還不知道宋真宗時期畢士安已經是宰相了，爲何還要推薦寇準當宰相?這是因爲寇準是朝野上下公認的大才，早在宋太宗時期就出任過參知政事，畢士安覺得自己的才能不如他。
聽到畢士安如此強烈推薦，宋真宗便說：“寇準才能是不錯，但聽說他好剛使氣，難以服衆。”皇帝話音未落，畢士安馬上答道：“寇準爲人方正，慷慨有大節，忘身徇國，秉正道而去奸邪，所以與小人勢不兩立，滿朝文武無人能及。今天下之民雖蒙聖恩得以休養生息，可西北党項跳樑小醜蠢蠢欲動，這正是起用寇準的最佳時機。”
在畢士安的一再推薦下，宋真宗終於決定讓畢士安和寇準同拜平章事(宰相)。不過畢士安兼監修國史，這是首相的特權。所以寇準還是相當於畢士安的副手。
寇準這邊剛剛上任，另一邊馬上就收到了針對他的舉報信。舉報人是一個叫申宗古的平民百姓，罪名很嚴重：與安王趙元傑勾結謀反。一個小老百姓能掌握到親王和宰相謀反的證據，這事怎麼看都讓人覺得不靠譜。可是宋真宗竟然決定受理此案，並命人徹查。
寇準雖爲人剛正，可面對這種要抄滿門的大罪也是惶恐不安。而朝臣們更是對寇準避之不及，唯恐跟他多說一句話會牽連到自己。關鍵時刻，畢士安再次挺身而出爲寇準辯白。
畢士安以宰相身份親審此案。他命人將申宗古打入大牢，嚴加審訊。這案子本來就充滿矛盾，破綻百出，所以申宗古很快就架不住審訊，將冤枉寇準的事情全部招了出來。作爲一名資深老幹部，畢士安知道此類案件如果一定要搞個水落石出，勢必會拔出蘿蔔帶出泥，引發朝廷動盪。所以他在掌握了案情細節後不再繼續深挖，只是將這個喜歡被人當槍使的申宗古一刀砍掉，然後就此結案。如此一來，寇準洗清了冤屈，案件的幕後主使也因被人掌握了證據不再敢肆意妄爲。
從此案的處理可以看出，畢士安不僅有識人之明，謙恭之態，而且在處理具體問題時也能考慮全局，面面俱到。
景德二年(1005年11月14日)，畢士安去世，享年六十八歲。宋真宗爲表彰其對國家的貢獻，追贈太傅、中書令，諡號文簡。
