乾隆三十年正月，那拉皇后陪乾隆皇帝第四次南巡。這次南巡成了那拉皇后命運的轉折點，南巡初期，一切都很正常，在途中，皇帝還爲她慶祝四十八歲千秋。閏二月十八日，他們來到杭州，在風景秀麗的“蕉石鳴琴”進早膳時，皇帝還賞賜給皇后許多膳品，但到了當天晚上進晚膳時，皇后就沒有再露面，陪着皇帝進晚膳的只有令貴妃魏佳氏、慶妃陸氏、容嬪和卓氏。此後，皇后再也沒有露過面。
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那麼，究竟是什麼事情導致帝后反目的呢?
乾隆四十三年，在金從善事件中，皇帝自己給了一個解釋：“孝賢皇后崩逝時，因那拉氏本系朕青宮時皇考所賜之側室福晉，位次相當，遂奏聞聖母皇太后，冊爲皇貴妃、攝六宮事。又越三年，乃冊立爲後。其後自獲過愆，朕仍優容如故。乃至自行翦發，則國俗所最忌者，而彼竟悍然不顧。然朕猶曲予包含，不行廢斥。後因病薨逝，只令減其儀文，並未降明旨削其位號。朕處此事，實爲仁至義盡。且其立也，循序而進，並非以愛選色升。及其後自蹈非理，更非因色衰愛弛......"
後來才知道，在閏二月十八日那天，乾隆派和碩和嘉公主額駙福隆安把皇后由水路送回京師。(清宮的《上諭檔》記載:“閏二月十八日,乾隆派額駙福隆安扈從皇后那拉氏,由水路先行回京。”)南巡結束，回到京師不久，乾隆即下令收回皇后手中的四份冊寶，即皇后一份、皇貴妃一份、嫺貴妃一份、嫺妃一份，裁減了她手下的部份傭人，到了七月份，那拉皇后手下只剩兩名宮女，按清宮制度，只有位分最低微的答應才配備兩名宮女。
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乾隆三十一年七月十五日，正在木蘭狩獵的皇帝發了一道上諭：“據留京辦事王大臣奏，皇后於本月十四日未時薨逝。皇后自冊立以來尚無失德。去年春，朕恭奉皇太后巡幸江浙，正承歡洽慶之時，皇后性忽改常，於皇太后前不能恪盡孝道。比至杭州，則舉動尤乖正理，跡類瘋迷。因令先程回京，在宮調攝。經今一載餘，病勢日劇，遂爾奄逝。此實皇后福分淺薄，不能仰承聖母慈眷、長受朕恩禮所致。若論其行事乖違，即予以廢黜亦理所當然。朕仍存其名號，已爲格外優容。但飾終典禮，不便復循孝賢皇后大事辦理。所有喪儀，止可照皇貴妃例行，交內務府大臣承辦。着將此宣諭中外知之。”
皇后死了，皇帝卻說是她福薄所致，並且不肯爲她舉行皇后等級的葬禮。直至此時，帝后反目事件才以一種猶抱琵琶半遮面的形式展現在天下人眼前。
