目前所知最早記載鍾馗其人其事的是唐代盧肇的《唐逸史》：開元年間（713—741），唐玄宗病中夢見一小鬼盜走玉笛以及楊貴妃的繡香囊。玄宗大怒，正要派武士驅鬼，忽見一大鬼奔進殿來。此鬼蓬髮虯髯，面目可怖，頭系角帶，身穿藍袍，皮革裹足，袒露一臂，一伸手便抓住那個小鬼，剜出眼珠後一口吞了下去。玄宗駭極，忙問是誰?大鬼向玄宗施禮，自稱是終南山鍾馗，高祖武德年間，因赴長安應武舉不第，羞歸故里，觸殿前階石而死。幸蒙高祖賜綠袍葬之，遂銘感在心，誓替大唐除盡妖魅。唐玄宗醒後，病也霍然而愈。玄宗令畫家吳道子按其夢中所見畫一幅鍾馗圖。圖成，唐玄宗在畫上批曰：“靈祗應夢，厥疾全瘳，烈士除妖，實須稱獎；因圖異狀，頒顯有司，歲暮驅除，可宜遍識，以祛邪魅，益靜妖氛。仍告天下，悉令知委。”有司奉旨，將吳道子《鍾馗捉鬼圖》鏤板印刷，廣頒天下，讓世人皆知鍾馗的神威。
盧肇是唐武宗會昌三年（843年）的進士，距開元時代已有一百多年，所敘未必是事實。但是皇帝賜給大臣鍾馗畫像作爲新年禮物是盛唐以來的慣例，開元時的名人張說及劉禹錫等，都有謝賜鍾馗圖和歷日表的作品傳世。另外，人們還在敦煌遺書中發現了唐寫本《除夕鍾馗驅儺文》，是爲鍾馗已在大儺儀中扮演主角的實證。凡此，可見鍾馗信仰至晚從盛唐起已成爲全社會的風尚。所以，也有人估計鍾馗故事的起源可能早於唐代。
在鍾馗俗信興盛未艾的熱流中，北宋沈括首先對唐玄宗夢鍾馗的故事提出質疑：宋仁宗皇祜年間（1049—1054），金陵上元縣曾發現一處古冢，乃南朝宋徵西將軍宗愨母鄭夫人墓，由碑文可知，宗愨有妹名叫鍾馗。
鍾馗的名字來源久遠，並不是從開元那個時候開始的，後魏有李鍾馗，隋將有喬鍾馗、楊鍾馗。明朝郎瑛、胡應麟等也這麼認爲，郎瑛認爲鍾馗的原型就是北朝人堯暄，其人本名鍾葵，字辟邪，“馗”乃“葵”字訛傳，由於他表字“辟邪”，所以後人才附會出捉鬼的故事。胡應麟提出，鍾馗捉鬼的傳說“蓋自六朝之前固已有之”，所以堯暄曾取名鍾葵而字辟邪，南北朝時名叫鍾馗的人很多，可能都是這個意思。
明代楊慎和清代顧炎武、趙翼等根據《周禮·考工記》“大圭，長三尺，終葵首”、《方言》“齊人謂椎爲終葵”等資料，認爲所謂鍾馗系由“終葵”演變而來。“終葵”是一種利器——椎，“大圭”是古時天子的儀仗，上端形狀像椎，故云“大圭終葵首”。齊人說話遲緩，把“椎”的發音拖成了兩個音節，乃成“終葵”。古人以椎爲作戰的利器，故《後漢書·馬融傳》中有“翬終葵，揚關斧”的描繪。“蓋古人以椎逐鬼，若大儺之爲耳”（《日知錄》卷三十二《終葵》）。南北朝時許多人取名鍾葵或鍾馗，是希望像古人用以刺鬼的武器終葵（即利椎）那樣，令所有的鬼魅望而生畏，這種意義到了唐代最終傳變爲人格化的“鍾馗”。近年來隨着秦漢文書大量出土，古代盛行以椎擊鬼的事實已被證明。如秦簡《日書·詰篇》雲，人被哀鬼纏上，可“以棘椎、桃秉（柄）以敲其心，則不來”；西漢帛書《五十二病方》也記有用鐵椎擊鬼治病的法術，有人認爲顧炎武對鍾馗起源的解釋是可信的。
何新認爲鍾馗本來就是人名，與所謂“椎”或“終葵”沒有什麼關係。鍾馗的原型，是商湯時的巫相仲傀，他的名字在《尚書》、《左傳》、《荀子》中又作“仲虺”、“中歸”、“中壘”。商人事鬼，政官都兼巫祝，仲傀爲巫相而兼驅鬼之方相。傀者，面具也；驅鬼必戴面具，面具之形甚多，因而發生仲傀多首的傳說。仲傀以同音演變爲仲虺，虺乃神話中的怪蛇，於是仲虺又演變爲九首巨蛇之“雄虺”（《天問》）、食魅之“雄伯”（《後漢書·禮儀志》），連《山海經》佚文中閱領衆鬼的“鬱壘”，實際上也是仲傀與雄虺傳說的又一變形，鬱壘即中壘的變稱。要之，由驅鬼之巫相的真人仲傀，變爲食鬼怪獸鍾馗，變形愈繁，去真相愈遠，但也留下一絲痕跡：古人命名常以字釋名，鍾馗之“馗”乃“九首”合文，《天問》：“雄虺九首”，則仲虺以“虺”作名，而“馗”——九首，或即其人之本字也（《文史新考·鍾馗考》）。
