“……謹以天主像一幅、天主母像二幅、天主經一本、珍珠鋃嵌十字架一座、報時鐘二架、《萬國圖志》一冊、西琴一張，奉獻於御前，物雖不腆，然從極西來，差足貴異耳。”
3幅宗教畫，一幅是玻璃盒內的基督圖，系總會長所贈;另兩幅爲油畫，分別是來自羅馬的聖路加的聖母像摹本以及描繪聖母瑪利亞懷抱耶穌同施洗者約翰在一起的圖畫。最後這幅不慎被腳伕摔壞成3塊木版，利瑪竇不無揶揄地說，一摔造成的裂縫使它在中國人眼中變得更古老，進一步提高了價值。萬曆皇帝將天主像收入內庫，兩幅聖母像送給皇太后。
一座鑲寶石的十字架，一本鍍金邊、金絲封面的每日祈禱書，並未引發同等關注。多棱鏡因光通過它卻毫不變樣，被當時一些中國人稱爲“無價的珍貴寶石”，但也沒給皇帝留下深刻印象。真正引發他濃厚興趣的是自鳴鐘和西琴。
兩座自鳴鐘，一座爲鍍金鐵製帶有懸錘的大自鳴鐘;一座爲青銅鍍金制小自鳴鐘，發條驅動，高只盈掌。與中國傳統計時器相比，西洋自鳴鐘有複雜、緊湊、耐用的金屬結構，可大可小，走時準確，報時直觀，更方便可靠。
西琴是一臺不通過鍵盤演奏而用撥子撥弄琴絃的小型古鋼琴。它是17世紀意大利造的一種長方形琴身的古鋼琴，堪稱最早傳入中國的古鋼琴。當時萬曆對這種新奇的樂器非常感興趣，命4名太監學習演奏。一個月後，4名太監每人學會了一首樂曲。這是已知的鍵盤樂器音樂在中國的最早傳播與教學。
利瑪竇所說的《萬國圖志》並非其所著《坤輿萬國圖志》，實爲一本裝幀精美的奧特利烏斯的製圖學名著《雙半球投影世界地圖》。介紹了一系列有關地圖和地學的西方近代科學方法，包括採用有等積投影和方位等距投影的地圖投影方法，打破了中國人天圓地方的傳統觀念，使其認識到中國只是地球的一小部分。
天文儀器
利瑪竇在故鄉曾隨克拉維烏斯神父學習天文學，能繪製各種日晷的圖案以及製造科學儀器，如天球儀、星盤、象限儀、羅盤等。他將這些儀器送給當地官員和學者以打開傳教的局面。
日晷
日晷是根據日影方向和長度測定時間的儀器。白晝，太陽在天空中的運動，會使物體的影子隨之移動，根據太陽照射在某些物體上的影子可判斷時間。“晷”即太陽的影子，日中時，影子指向正北的瞬時爲正午，即當地“真太陽時”12時正。
天體儀
標示天體的一種球形儀器，常被用來從事天文學或占星術研究。一般認爲古希臘的米利都人泰勒斯(活動於公元前6世紀)是這種儀器的首創者。16世紀地圖學家墨卡託於1541、1551年各製造一個天體儀。一根金屬軸貫穿天體儀的球心代表天軸，球體可環繞天軸旋轉。垂直方向的金屬圈代表子午圈，水平圈環則代表地平圈。使用者可根據緯度在子午圈上調節天極高度，從而觀測不同緯度、不同時刻的星空景象以及某一天體的地平經度和地平緯度。
星盤
星盤是用來推算時間、觀測天文的古代科學儀器。最常用的一種是平面星盤，古代天文學家們用其測算太陽、月亮及其他星體的位置。星盤主體是圓形銅盤，背面裝有可繞中心旋轉的窺管。觀測時將銅盤垂直懸掛，用窺管對準恆星，就可從盤邊的刻度上讀得相關數值。星盤正面有星圖和地平座標網，對所測數據加以綜合，就能得出時間。星盤被廣泛用於天文學和地理學，直到18世紀才爲六分儀所代替。
渾儀
渾儀是一種球形觀測儀，主體由金屬圈和窺管構成。有刻度的圈代表子午圈、地平圈、黃道、赤道等，是重要的天文觀測儀器。
道德、宗教、科學著作
《畸人十篇》
《畸人十篇》是利瑪竇最後一部著作，共10篇。除末篇外，均採用對話體，記錄了作者同8位中國文人的談話，涉及死亡、靈魂不滅、齋戒、靈脩、善惡報應、占卜以及財富等諸多方面。
《交友論》
《交友論》是利瑪竇第一部中文作品，1595年在南昌寫成，中文與拉丁文對照，薈萃西哲格言，引用包括亞里士多德、西塞羅、奧古斯丁等人論友誼的格言上百則。爲適應中國文人閱讀習慣，利瑪竇加了點自己的看法，略加修辭。《交友論》面世後，多次再版，並被編入多種漢語叢書，漸漸融入中國思想和倫理的寶庫。
《天主實義》
這本書第一次系統地向中國人論證了上帝的存在、人的靈魂不朽和死後必有天堂地獄之賞罰等教義。內容明顯接受儒家思想，將天主教教義與儒家思想匯合，對16至18世紀天主教在中、日等地的傳播起了很大作用。這本書還最早把“星期”概念引進中國。
《幾何原本》
此書問世後一直是學習幾何知識和培養邏輯思維能力的典範教材。歐幾里得以演繹邏輯建立數學公理化系統，成爲現代公理法源流，其方法論意義深遠。
《乾坤體義》
自然哲學著作，共3卷。除介紹地球和天體構造、地球和日月五星相互關係的原理外，概括了作爲觀測天體準則的幾何學原理。該書試圖打破天圓地方說與五行相剋說，以此取代佛教，拆散儒佛聯盟，是利瑪竇傳教策略的體現。
《二十五言》
利瑪竇在南京時寫成的小書，約4000字，共25節修身格言，以天主教的精神爲基礎，強調“禁慾和德行的高貴”。書成於1599年，1604年馮應京出資刊印，徐光啓作序推薦。兩人的盛名促進了這本小冊子的傳播，很快取得成功。
《渾蓋通憲圖說》
1607年，由利瑪竇口授、李之藻筆述的實用天文學譯著。原作3卷，兩人合譯2卷，主要講解了日晷、星盤等天文儀器的實用操作技術。借調和中國傳統宇宙論中的渾天說與蓋天說，將克拉維烏斯闡發的以地球爲中心的水晶球模式(托勒密體系)及其計算方法作爲“通憲”(修黃曆)的衡量標準，從而實現否定中國傳統宇宙論的意向。它和自制的天文儀器、世界地圖一起，成爲利瑪竇征服士大夫心靈的手段。
《坤輿萬國全圖》
利瑪竇在北京時繪製的世界地圖，在中國翻刻12次之多，以李之藻1602年刻版的流行最廣。利瑪竇的地圖令明朝帝國精英第一次“放眼看世界”，由此領悟中華文明並非惟一的先進文明。利瑪竇爲迎合中國人的心態，將子午線從中間向西移動170度，中國被畫在了世界中央。
