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隆慶六年(1572年)春，明穆宗駕崩於紫禁城乾清宮中，太子朱翊鈞即位，改年號萬曆，是為明神宗，由此開始了他對中國長達四十八年的統治。神宗初立王氏為皇后，但王氏僅育有一女，後因屢次流產而未能產下子嗣。中宮無子也讓萬曆皇帝苦惱不已，萬曆九年(1581年)，神宗在其生母李太后的慈寧宮中私幸宮女王氏，後來王氏有孕，產下了神宗的長子朱常洛(即後來的明光宗)，但神宗對這個兒子卻並不喜愛。而此時美人鄭氏被選入宮中為嬪，鄭氏入宮後很快得到神宗的寵愛並從此寵冠後宮，萬曆十四年(1586年)正月，鄭氏為神宗生下皇子朱常洵(即福王)，神宗大喜之下冊封鄭氏為皇貴妃並統攝六宮事宜。
而當上皇貴妃的鄭氏此時最想要的就是讓神宗立自己的兒子為太子，她不能容忍一個宮女所生之子日後成為大明的天子。神宗雖然非常喜愛朱常洵，但大明祖制立嫡以長(中宮無子則只能立長子為太子)，他知道一旦立朱常洵為太子，勢必引發朝臣的激烈反對。果然不久後就有流言從宮中傳出：“説神宗與鄭貴妃曾到大高玄殿禱神盟誓，相約立朱常洵為太子，並且將密誓御書封緘在玉匣內，由鄭貴妃保管。”此言一出，舉國大譁，朝廷之中議論紛紛，由此也引發了歷時十多年的“國本之爭”(明神宗冊立太子的問題)。
萬曆十四年(1586年)冬，“國本之爭”以內閣首輔申時行上疏請立長子朱常洛為太子而拉開序幕。申時行上書後，朝中大小官員紛紛上疏請立長子朱常洛為太子，面對羣臣的進言，神宗使用了拖延戰術，他對羣臣説皇長子年齡尚小，等過幾年再説。然而從神宗對兩位皇子生母的態度中朝臣們紛紛懷疑皇帝想要廢長立幼(朱常洛生母僅被冊封為妃，而朱常洵生母卻是皇貴妃)。他們絕不願因對此事讓步而被記入史冊，讓後世覺得朝中無忠君愛國之人。緊接着户科給事中姜應麟、吏部員外郎沈璟等人紛紛殊請冊立長子朱常洛為太子，神宗對此的迴應是將二人貶斥邊遠之地。接着又有南北兩京數十人上疏申求，明神宗對此雖置之不理，我行我素。
此後朝中大臣們仍然要求冊立皇長子朱常洛為太子，並於萬曆十八年(1590年)集體要求冊立，三百多名大小官員杜門請辭，向神宗施加壓力。神宗大怒之下將上疏的一百多名官員或罷職、或廷杖、或流放，禮部尚書洪乃春被廷杖後憤鬱而死，首輔申時行辭官。這以後廷杖幾乎成了萬曆皇帝對付那些對他和鄭貴妃之間的關係敢於置喙的大臣們最主要的手段，但這樣的手段卻擋不住大明的官員們，他們依然前赴後繼，不顧生死向皇帝上疏早立東宮。
就這樣這場萬曆年間最激烈複雜的皇儲爭議政治事件，在歷時十五年的時間，四位首輔辭官以歸，上百名六部官員及六科給事中、御史等被廷杖、罷職及流放後，神宗皇帝終於在萬曆二十九年(1601年)讓步，立虛齡已二十的皇長子朱常洛為太子，朱常洵為福王。但皇太子的地位卻並不穩固，一直到萬曆四十二年(1614年)梃擊案發生之後，在大學士葉向高、禮部右侍郎孫慎行等眾多朝臣的壓力下，福王終於之封國，皇太子的地位才算穩固，這場國本之爭才真正的宣告結束。
