關於《後漢書》的思想價值，清人王鳴盛評曰：“範書貴義德，抑勢利，進處士，黜奸雄，論儒學則深美康成(鄭玄)，褒黨錮則推崇李(膺)、杜(密)，宰相無多述而特表逸民，公卿不見採而特尊獨行。”(王鳴盛《十七史商榷》)應當説，這個評價頗為中肯，然“公卿不見採”改為“公卿少見採”可能更恰當，且褒隱逸、尊獨行亦未到極端的程度，只不過和其他正史相比較突出罷了。具體説來，《後漢書》有肯定王權秩序、頌揚忠貞名節等儒家正統思想，亦有褒揚避世隱逸、狂狷放達的道家玄學思想，還有對佛教思想的批判等。
宣揚儒家正統思想亦應為《後漢書》的基本內容。《後漢書》中對大部分人物的褒與貶，有一個正統儒家思想的標準：有利於社稷安定、國計民生的忠貞之士，即受褒美;反之，即受貶責。
《後漢書》中褒讚了大量的勤政愛民者。如《循吏列傳》中記傳衞颯時，贊其人“理恤民事，居官如家，其所施政，莫不合於物宜”;記傳王景時，歷數其修渠治水、教民耕作蠶織等政績，贊其勤政愛民;記傳王渙時，寫其敦儒學，習《尚書》，讀律令，清正廉明，善斷案，“曲盡情詐，壓塞羣疑，又能以譎數發佞姦伏……”又如在卓茂、魯恭、魏霸、劉寬等傳記中，贊其治行卓著;杜根、劉陶、李雲等傳記中，贊其仗義直諫;班超、樑謹等傳記中，贊其大智大勇，立功西域……這種讚揚表現了對王權秩序和國計民生的維護。
《後漢書》中還對仗義執節者大加讚美。《黨錮列傳》中寫李膺受陷害，遭黨錮之禍時，拒不逃避，曰：“事不辭難，罪不逃刑，臣之節也。吾年已六十，死生有命，去將安之?”從容就死。範滂“少厲清節，為州里所服。舉孝廉，光祿四行(敦厚、質樸、遜讓、節儉)”，及遭黨禍，亦慷慨就死：“其母與之訣，滂白母曰：‘仲博(其弟)孝敬，足以供養。滂從龍舒君歸黃泉，存亡各得其所。惟大人割不可忍之恩，勿增感戚。’母曰：‘汝今得與李、杜齊名，死亦何恨!既有令名，復求壽考，可兼得乎?’滂跪受教，再拜而辭。”這是一幅捨生取義、母子訣別的撼人圖畫。顯然，范曄對此是大加讚美的，亦即是對封建忠義的讚美。
與作者對上述記傳人物的態度相反，范曄對外戚、宦官的橫暴專權、禍國殃民則大加撻伐。東漢中葉，和帝、安帝以後，皇帝都是幼年即位，不能執掌朝綱，於是開始了外戚與宦官爭奪王朝統治權的混亂局面。如桓帝與單超、徐璜、具瑗、左悺、唐衡五宦官計議殺了樑翼，五人俱被封為侯。於是，他們居功自傲，把持朝綱，窮奢極欲，禍國殃民。《後漢書》對上述的外戚與宦官們進行了無情的揭露和批判。
綜上所述，可見《後漢書》肯定了王道秩序，讚美賢達忠義，鞭撻奸佞邪惡，基本上體現了儒家正統思想觀念。其實，這也是它被定為“正史”的根本原因之一。
《後漢書》對佛教與讖緯思想基本上是否定的。在《西域傳·論》中，范曄評價佛教説：“詳其清心釋累之訓，空有兼遣之宗，道書之流也。且好仁惡殺，蠲弊崇善，所以賢達君子愛其法焉。然好大不經，奇譎無已，雖鄒衍談天之辯，莊周蝸角之論，尚未足以概其萬一。又精靈起滅，因報相尋，若曉而昧者，故通人多惑焉。”指出了佛教的荒誕不經。又，《張衡傳》中載其《請禁圖讖》一篇，作者以欣賞的口吻敍述了他上疏的情況：“衡以圖緯虛妄，非聖人之法，乃上疏曰：‘此皆欺世罔俗，以昧勢位……宜收藏圖讖，一禁絕之，則朱紫無所眩，典籍無瑕玷矣。’”聯繫《宋書》本傳中亦説范曄“常謂死者神滅，欲著《無鬼論》”，其臨死前“語人寄語何僕射：天下決無佛鬼”，亦有助於理解《後漢書》的這一思想傾向。
