穆爾所率英軍自科魯尼亞撤走之後，拿破崙便以爲他已排除了英軍再次干涉西班牙的一切可能性。誠然，葡萄牙仍有待征服，但此事可以放在徹底打敗奧地利以後再說。他現在的當務之急是竭盡全力攻佔奧地利首都。通往維也納的捷徑是經由多瑙河谷。1805年，烏爾姆大捷之後，他就是由此打到維也納的。
戰役過程
2月21日，拿破崙令其陸軍大臣克拉爾克派人召請馬塞納元帥，要他指揮一個新組建的"萊茵觀測軍"，因誤傷失明的馬塞納此時已經康復，該軍由四個步兵師和一個輕騎兵師組成，預定3月12日以前在斯特拉斯堡集中。拿破崙接着便向萊茵邦聯的德意志諸國(巴伐利亞、符騰堡、薩克森、巴登和黑森-達姆施塔特)發出警告，說他們的自由正受到奧地利侵略的威脅，因此他們必須進行動員並將他們的軍隊在3月20以前交他調遣。這樣，他就獲得了大約十萬人的增援，其中僅巴伐利亞軍頗有戰鬥力，其他德意志軍隊只適用於維護交通線。這些僕從國君主身不由己，只好俯首聽命。巴伐利亞國王馬克西米連·約瑟夫請求讓其王儲指揮巴伐利亞軍，但拿破崙不予批准，而是把指揮權授予但澤公爵勒費弗爾元帥，此公由於缺乏能力，剛被拿破崙從西班牙軍團撤換下來。貝爾納多特則從漢堡調到德累斯頓，奉命接替指揮薩克森國王所提供的軍隊。
有關奧軍在因河右岸集結的報告不斷送至拿破崙手中。3月24日，他命令用馬車把近衛軍從西班牙運回巴黎，以便他們一天能完成三天的行程。貝西埃爾從西班牙北部地區調來指揮德意志軍團的騎兵軍，因爲繆拉已被晉封爲那不勒斯國王。貝西埃爾原來的職務則由克勒曼將軍接替，後者在馬倫哥戰役時表現突出，調任前一直與朱諾一起在葡萄牙作戰。
3月28日和30日，拿破崙就德意志軍團的編成和部署，向貝爾蒂埃下達了極爲詳盡的長篇指示。他預料奧軍將在4月15日發起進攻。因爲奧地利駐法大使梅特涅 [ 注:梅特涅(1773-1859)是奧地利外交的一個反動支柱。他1803年出任駐柏林大使，1807年出任駐巴黎大使，1809年繼圖古特之後出任外交大臣並於1813年晉封爲親王，他在1814-1815年的維也納議會中曾起過主要作用。 ] 仍在巴黎，尚未申領歸國護照。如果奧軍在4月10日前進攻，那麼法軍就應在萊希河之後集結，右翼置於奧格斯堡，左翼置於因戈爾施塔特和多瑙沃爾特之間的多瑙河谷上，皇帝大本營設在多瑙沃爾特。斯特拉斯堡將作爲主要的補給基地，奧格斯堡和因戈爾施塔特則爲前進補給基地。此外，要在多瑙河上組織船運，輸送彈藥給養，還要大量烘製麪包乾糧。總醫院應設在烏爾姆、奧格斯堡和多瑙沃爾特。德意志軍團編成應如下:
第二軍，拉納 [ 注:拉納元帥在西班牙奪取薩拉戈薩時戰功卓著，此時已離開西班牙，正在前往德意志的途中。 ] :三個步兵師40,000人，一個半騎兵師6,000人，火炮57門;
第三軍，達武:四個步兵師45,000人，二個騎兵師6,000人，火炮66門;
第四軍，馬塞納:四個步兵師30,000人，一個騎兵師5,000人，火炮68門;
第七軍(巴伐利亞軍)，勒費弗爾:三個步兵師30,000人，一個騎兵師4,000人，火炮60門;
騎兵軍，貝西埃爾:四個騎兵師6,000人;火炮6門;
合計:十四個步兵師145,000人，九個半騎兵師27,000人，火炮257門。
該軍團在近期內還可望得到近衛軍的增援，計有一萬八千步兵，四千騎兵和六十門大炮。爲了保衛交通線，還正在組建第八軍，由奧熱羅指揮;第九軍薩克森軍，由貝爾納多特指揮;和第十軍，由熱羅姆國王指揮。
不過，拿破崙現在被迫陷於兩線作戰的境地，這是他始料不及的。3月21日，他曾寫信給其兄約瑟夫，痛斥他把西班牙戰事搞得不可收拾。拿破崙對下屬將領一貫控制過度，集指揮大權於一身，他現在正開始自食其果。他的將軍們如果僅僅具有領導者的獨立工作能力並不能升任元帥，而必須在他的眼皮下執行他的命令表現出熱情和主動精神。在其十八位元帥之中，唯有馬塞納和達武有能力指揮一個軍以上的兵力。馬塞納在1799年曾嫺熟地指揮黑爾維謝軍團而拯救過法國;達武也曾完全靠自己而贏得奧爾施泰特戰役。但是，內伊在埃爾欣根，蘇爾特在奧斯特里茨卻都是直接在拿破崙的親自指揮下作戰。他們的確是優秀的戰術家，但卻沒有表現出任何戰略天才。因此，當拿破崙無暇兼顧西班牙戰場的軍事行動時，其指揮系統的弱點便暴露無遺。
馬塞納軍的四個師在阿斯佩恩和阿德克拉之間構成整個法軍的左翼，從一開始他就與克里勞軍在阿斯佩恩附近展開了激戰。拿破崙直到下午6時纔將其近衛軍和重騎兵預備隊集中到拉斯多夫附近其中心點的後方(位於多伊茨-瓦格拉姆以南4英里)。經過陣前偵察，他決定攻擊奧軍在水深流濁的魯斯巴赫河一線的左段。這次攻擊是由達武和烏迪諾從正面發起的，但到處受挫，傷亡慘重。一些指揮官由於很晚才接到命令，因此他們的進攻都是零星發起的，而奧軍則猛烈反擊。結果不但沒有攻下任何敵軍陣地，位於中部的貝爾納多特所指揮的薩克森軍反而被逐出了阿德克拉村，狼狽而回。由於夜幕降臨，拿破崙命令停止戰鬥，打算次日繼續進攻。
豈料7月6日清晨，查理大公竟率先發動進攻，這不禁使拿破崙大吃一驚。馬塞納的四個師在阿德克拉和阿斯佩恩之間長達7英里的正面上，被迫抵禦奧軍主力克裏勞軍和柯羅華特軍的衝擊。其右邊的薩克森軍再次被擊潰，而其左邊的布爾代師則被逐出阿斯佩恩村，其火炮也損失殆盡。形勢看起來十分危急，因爲，如果奧軍沿多瑙河岸推進，法軍就會被切斷退路。面臨着這種危險，拿破崙只有兩種選擇:要麼將其預備隊也調過河來支援其受威脅的左翼;要麼對奧軍的中路和左翼實施反擊。前一種方案困難在於距離太長，調動複雜，拿破崙遂決定打擊瓦格拉姆，因爲這是奧軍左右翼的接合部和中心要點。與此同時，他還可以用右翼部隊席捲魯斯巴赫敵軍全線。
拿破崙要馬塞納不惜一切代價守住左翼，然後命令洛里斯託納和德魯奧把近衛軍的六十門火炮投入戰鬥，集中炮轟瓦格拉姆和阿德克拉之間的奧軍中心。經過長時間，大規模的炮擊之後，貝西埃爾率領重騎兵師向業已動搖的奧軍步兵衝去。接着，麥克唐納所率歐仁的二十營步兵以及隨後跟進的馬爾蒙和符雷德的部隊相繼突破了奧軍中部。同時，右翼的達武在馬爾格拉夫-新錫德爾以南渡過魯斯巴赫河，席捲整個奧軍左翼之後也向瓦爾格拉姆合圍。戰鬥異常激烈，奧軍的抵抗十分英勇。但是，當查理大公在下午4時獲悉其弟約翰的部隊離戰場還有10英里遠時，他這才意識到其圍殲法軍的計劃已告失敗，同時感到即使把這場屠殺繼續下去也於事無補，遂命令部隊脫離戰鬥向北撤入摩拉維亞山區。
奧軍的撤退井然有序，僅丟下重傷員和一些被打壞的火炮。法軍精疲力竭無力追擊，拿破崙已經把所有預備隊都用光了。在近程炮戰中雙方都投入了四百門以上的大炮，因此傷亡慘重。法軍傷亡可能高達三萬餘人，奧軍也可能有二萬六千人。對於拿破崙而言，瓦格拉姆之戰雖不象弗裏德蘭之戰和奧斯特里茨之戰那樣可稱之爲壓倒性的勝利，但結果證明它同樣是決定性的。查理大公的軍隊在夜間以數路縱隊向北撤退。法軍於次日纔不緊不慢地追擊。7月10日，馬塞納在茲諾伊莫追上奧軍後衛，兩軍交手，馬塞納取勝。此後，奧皇感到自己的軍隊不能再承受更大損失，遂於11日派列支敦士登親王向拿破崙請求休戰，拿破崙欣然同意。他遠離法國本土，況且從西班牙傳來的消息也不容樂觀。戰爭行動雖已告終，但經過了三個月的艱苦談判，雙方纔於10月14日在肖恩布魯恩宮最後簽訂了和平條約。
瓦格拉姆之戰後，拿破崙把失寵的貝爾納多特遣送回國，他對這位元帥指揮薩克森軍不力甚爲不滿。麥克唐納、馬爾蒙和烏迪諾則分別授予元帥銜，達武晉封爲埃克繆爾親王，馬塞納晉封爲艾斯林親王。
