朝廷內喜氣洋洋，大家紛紛爲討伐了“叛逆”額手稱慶。
大戰之後就應該是大清算了。依附“叛黨”的平忠正帶着兒子投降了平氏首領平清盛，而源爲義也向兒子源義朝自首。爲了徹底清除掉崇德上皇的勢力，後白河天皇的親信藤原信西提議將已經有兩百多年沒有施行的死刑重新恢復，將崇德上皇一方的武土統統處斬。是年七月二十八日，平清盛“大義滅親”將與自己意見不合的“亂黨”平忠正及其四個兒子全部處斬。源義朝原想替父親和諸位兄弟求情，結果引得後白河天皇的不悅。儘管源義朝不願意斬殺父親與兄弟，可是聖旨已下，他也無計可施。
其實大家心裏都明白，與自己一直不和的平忠正的存在，使得平清盛這個平氏棟樑當得並不怎麼如意，所以斬殺平忠正時，平清盛心裏說不定早樂開了花。然而，源義朝並不像平清盛那樣假惺惺，他是真的不想斬這些親人。一方面，畢竟是父子情、手足情，有點下不去手;另一方面，自己的幾個兄弟差不多都跟着父親源爲義混，這下差不多全都一鍋端了，對河內源氏而言可是個巨大的損失。
不想砍歸不想砍，當下的情形也是不得不砍了，源義朝只好親自監斬，把自己的父親和幾個兄弟都給斬了，而唯一沒被殺死的兄弟便是那個驍勇善戰的鎮西八郎源爲朝了。源爲朝脾性暴烈，在父親源爲義投降時拒絕降服，獨自逃走，後來在洗澡的時候被人偷襲，給逮了回來。
鎮西八郎最後的結局也不怎麼樣，他先是被廢了手腳，然後被流放到了伊豆大島，可這位仁兄安靜地養了幾年傷後便又開始鬧騰起來，帶着人佔島爲王，隨後也被討平。最後心有不甘的源爲朝只好切腹自盡，他也成爲日本歷史上第一個切腹自盡的武土。只是當他切腹之後，沒有立即死亡，而是倒在血泊之中抽搐了好久才因失血過多而死，因此後世的武士一旦要切腹，一般都會找來一個武士充當“介錯”，在自己切腹時一刀砍下自己的頭顱，避免出現切腹之後半死不活的情況。
處理完了平忠正和源爲義，後白河天皇開始找最後一個人清算了，那個人正是他的兄弟崇德上皇。當時後者已經出家，但後白河天皇仍不放心，就將其流放到荒無人煙的讀岐島，讓其孤獨終老，這招可以說是又損又狠。
這場發生在保元元年的政變被稱爲“保元之亂"”，可以說武士正是從保元之亂開始登上政治舞臺的。但是，事實上保元之亂後真正掌控了權力的還不是武士們，而是後白河天皇的親信藤原信西。藤原信西一當政，立即着手恢復天皇親政的制度，實行了被後世稱爲“保元之治”的新政。其核心政策如下：一、整頓莊園，抑制大家貴族的勢力;二、整頓寺社;三、重建之前因爲各種天災人禍毀壞的皇官;四、恢復朝廷的各種禮儀與祭典。
保元三年(公元1158年)，後白河天皇退位，將呈位讓給了自己的兒子，即二條天皇，而他自己則像之前的白河天皇和鳥羽天皇那樣，開設院廳，成爲真正掌控權力的上皇。不知道是不是因爲之前保元之亂處理親戚的態度，後白河上皇以及權臣藤原信西一直不怎麼待見源義朝，反而和平清盛走得很近。就在源義朝十分苦惱的時候，一天晚上，—個人趁夜拜訪了他。當源義朝看到客人的模樣之時，頓時吃了驚，原來當夜拜訪他的人正是後白河上皇的男寵藤原信賴。在保元元年的時候，藤原信賴還只是個武藏守(官名)，但是到了保元二年的時候，他就靠後白河上皇的寵愛平步青雲，成爲宮中炙手可熱的人物。
藤原信賴和源義朝的會面，《平治物語》有詳細的記載。
“你在保元之亂中立下了大功，上皇大人說你是大忠臣。”藤原信賴一上來就給源義朝扣了個功臣的高帽子。
源義朝被拍了馬屁，有些摸不着頭腦：“權大納言大人半夜找我難道就爲了這事?這事以前上皇大人就已經表彰過了啊?”
藤原信賴擺了擺手，示意源義朝不要着急：“可是，當今朝廷上卻出了個弄權的奸臣。”
“哦?竟然有這事?”源義朝假裝吃驚，儘管他知道這個後白河上皇的寵臣說的“弄權的奸臣”指的是誰，但是他還是十分謹慎，裝得十分純潔無瑕，彷彿與黑暗的政治鬥爭毫無瓜葛一般。
“就是藤原信西，欺君弄權，”藤原信賴假裝有些生氣，接着他又裝得有些憤憤不平，“而且，我知道他很排斥你，聽說他還讓他的兒子娶了平清盛的女兒。”
聽到這件事情，源義朝的心情頓時陷入了低谷，臉上便稍有慍色“這是藤原信西告訴我們的。”藤原信賴最後這句話就像是炸彈般，令源義朝爆發出了自己的憤怒。
藤原信西不喜歡源義朝，這件事其實源義朝心裏十分清楚，而藤原信西與平清盛結爲親家一事，也確實讓源義朝顏面掃地。因爲在平清盛巴結上藤原信西之前，源義朝就曾想拉攏藤原信西，於是向藤原信西求親，希望結成親家。可是藤原信西卻表示，公家的尊貴豈是他源義朝—個武土能隨隨便便高鎣的，毅然決然地拒絕了這門親事。可是之後沒幾天，藤原信西就讓平清盛拳上了尊貴的公家。而且那句這是藤原信西告訴我們的”，也就是說，源義朝向藤原信西求親然後被拒絕的事，早就被後者說了出去，並且已經是滿朝文武人人皆知。
看着火候差不多了，藤原信賴就又澆了一把油上去：“論人品，論長相，論武勳，他平清盛哪點比得上你源義朝啊，都是因爲小人當道，纔會讓你如此失意。”
源義朝腦子一熱，將手中的扇子摔在了地上：“他平清盛算什麼東西，當初平定保元之亂用火攻的計策，還是我先向上皇大人提出來的呢!”
就這樣，河內源氏的首領源義朝一時意氣用事，上了藤原信賴的賊船。
