清廷撤藩
康熙帝決定撤藩三藩。早在順治死時，吳三桂擁兵北上入祭，兵馬塞途，居民走避，清廷恐吳三桂生變，命其在城外張棚設奠，禮成即去。康熙帝親政數年，深知朝廷中外之利害和前代藩鎮之得失，曾說：“朕聽政以來，以三藩及河務、漕運爲三大事，夙夜厪念，曾書而懸之宮中柱上。”
康熙六年，吳三桂以目疾請解除總管雲貴兩省事務，以相試探。康熙帝命吳三桂將所管各項事務交出，責令雲貴兩省督撫管理。雲貴總督卞三元、提督張國柱、李本深合詞請命平西王仍總管滇黔事務。康熙帝以照顧吳三桂身體爲理由，予以拒絕。
1673年(康熙十二年)三月，平南王尚可喜疏請歸老遼東，留其子尚之信繼續鎮守廣東。經戶、兵兩部和議政王貝勒大臣集議，認爲如果尚之信擁兵留鎮廣東，跋扈難制，康熙帝遂詔令盡撤全藩。吳三桂和耿精忠得知不能自安，在同年七月先後疏請撤兵，以試探朝廷意旨。經戶、兵二部確議，吳三桂及所部五十三佐領官兵家口應俱遷移。疏下議政王大臣會議，大學士索額圖、圖海等多以爲三藩不可遷移。惟有刑部尚書莫洛、戶部尚書米思翰、兵部尚書明珠等力請徙藩。康熙帝再命議政王貝勒大臣及九卿科道會同確議，畫一具奏。諸王以下所見不一，仍持兩議。康熙帝考慮到藩鎮久握重兵，勢成尾大，非國家之利;又以爲吳三桂之子，耿精忠諸弟都宿衛京師，諒吳、耿二人不能發動變亂。遂下令三藩俱撤還山海關外。
吳三桂、耿精忠疏請移藩，實迫於形勢，並非本意。吳希冀朝廷慰留，如明代沐英世守雲南之先例。及撤藩命下，愕然失望，遂與其心腹聚謀，暗中部署兵馬，禁遏郵傳，只許入而不許出，並勾結他省舊部，又與耿精忠聯絡應和，準備叛亂。康熙十二年八月清廷命禮部侍郎哲爾肯等赴雲南，戶部尚書樑清標等赴廣東，吏部侍郎陳一炳等赴福建，各持敕諭，會同該藩及督撫商榷移藩事宜。九月，清廷命陝西總督鄂善總督雲南軍務，寧夏總兵官桑額提督雲南軍務。此時吳三桂與其黨正日夜加緊密謀。侍郎哲爾肯、學士傅達禮等既至雲南，催促起行。吳三桂表面拜詔，而屢遷行期，反謀益急，而難於舉兵之名。欲立明朝後裔以號召天下，但緬甸之役及殺害永曆帝無可自解;欲行至中原據腹心之地舉兵，又恐日久謀泄。是年十一月，吳三桂起，殺雲南巡撫朱國治，拘捕了按察使以下不順從的官員，發佈檄文，自稱“原鎮守山海關總兵官，今奉旨總統天下水陸大元帥，興明討虜大將軍”。佯稱擁立“先皇三太子”，興明討清，蓄髮，易衣冠，傳檄遠近，致書平南、靖南二藩及各地故舊將吏，並移會臺灣鄭經，邀約響應。雲南提督張國柱、貴州巡撫曹申吉、提督李本深等隨吳三桂反。雲貴總督甘文焜在貴州聞變，馳書告川湖總督蔡毓榮，急走至鎮遠，被副將江義以兵包圍，甘文焜自殺，三藩之亂由此開始。
自1673年(康熙十二年)十一月二十一吳三桂起兵叛亂。至1681年(康熙二十年)十月二十九吳世璠自殺，清軍進入昆明，三藩之亂歷時八年。其演變過程，大致可分爲三個階段。
起兵江南
1673年(康熙十二年)十一月至十五年四月。戰亂不斷擴大，吳三桂兵出三貴，進據湖南澧州、常德、嶽州、長沙;清軍雲集荊州、武昌、宜昌，但不敢渡江攖其鋒。孫延齡叛於廣西，羅森、鄭蛟麟、吳之茂叛於四川，耿精忠叛於福建，臺灣鄭經渡海進兵福建漳州、泉州和廣東潮州，提督王輔臣又叛於寧羌，擊殺清陝西經略莫洛。四方震動，人心動搖。康熙帝欲親征，經議政內大臣密議諫止。清軍東征西討，顧此失彼。隨後尚之信又叛於廣東，總督、巡撫俱附之，清廷增兵兩江。
天下響應
清政權統一大陸後，民族矛盾在全國範圍內依然普遍存在;階級矛盾這時已成爲社會的主要矛盾;統治階級內部矛盾也繼續存在。因此，當吳三桂剛一舉起反清旗幟，明皇室以及鄭經集團、部分漢宮、漢兵和少數民族上層人士，一些地區的農民、奴僕都迅速做出反應。
此外，三藩舉起反清旗幟後，四川的幾個土司、苗民、察哈爾蒙古布爾尼、青海墨爾根臺吉等少數民族也相繼響應。
相持階段
1676年(康熙十五年)五月至十七年七月。以王輔臣敗降平涼爲轉機，形勢向有利於清軍發展。隨後，因鄭經部爭據福建漳、泉、興、汀等地，耿精忠腹背受敵，倉促撤兵請降。尚之信也相繼投降。孫延齡又被吳世璠殺於桂林。於是，清軍集中兵力進逼長沙、嶽州，吳三桂聚衆固守。兩軍在江西吉、袁二州、廣東韶關、永興和廣西梧、潯二州及桂林等湖南外圍要地反覆爭奪。清軍將帥每多觀望，曠日糜餉，在軍事上仍處於相持階段。
平定雲南
1679年(康熙十七年)八月至二十年十月。1673年(康熙十七年)，年已七十四歲的吳三桂在衡州稱帝，國號大周，但未能改變叛軍的困境。同年秋，吳三桂病死，形勢陡變。叛軍無首，衆心瓦解。其孫吳世璠繼承帝位。清軍趁機發動進攻，從此叛軍一蹶不振，湖南、廣西、貴州、四川等地逐步爲清軍攻陷。但馬寶、胡國柱等叛軍仍困獸猶鬥，節節頑抗;滿洲將帥仍多遷延，以致時逾兩年，清軍才進逼雲南，康熙二十年底，圍攻省城昆明。吳世璠勢窮自殺，餘衆出降，三藩之亂終告平定。
