權。他不甘心，上書朝廷：“疑臣則殺之，不疑則任之，何能鬱郁居此?”永曆帝下詔對他進行寬慰，但仍然不給予實際職務。顯而易見，這是對他表示懷疑。
佟養甲很失望，懷念起清廷的寵信，便萌發了叛意。他暗中派人送信給清廷，說明廣州兵變的前因後果，希望派遣清軍南下廣州，自己在廣州做內應。沒想到，這封信落到李成棟手裏。
李成棟隨即派佟養甲前往梧州，在半路上設下埋伏，將佟養甲殺掉，絕了後患。佟養甲時年40歲。
