準格爾是瓦剌四部之一，其巔峯期是在葛爾丹時期。葛爾丹時期，準格爾主導下的瓦剌各部基本上完成了對蒙古草原的統一，具備了與清朝抗衡的實力，因此主動進攻清朝，以求得到清朝的承認，與清朝分庭抗禮。但在烏蘭布通戰役中，康熙率清軍擊敗了葛爾丹，葛爾丹的企圖未能得逞。
此後，康熙又率軍出征，主動出擊，希望與葛爾丹進行主力決戰。但從純粹軍事層面說，康熙這次主動出擊並未能取得預期的效果，只能說是打了個平手，誰都沒佔到什麼便宜。不過，從政治層面來看，情況就不一樣了。清朝以中國內地爲腹地來打仗，戰爭資源是非常深厚的，可以輸得起，輸一兩次也不要緊。而葛爾丹經不起失敗，一旦打一次敗仗，內部就會出現問題。
經過幾個回合的較量，葛爾丹內部果然出現了問題。看到葛爾丹並沒有實力擊敗清朝之後，被葛爾丹裹挾的蒙古各部紛紛掉頭，轉而倒向清朝一邊。在葛爾丹的後方，同時也發生了內部分裂，葛爾丹的侄兒策妄阿拉布坦公然反對葛爾丹，策妄阿拉布坦在血統上的合法性比葛爾丹更充分，所以準格爾內部的各個部落很快就倒向了策妄阿拉布坦。此後，準格爾主導的蒙古草原的短暫統一就崩潰了，準格爾重新回到新疆和中亞地區。
準格爾此時的處境是非常糟糕的。傳統上，在蒙古草原和新疆一帶的遊牧部落如果南侵不能得逞，還可以向西發展，以壯大自己的實力。但在準格爾佔據新疆的時期，這個條件不具備了，因爲西邊出現了更具侵略性和進攻性的勢力，也就是正在崛起中的俄國。所以準格爾東邊面臨清朝的打擊和壓迫，西邊又面臨俄國的壓迫，生存空間越來越狹窄。
更爲重要的則是，像所有的遊牧民族政權一樣，準格爾在繼承製度上沿用了草原上的兄終弟及的繼承方式，導致具有汗位繼承權的人越來越多，內戰也就越來越頻繁，內部不斷分裂，每次汗位繼承都要經歷一次殘酷的內戰，或者是兄弟子侄之間的相互殘殺。經過這種不斷的內耗和自相殘殺，準格爾的實力就一直在不斷下降。
到乾隆時期，清朝經歷了康雍乾盛世的長期積累，綜合實力更進一步提高，而準格爾卻在長期的內戰中越來越衰落，部落離散，各自爲政，相互之間誰也不服誰。最後，正是在內部繼承權戰爭失敗的準格爾王子阿木爾薩那主動投降清朝，讓清朝完全知道了準格爾早已不是百年前那個強大的準格爾了，現在出兵已經是水到渠成的事。
所以，清朝方面出動六萬大軍，分別以哈密和科布多爲前進基地，逐步調集軍隊，準備大舉進攻準格爾。而此時的準格爾內部仍然處在內戰之中，根本無力進行統一的抵抗。清軍開始行動後，因爲有阿木爾薩那等準格爾王公爲前驅，所以沿路並未經歷大規模的戰役，就輕鬆的進入了準格爾汗國的核心地帶，也就是伊犁河谷地區。而此時的準格爾能夠用於抵抗清軍的全部精銳兵力，總共只有五千人。
在清軍的攻勢下，準格爾的兵力很快就被擊敗，準格爾汗國也就此被消滅。但不久後，之前投降了清朝的阿木爾薩那又突然發動叛亂，企圖發動準格爾部衆，驅逐清軍，自己變成準格爾汗王。於是清軍調整了原來的軍事部署，重新派遣將帥，進行了對阿木爾薩那的討伐，阿木爾薩那被擊敗後逃往哈薩克草原，清朝纔算最終完成對新疆地區的統一。當時的準格爾境內，總共只有二十五萬人口了，可見準格爾已經衰落到了什麼地步。
