1895年2月17日，在經歷了半個月艱苦卓絕的保衛戰之後，北洋海軍的最後基地威海衛陷落，北洋海軍全軍覆沒。此時的馬吉芬則由於傷勢過於嚴重，在中國簡陋的條件下無法獲得良好的醫治和療養，再加上海軍敗亡，失去了衆多戰友的他，在中國已然無所牽念，馬吉芬在威海陷落不久後即返回美國。
1897年2月10日，馬吉芬向護士要來了裝有他一些資料和手稿的保險箱，然後支開了她們。 11日午夜兩點鐘，值班護士突然聽見他的病房裏傳來了一聲槍響，當她們衝到牀前時，發現馬吉芬半倚在牀上，手中持着一把左輪手槍，右耳上兩英寸處的彈孔汩汩向外流着鮮血……原來這把槍是隱藏在保險箱中的紙堆裏。在他牀頭的案上，留着一紙遺書，上面寫道：
“注意牀單沒有被子彈所引燃。在此致以我對大家的讚美和道別，併爲左輪手槍之事對費爾普斯小姐表示歉意，這是所有槍都會導致的一條出路。永別了!……順便提醒一句：我雖最終自裁但這並非是一次苦難逃亡。”
馬吉芬爲何突然選擇自殺?美國方面歷來的說法是他精神錯亂，並難以忍受傷痛之苦，但真相究竟是什麼?
1895年2月12日凌晨，北洋海軍提督丁汝昌服毒自殺。
1895年2月13日，“鎮遠”號代理管帶，馬吉芬好友楊用霖以手槍自殺。
威海衛之戰的失敗，使北洋海軍走到了全軍覆沒的邊緣，忠勇的海軍將領不願投降日軍，憤然自盡。馬吉芬曾在他的文章中寫道：
“其中如提督丁汝昌，我不能不向其深切沉痛追悼。他既是勇敢的武士，又是溫和的紳士，他迫於濫命和強敵作戰而一敗塗地。及見大勢已去，盡畢生最後的職責，爲了麾下將士的生命而與敵簽約。這是他自己的決定。他曾期望活着，但他知道祖國的不仁，對他的冷酷待遇將要超過不共戴天的敵國。在夜半孤燈之下，左思右想，飲鴆而逝。老英雄當時的感情究竟如何?”
或許，這個受傷的美國人也有同感。他被他吝惜金錢的祖國剝奪了他所渴望的服役機會，只好將他一生中最美好的時光和他的生命奉獻給了另一面國旗下的人民。
正如他的墓誌銘所言：“謹立此碑以紀念一位雖然深愛着自己的祖國，卻把生命獻給了另一面國旗的勇士。”
而此篇文章，也願所有對中國有過幫助的國際戰士們安息!
