劣勢
日軍一直認爲美軍的主攻方向是在南太平洋，當美軍開始進攻吉爾伯特羣島時，日軍毫無準備，只得臨時拼湊兵力進行增援，聯合艦隊先後組織了三支艦艇編隊支援，運送彈藥補給;運載支援部隊。就在調動積極備戰時，傳來馬金島失守的消息，眼看增援無望，只得取消行動。當吉爾伯特羣島戰役打響時，日軍部署在馬紹爾羣島的飛機已有相當部分被調去拉包爾，僅存飛機40餘架。
反擊
美軍以第50特混編隊的第1大隊負責壓制馬紹爾羣島的日軍航空基地，但起先只對馬紹爾羣島南部距離吉爾伯特羣島較近的機場進行了攻擊，11月20日，日軍卻從馬紹爾羣島中部羅伊島機場起飛16架魚雷機，在塔拉瓦島以西55公里處發現了美軍的第50特混編隊第3大隊，隨即投入攻擊，其中，“獨立”號航母被一條魚雷命中，主機艙、鍋爐艙和彈藥艙都破損進水，艦員死17人，傷43人，被迫撤離戰場，返回珍珠港大修。此以後的幾天裏，第1大隊對所有作戰半徑能夠到達吉爾伯特羣島的機場全部進行了反覆攻擊，在美軍的強有力的壓制下，日軍在馬金島登陸作戰期間無法出動一架飛機前去增援。直到11月23日，才勉強從馬洛埃拉普出動了19架戰鬥機，結果中途遭到美軍30餘架飛機的截擊，被擊落9架，其餘10架被迫返回。
11月24日後，日軍從特魯克等地調集飛機加強馬紹爾羣島的航空兵力量。
11月25日，日軍從羅伊島出動13架岸基攻擊機，於下午出擊，天黑後進行攻擊，沒有取得任何戰果，11月26日14時，日軍從馬洛埃拉普起飛16架攻擊機，於18時許對美軍第50特混編隊的第2大隊進行了攻擊，依然沒有取得戰果。11月28日，日軍又從馬洛埃拉普起飛10架攻擊機，攻擊了美軍第50特混編隊的第4大隊，還是毫無所獲。
戰果
除了航空兵外，日軍還出動9艘潛艇進行了反擊。11月24日凌晨，在馬金島西南海域，5時13分，日軍“伊—175”號潛艇發射的魚雷命中“利斯科姆灣”號護航航母。5時35分，“利斯科姆灣”號護航航母因彈藥艙爆炸並引燃大火，艦體折斷而沉沒，包括馬林尼克斯少將在內650人喪生。這也是日軍潛艇所取得的唯一的戰果。日軍將潛艇集中於美軍艦艇頻繁活動的海域，在水面艦只和飛機嚴密警戒的海域，加上多次變更部署，導致潛艇在運動中接連暴露，此後，日軍潛艇未取得戰果，反而有6艘潛艇被擊沉，另3艘也帶傷返航。
