中國最後一個漢室王朝的明朝皇室數十萬皇族成員，大部分在第一場劫難中被造反軍屠殺了。另一部分又在抗清保國的戰爭中壯烈殉國了。除了這兩部分外，在這場空前浩劫中僥倖逃生的皇室成員，又開始了更爲艱難的生活。
據歷史記載，在明清鼎革之際，有一部分皇室成員，如秦王朱存樞、晉王朱求桂、代王朱傳(火+齊)，先被李自成農民軍俘虜至北京。後來滿兵入北京，這部分被俘皇族在兵荒馬亂中失蹤，生死不知，下落不明，一直成了歷史疑案。
清康熙三十八年，明朝皇室的主要皇族被全部處決....
在世界諸多亡國之君中，恐怕很難再找出像明朝末代皇帝崇禎帝那樣，在殫精竭慮、日理萬機的情況下無可奈何的用死來宣告自己王朝的覆滅。也很難再找出一個想盡辦法救國而不爲自己的家族考慮後路的末代皇帝。曾經與朋友們談起明之亡，也曾對此大惑不解，即使崇禎帝自己愛面子到了極點，不肯被人笑作臨陣脫逃，但怎麼也應該讓皇太子到南京暫避。這樣的話，北京即使陷落，他自己即使在煤山殉國，作爲陪都的南京也可以立即以皇太子爲中心建立名正言順、無可爭議的“救亡政府”，何至於有什麼“福、潞王之爭”以及多次的“北來太子案”?
可是，崇禎皇帝出了好面子之外，最大的弱點就是多疑，很難想象在他心中有什麼人是可以信任的，包括他的兒子。自己不去南京是因爲面子，而不讓兒子去南京，就是多疑——他害怕自己成爲李隆基第二，萬一要是北京沒有失守呢?已經16歲的兒子要是在南京自立爲帝，奉自己爲太上皇，把自己架空，該怎麼辦?所以，在擔心北京難保玉石俱焚的焦慮中，崇禎皇帝死死拉着三個兒子與自己一起坐等着北京沉沒在造反軍的汪洋大海——很不符合常理和邏輯，可事實就是如此。
北京九門相繼落入敵手，崇禎帝可以把皇后、妃子、公主們殺死或賜死，自己也可以一死殉國，但對於三個兒子，總還是存着他們能夠逃出去重振江山社稷的希望，便把他們交給心腹太監們讓他們想辦法逃出去。但這個太晚的決定並沒有挽救皇子們的命運，那些平常裏最受皇帝信任的太監們可沒有什麼赤膽忠心，面對北京到處都是造反軍的情況，他們或是把皇子丟在街上讓他們自生自滅(這還算是仁慈)，或是乾脆拿着皇子去向大順軍請功，於是，他們全都落入了李自成的手中(取自《甲申核真略》和《定思小紀》的說法)。
李自成並沒有立即殺死他們，而是帶着他們去征討打着“克復神京、奠安宗社、乾坤再整、日月重光”旗號來和他作對的吳三桂，爲的是以皇子來要挾吳三桂：李自成自然不會知道吳三桂後來對南明永曆帝的所作所爲，否則的話絕不會想出這個主意。在山海關，李自成被吳、滿聯軍擊敗，接着一敗再敗，三位皇子奇蹟般的活了下來並擺脫了大順軍，走上了各自不同但最後殊途同歸的路。
說“殊途同歸”，是因爲三位皇子命運雖然相差了幾十年，但最後都死在滿清朝廷手中。
先說皇長子，也就是皇太子朱慈烺，他的身份最尊貴，運氣和遭遇也是最差。從大順軍中逃出後，可能是因爲要尋找親人，他回到了已經落入滿清手中的北京，找到了自己的外祖父周奎，寄居在了周家。並和自己的妹妹，那個被崇禎帝砍掉一隻胳膊的長平公主重逢，兄妹倆抱頭痛哭。然而周家人都是勢力小人，哪裏會保護安置這位燙手山芋?太子的舅舅周繹出面要剛安頓了兩天的皇太子馬上走人。在亂軍當中吃夠苦頭的皇太子早就一肚子怨憤，再見到這些臣子加親人的不忠不義，哪裏還壓得住火?與自己的舅舅大吵起來，以至於雙方拳腳相加，終於驚動了鄰里和巡捕，周奎見已瞞不住，便把自己的外孫子招供了。
滿清攝政王愛新覺羅.多爾袞無端的抓住了大明王朝的真命天子，按說應該是喜出望外，可事實上明朝皇室皇太子的落網並不那麼簡單，無論是殺是留都很麻煩。作爲外來入侵者，滿清一方面爲了收買人心可以假仁假義的禮葬崇禎皇帝，可以善待所有不再抵抗的人，另一方面則對於他們一統中原的障礙大開殺戒。可明朝皇室皇太子正好處在這兩中態度的矛盾當中，若是留着他，明朝的忠臣義士就會心懷希望的打着大明天子的旗號前赴後繼。可如果殺了他，滿清的爲明朝報君父之仇的慌言就會不攻自破。
愛新覺羅.多爾袞不愧是陰險的政治家，他很快想出了一個一箭雙鵰的毒辣之計，那就是：讓人指出皇太子是假的，以冒充太子之罪將真皇太子殺掉。於是，一場“認證真僞太子”的鬧劇上演了。首先是親人指認，皇太子外公周奎和舅舅周繹自然領會了攝政王的意圖，一口咬定皇太子是假冒的，長平公主堅持說是真，被周奎打了一個耳光後也不敢再說話。原皇太子的侍奉太監有幾個不知天高地厚的指認是真，馬上被處死，剩下的也就沒敢說真。連曾經是太子老師的原內閣大學士謝升也指出是假。雖然太子當衆說，謝先生，某年某月某日，你講書時說過某事，現在還記得嗎?弄得謝升啞口無言，怏怏而退。但結果已經出來了，皇太子是假的!還有人上表堅持說是真的?好辦，殺!一連殺了十五個爭辯的大臣，終於沒人敢說話了。皇太子在被壓上斷頭臺的時候也許明白了，他原本來北京時看到滿清禮葬他的父皇，以爲也會厚待他，可他錯了，父皇受到禮遇是因爲死了，而自己是活的。他終於連以一個前朝皇太子的身份去死的機會都沒有了。(以上史實出於《石匱書後集》和《甲申傳信錄》)
皇三子定王朱慈燦，一直以來下落不明。到康熙18年三藩之亂快要平息時，定遠大將軍安親王嶽樂在湘中抓獲了一幫乘亂招兵買馬的草頭王，審問後發現他們還有同黨，是一個還俗的和尚，自稱叫朱慈燦。抓獲後，發現供述的情況與真正的皇三子情況極爲相像，與順治8年、12年、13年、16年和康熙12年打着“朱三太子”旗號起義諸多皇三子大不相同，完全有可能是真的朱慈燦。這回，清朝政府可比剛入關的時候成熟多了，康熙像彈菸灰一樣漫不經心的說道：“彼時朱慈燦年甚小，必不能逸出，今安得尚存?大約是假。”便決定了這位“朱三太子”的命運——又是以一個打着假皇太子旗號的身份殺掉。(《八旗通志》和《清聖祖仁皇帝實錄》有載)
最小的皇四子永王朱慈煥應該是兄弟姊妹中最幸運的一個，在大順軍中與兩個哥哥失散之後，與一位姓毛的將領逃到了河南，種了一年地。後因爲清朝政府清查“流賊”，姓毛的逃走，他只能一個人流浪，後在中都鳳陽遇到了一位前朝姓王的給事中，老給事中念及皇恩，將他收養在家，並改姓爲“王”。在王給事中去世後，皇四子永王朱慈煥又過上了流浪的生活，在浙江遇到了一位前朝姓胡的官員，這位胡大人也是個心念故國的人，便將自己的女兒許配給他。從此朱慈煥以餘姚王士元爲名靠教書爲生，到了康熙47年，他已經七十五歲，並且組成了有一妻一妾，六子三女一個孫子的大家庭。他對於自己的身世一直守口如瓶，但作爲明朝皇室的嫡系子孫，他最終也沒能擺脫那高人一等的貴族意識，他按皇家的傳統，在爲所有的兒子取名時以“和”字排輩，最後一字都爲帶有土部的怪字。這些舉動逐漸爲人們所注意，一位念一和尚在浙東起義時便打着他的旗號，終於使這位隱藏了幾十年的前明龍種遭到了滅頂之災。化名王士元的朱慈煥全家被捕，他的妻妾和女兒都自縊而死，男性家人無一漏網。朱慈燦否認自己參與造反，他對主審官說：“今上有三大恩於前朝：流賊亂我國家，今上誅滅流賊，與我家報仇，一也;凡我先朝子孫，從不殺害， 二也;吾家祖宗墳墓，今上躬行祭奠命人灑掃，三也。況吾今年七十五歲，血氣已衰，鬢髮皆白，乃不做反於三藩叛亂之時，而反於清寧無事之日乎?且所謂叛亂者，必先佔據城池，集屯糧草，招兵買馬，打造盔甲。吾曾有一於此乎?”話說得合情合理，而且也確實沒有他參與造反的證據，可是，因爲他承認了自己是前明皇子，就只能是死路一條。康熙又玩起了愛新覺羅.多爾袞的那一套，拒不承認皇四子永王朱慈煥的真實身份。清廷九卿審訊之後奏報：“朱三供系崇禎第四子。查崇禎第四子已於崇禎14年身故。又遵旨傳喚明代年老太監，俱不認識。朱三名系假冒，朱三父子應以凌遲處死。”
所有明末清初的史籍都記載崇禎帝皇四子並沒有在崇禎十四年亡故，而已經事過60多年的老太監且不說是真是假，即使是真，又如何認得當年的皇子?可惜，殺機已現，斷難挽回，這些連康熙自己都騙不了的證據就把“王老先生”朱慈煥全家送上了黃泉路，朱慈煥被凌遲處死，所有子孫除死於獄中的，全部斬立決。(以上載於《雞林舊聞錄》和《清聖祖仁宗實錄》)
至此，崇禎皇帝的嫡系子孫徹底被消滅，而且全都是以所謂不是他的子孫的名義被消滅。清朝皇帝一直在高唱舉逸興絕，善待前朝帝裔，以此來表示自己的寬仁大度和守禮好古，康熙皇帝還表示過：“朕意欲訪察明代後裔，受以職銜，裨其世受祀事。”但當真的前明後裔出現的時候，便開始“葉公好龍”了，都聰明的用不承認身份的辦法來食言，我是說過要保護善待你，可是你不是你，所以我殺你是理所當然的。滿清統治者歷來都用這種辦法來保持自己的偉光正是，我是說過要虛心納諫，但你說的不是忠言，是誹謗今上，所以你得死;我是說過要人人平等，但你是敵人，所以不能用平等來對待你;我是說過要提倡清廉，但你清廉是在沽名釣譽，所以我要整你……，凡此種種，不一而足,所承諾所標榜的經常改變，而偉光正是不會改變的。
摘錄“清朝大庫檔案”如下：
一、清世祖實錄，順治三年六月丁亥(十一日)大屠殺展開序幕。所頒“上諭”如下：
“諭兵部;聞青州大同，尚有故明親王郡王在彼居住，恐被流言誣害，致取罪戾，爾部可令各該督撫即爲查明，並其眷屬撥官兵護送來京，勿致途次疏虞，違者重治。他省地方如有廢藩居住者，俱令查明奏聞。”
二、東華錄載，順治叄年五月壬戌條：魯王等十一人私匿印信，圖植....”
三、順治三年八月，山西巡撫申朝紀揭帖：“爲順治三年六月十日接兵部諮。轉奉六月十一日上傳，查報境內明季親郡王。查有六合王朱效鑾，山陰王朱廷理二人，見(現)在潞安府及蒲州居住，先行奏聞”。(六月十一日頒旨，六月十九便送抵山西太原)“此即莽書中與明史不同處，六合王名字與明史不同”
四、佚名(內閣大庫檔案殘本缺前頁)山西巡撫殘本：“查解山西境內明季各郡王，計送六合王朱效鑾妻母二人，保定王朱效鑾妻子三人，沁源王朱效*(金和否加在一起的字)妻子及子媳五人……”(立即開始逮捕)
五、刑部等衙門會題殘本：“……及查兵部擋案，順治三年八月三十日，宣大總督馬國柱先解明季王子共九名，啓奉墨勒根王俱正法訖。其九人妻孥，據解到樂昌王子孫朱一王並劉氏，第二子朱國璋妻郭氏，朱君璋之妻王氏……(一連串男女王妃子女……)又一小孩子。該部裏議得，王等婦人交與戶部，小孩子應斬……”(全部處死)
六、順治六年十二月十五日刑部題本，查拏逃走明宗室朱淇江等案內稱：“該滿洲理事官老卻，同本司郎中王以約查審得，大同朔州宗室的兒子和媳婦們，兵部拏來給了廂黃旗馬拉希牛彔下該都裏爲奴……”(婦孺淪爲奴)
從此官方書不再稱“明室”稱“僞”或稱“逆”。
至康熙三十八年，下旨清查，明朝的皇室都殺光斬絕了。(仍有一些人漏網，但屈指可數)
爲了躲避滿清的迫害，一部分皇族成員，在國破家亡之後，紛紛隱姓埋名，或竄伏山林，或輾轉流徙，開始了艱難的逃亡生活。如出自大明皇室寧藩的宗室八大山人，在明亡後，便自動放棄了朱姓，自號雪個，後來乾脆出家當了和尚，只是把明朝滅亡的日期，偷偷地組成押印簽在他的畫裏，以志不忘自己是大明皇室子孫。
大明皇室周藩分支安昌郡王朱肅渣，在安昌淪陷後，逃往浙東，投奔監國魯王朱以海。舟山失敗，他戰死，其子安昌長子朱某年幼，被母妃攜帶逃出，後爲躲避清廷迫害，來到杭州淨慈寺，出家拜豁堂和尚爲師，做了和尚，後來到松江一個荒野破庵中偷生。母妃臨死時將王印交給兒子，庵中僧人走漏了消息，結果安昌王長子仍被官府抓捕處死，同庵僧人受牽連而死者數百人。
《清稗類鈔·姓名類》記載，明亡後，“天潢貴胄，轉徙流亡，無不改姓自晦”。《罪惟錄·楚昭王楨傳》也記載，大明皇室楚藩分支祁陽王朱某，在明末楚藩淪陷後逃到福建。後福建淪陷，他與一個叫嚴煒的書生一起“更姓名入瑤中自保”。因此，今瑤族中，也應有大明皇族的血統。
《罪惟錄》還記載，有某支宗室出生的諸生，明亡後絕望出家，初在無錫太子庵做和尚，後人又在界燈寺做住持，法號個納，能詩會畫，在當時頗有名氣，但從不與人講起舊時故事。
還有一部分明朝宗室成員，則被迫投降了清朝，接受滿人的統治，以使家族免遭絕嗣斷代之劫。前期投降清朝的有明朝皇室潞王朱常(氵+芳)，其後裔不明。最後也是最大一批投降清朝的是逃到臺灣的那一批。當年國姓爺鄭成功父子收復臺灣後，優禮宗室，所以1661——1663年間，有大批明朝宗室成員渡海來到臺灣。如1663年，明朝皇室遼藩長陽郡王之子寧靖王朱術桂保護魯監國朱以海妃陳氏及遺腹子朱弘桓東渡至臺灣。此間來臺灣避難的還有瀘溪郡王朱慈(火+著)、瀘溪郡府將軍朱慈某、奉新郡府將軍朱慈(火+廣)、奉南郡王朱和睦、益王朱怡鎬、舒成郡王朱慈(火+喜)、樂安郡王朱義浚、巴東郡王朱尊(氵+柬)。這些宗室皇族們受到鄭氏父子禮遇，在臺灣留居幾十年。但到康熙二十二年(公元1683年)，清朝施琅攻陷臺灣，鄭氏政權降清，逃到這裏的明朝宗室大都被俘，被迫投降，接受滿清統治。據說當年施琅來到臺灣，立即收繳這些皇族宗室的譜牒和印信。清朝至此統一全國，大局穩固，便假示寬仁，沒有再殺害這批明朝宗室遺民，而是將他們強迫內遷大陸，安置於山東、河南等郡縣。這部分宗室後裔因此能夠傳遞下來。
明朝最有骨氣的皇室 — 寧靖王朱術桂
改朝換代之際，最可憐的莫過於皇族;他們揹負了國亡家破的血債，下場不是成爲階下囚或者死路一條，就是流亡海外，力圖復國，但能成功的卻寥寥可數;最後的結果大多客死異鄉，漸漸的被人遺忘。但在臺灣，卻有一位從事復國大業的明朝皇室，他的恩德始終烙印在高雄縣湖內鄉居民的內心深處。他，就是大明寧靖王—朱術桂。
寧靖王朱術桂(公元1617--1683年)，字天球，別號一元子，是明第七代長陽王朱術雅的二弟，初封輔國將軍。明崇禎壬午(公元1642年)，農民軍攻陷荊州，朱術桂同長陽王朱術雅一起率領遼府宗族避難到湖中。明朝滅亡後，福王朱由崧南京稱帝，建立南明弘光政權。朱術桂與兄長陽王一同投奔，被晉升爲鎮國將軍，並受命與長陽王一同鎮守浙江寧海縣。
不久浙江淪陷，長陽王朱術雅逃難福建，傳聞已死。而魯王宣佈監國，改封朱術桂爲長陽王。後鄭芝龍、鄭成功父子據守福建，尊唐王爲帝，改元隆武。這時才知原長陽王朱術雅尚健在，並已改襲爲遼王。於是，唐王政權改封朱術雅爲寧靖王，督管方國安軍。此後，朱術桂轉戰海寧、丹山、紹興，明永曆五年與鄭鴻達攻取金門。後鄭成功攻佔臺灣，朱術桂率家眷於康熙二年(公元1663年)渡海來到臺灣，並隨鄭經開墾長治一里的竹滬莊。
據載他在這裏經營數十年，墾田數十甲，爲臺灣的早期開發作出了巨大貢獻。康熙二十二年(公元1683年)，清兵攻陷澎湖列島，臺灣鄭氏政權投降清朝，寧靖王朱術桂不願做異族之奴，遂於這年六月二十七日自縊殉國，全家妃妻五人同時殉國難。臨死前，朱術桂特地燒燬田契，把位於臺灣路竹鄉數十甲田地全數送給佃戶，然後才從容的懸樑自盡，時年66歲，葬在臺灣鳳山縣長治裏，五妃墓在其北30裏的魁斗山。
今臺灣路竹鄉有座寧靖王廟，廟中有朱術桂“艱辛避海外，總爲數莖發，於今事畢矣，祖宗應容納”的絕命詩。史載寧靖王朱術桂人品雄偉、美髯、弘聲、善書翰、喜佩劍、沈潛寡言。朱術桂無子，以比他低一輩的益王朱怡鎬之子爲嗣，取名朱儼珍，當年才七歲。據史書記載，這位朱儼珍被強遷回到大陸後，於公元1693年被清朝安置在河南開封府杞縣，後裔遂居於此。
鄉民因爲感念這位仁慈的明朝王爺，將他以及一位妃子的屍體合葬湖內鄉的村中，並且把他的整座墳都埋餘地下，還在附近造了一百多座的假墳，以混淆清軍的搜尋。直到日本統治臺灣時期，這座王爺墓才被人發現，但墓中古物都以淪入日本人之手，十分可惜。
臺灣光復後，鄉民更發起重建寧靖王墓;而在路竹鄉也有座寧靖王廟，名爲「華山殿」，又名「寧靖王文物紀念館」。每年到了農曆9月25日，寧靖王的祭日時，附近居民都會趕來祭拜這位命運坎坷的明朝王爺。 寧靖王死後三百多年的今天，人們並沒有將他遺忘。生前他照顧湖內百姓，死後又成了當地的守護神。
又據資料表明，明朝皇室寧藩的一部分宗室後裔，明亡後仍留居江西，直到今天，仍是江西朱氏中的重要一支。這支家族在清末民國時還續修了《江西八支朱氏宗譜》，至今仍保存在江西省博物館。另湖北沔陽一帶，今天也有明朝宗室後裔存在。
每當朝代鼎革時，新建的王朝總要剷除前朝皇族。但沒有哪一個政權像滿清王朝一樣，因爲自己是異族入侵，做賊心虛，對明朝宗室怕得要命，所以清初對明朝皇室實行血腥的屠殺政策。這給明朝皇室帶來了比明末農民起義更殘酷、更可怕的災難。直到康熙時期(公元1662--1722年)，情況才稍有變化。
康熙七年(公元1668年)，愛新覺羅·玄燁才下了這樣一道聖旨：“詔故明宗室子孫衆多，有竄伏山林者，令悉歸田裏;有改姓埋名者，姓氏皆復舊。”康熙二十三年(公元1684年)、三十八年(公元1699年)，康熙帝南巡時，又兩次到南京拜祭明開國皇帝明太祖朱元璋的葬的孝陵，並下令求訪明朝後裔，使奉守朱氏世祀。但因無法訪察，沒有結果。再到雍正二年(公元1724年)，清世宗胤禛正式訪查出明宗室後裔朱之璉，封爲一等侯，入正白旗令世襲，以奉明孝陵的春秋祀事。至此，明朝皇室後裔才結束逃亡生活，恢復了普通平民的身份。
