據史書記載：秦始皇自幼有疾，所以體質較弱。他爲人又剛愎自用，事無鉅細都要親自裁決;每日批閱文書一百二十斤，工作極度勞累;加以巡遊中七月高溫，以上諸因素併發，促使他在途中病發身亡。至於他死於何病，有人認爲他死於癲癇。癲癇發作一般分四個時期：起初頭暈、胃部不適，繼爾突然意識喪失，隔肌痙攣，面色青紫、瞳孔散大、呼吸暫停，然後全身肌肉抽動、口吐白沫，最後數十分鐘才能清醒。
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當一個人的權利達到可以爲所欲爲時，最害怕的事便是死亡。死亡便意味着這一切權勢的結束。於是秦始皇耗盡人力財力想要長生不老，還親自出巡尋找不老藥。就在出巡時，秦始皇遇上刺客。嬴政的驚恐症自此而起，以後便經常夢見與海中怪獸怪魚作戰，無以寧日。
公元前211年，東郡(今河南濮陽)發現刻有“始皇帝死而地分”字樣的隕石，秋天又發生使者被“仙人”截留，告之“今年祖龍死”的事件，就更加重了他的恐懼心理。在相卜者的指點下，他於公元前210年去作第五次巡遊，一是爲消災避難，二是求不老之藥。
此次長途跋涉終使他累倒，在返回咸陽途中癲病發作，頭部撞在座位側邊用來消暑的青銅冰鑑上，以致將冰鑑打翻，冰塊四濺。於是，早年集聚於腦部的結核菌開始加劇活動，使之頭痛、眩暈、發燒，而且消瘦得厲害和時常便祕、嘔吐。由於當時治療條件有限，秦始皇的病情漸漸加重。病死沙丘。千古一帝秦始皇死於“驚恐勞累”和“外傷誘發結核性腦膜炎”。
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秦始皇三十七年(公元前210年)十月，年逾半百的始皇在第五次出巡的途中病倒了。當時秦始皇雖然發燒，但意識還比較清楚。他回想起當初疏遠公子扶蘇和功臣蒙恬，心中很過意不去。爲了穩定秦王朝，他便避開與之同遊的李斯和狂妄自大的胡亥，親筆寫下了木簡遺詔與蘇扶：“朕巡天下，禱詞名山諸神，以延壽命，不幸歸途疾發。今命在旦夕，其以兵屬蒙恬，與喪會咸陽而葬。”此詔卻讓趙高派人專送上郡。趙高便與李斯串通，主張立胡亥，暗中把詔書改爲“賜死扶蘇，蒙恬”和“以兵屬稗將王離”。因爲扶蘇、蒙恬當權後，他們不會有好下場。
沒有想到的是，在他們怕秦始皇再次清醒過來而未敢將詔書送出時，秦始皇在沙丘過了一夜便死去了。他們第二天早上打開溫涼車，“看見始皇的右耳流着黑血，不知什麼時候早已經硬得和石頭一樣了”。郭沫若認爲，“這除了胡亥一人而外，連李斯、趙高都不知道”，“假如到了現代，解剖的小刀是可以發現出秦始皇的右耳裏邊有一條三寸長的鐵釘的”，故胡亥爲爭奪皇位暗害了秦始皇。
趙高爲什麼要害秦始皇?因爲他知道秦始皇命不久矣，如果公子扶蘇繼位，以小皇子胡亥爲首的他肯定沒有好下場，而趙高本身就對皇位窺視已久，胡亥年幼，性格又好控制，所以他便說法李斯與他串通篡改遺詔。李斯本是秦朝開國元老，對嬴政忠心耿耿，不願違背嬴政的遺願。
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趙高問道：“丞相，依你之見，在才能、功績、謀略、取信天下以及扶蘇的信任程度這幾方面，你與蒙恬將軍誰強呢? ”李斯沉默半晌，黯然地說：“不及也。”趙高進一步試探道：“丞相是個聰明人，其中的利害關係恐怕比高看得更清楚。大公子一旦即位，丞相之職必定落入蒙恬之手，到時候，你還能得善終嗎?胡亥公子慈仁敦厚，實乃立嗣的最佳人選，希望丞相仔細度量度量。”李斯分析利弊，經過良久的思想掙扎最終妥協。秦始皇死後，公子扶蘇，大臣蒙恬被賜死，胡亥繼位稱秦二世。秦始皇一世英名，最終卻死於最信任的人手中。
秦始皇是我國曆史上最著名的皇帝，而歷史上，對秦始皇的評價也是褒貶不一。不管他究竟是怎麼死的，但是他留給我們的是960萬平方公里的土地，以及巍峨雄壯的長城。
