日蓮俗姓貫名，幼名善日麻呂。父親名為次郎重忠、母親名為梅菊女，誕生於日本安房國小湊。誕生時，從地面湧出清水並開出青蓮花。
在天福元年(公元1233年)，12歲的日蓮進入清澄寺修學。經過長年累月的鑽研學問，成為一位智慧非凡的青年。之後為了救濟民眾及國家的和平，探究佛法的真髓，決意得度成為僧侶。西元1237年，時年16歲，以道善房為師而得度，道號為是聖房蓮長。蓮長為了完成出家以來的宿願，懷抱著更深遠的志向，展開了以鎌倉為首的諸國遊學之旅。西元1242年之後，經過了10年以上，閲讀了更多的書籍來探究佛法。以當時日本佛教中心的比睿山延暦寺為首，並在奈良、大阪、京都等大寺院，鑽研了法華經及一切經典之奧義。時建長5年西元1253年4月28日，大聖人32歲。登上清澄山嵩之森之山頂，向以東昇之太陽為首的宇宙法界，唱出「南無妙法蓮華經、南無妙法蓮華經、南無妙法蓮華經」，成就了立宗之大宣言。並於是改名為「日蓮」。
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時當鎌倉亂世，公家政權日漸式微，武家抬頭，以下克上之風漸盛，各地戰亂不斷，百姓生活水深火熱，幼小的日蓮目睹這一切，難免心有所感，覺得平時所修學的佛法，皇室與貴族們都十分虔誠地相信尊崇，為何卻不堪大用?加之當時佛教派別林立，淨土、真言、天台各宗各門，各宣其教，各推其教義為最尊，究竟何者為是?小小的日蓮已經在開始思考這兩個問題。於是，在入寺之後不久，善日麻呂在虛空藏菩薩前立下誓願：立志成為日本的第一智者!四年後的嘉禎三年，十六歲的善日麻呂由道善房正式剃度出家，法號“是聖房蓮長”。在此之後，為了更好地研究佛理，解決心頭的兩個疑問，他離開清澄寺，前往當時的政治與佛教中心——鎌倉，潛心修學。
經過刻苦的修學，蓮長終於領悟到唱唸南無妙法蓮華經，是唯一的正道教理，是末法時代能救世人的唯一正法，逐漸完善並建立他的思想體系。終於，在建長五年(公元1253年)，蓮長認為自己的思想已經成熟，可以公諸於世，於是，回到了闊別多年的故鄉，時年三十二歲。
建長五年四月二十八日，蓮長在他出家的清澄寺諸佛坊之持佛堂上，在眾多僧侶與信眾面前，公開唱誦“南無妙法蓮華經”十遍，宣佈開宗立教(後世遂以1253年4月28日為日蓮宗開宗之日)，向公眾宣告他所領悟的佛之真實教義，並且大力破折當時其他盛行的宗派，在當地民眾中引發巨大震動，掀起軒然大波。可是，當地的地頭東條景信對淨土宗十分虔誠，對於蓮長的教義大感震怒，於是，不惜加以迫害，加之當時身邊的眾多親朋師長對其教義都未能完全接受，在其師道善房的勸導與暗中幫助下，蓮房不得不離開家鄉，再度前往鎌倉。他在鎌倉附近的松葉谷留下，建了一座茅屋居住，同時，正式改法號“日蓮”，此時，日朗、日昭等人皈依其門下，成為他的早期弟子，在家的信眾富木常忍、四條賴基、工藤吉隆、池上宗仲等也在這時前來皈依。
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1260年，將所著《立正安國論》上之幕府，以立正為因，安國為果，立正就是信仰《法華經》。要求禁止淨、禪諸宗，專奉法華信仰，大觸北條時賴之怒，以誑惑罪發配到伊豆(在今靜岡)之東。兩年後被赦回鎌倉，仍批判諸宗如故。後又被幕府逮捕，發配佐渡(在今新)。他在此為諸弟子撰《開目鈔》、《觀心本尊鈔》等，闡明宗義，採取闡述“折伏門”的態度。三年後被赦回鎌倉。不久至甲斐(今山梨)身延山建草菴，為弘布《法華經》道場，上人圓寂後，其門下的日昭、日朗、日興、日向、日頂、日持(六老僧)葬其遺骸於身延山，建立久遠寺，即今日日蓮宗的總本山。大正天皇追諡立正大師號。日蓮著有《觀心本尊抄》、《開目抄》、《撰時鈔》、《立正安國論》、《報恩抄》等文。
弘安五年(公元1282年)九月，日蓮將本門戒壇大御本尊與相關的法門傳承給日興上人。同月，日蓮在眾多弟子的極力勸喻下，離開身延山前往常陸國的温泉療養。但其實日蓮最終並沒有前往常陸，而是滯留在武藏的俗家弟子池上宗仲的家中，他自知即將入寂，於是開始安排後事，十月，他在眾多追隨的弟子中指定日昭、日朗、日興、日向、日頂、日持六人為“入室弟子”，即後來所稱之“六老僧”，由他們來繼承與負責日蓮入滅後在各地的傳教活動。十月十三日，日蓮再次將相關法門與最後遺囑交付與日興上人，後來結集成為御書，指定由日興上人繼承其衣缽，同日，日蓮上人在池上家示寂，走完了他坎坷卻富有傳奇色彩的一生，終年六十一歲。
