十一月十六日這天的早晨，忽然有清兵開門，聲稱：”請瞿閣部、張大人議事。”二人自然知道是怎麼一回事，於是瞿式耜神色不驚的對來人講到：”稍等片刻，待我寫完《絕命詞》。”於是，瞿式耜提筆寫道：”從容待死與城亡，千古忠臣自主張。三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香!”然後，二人整肅衣冠，向南行五拜三叩頭之禮(辭帝之禮)，置於几案詩稿之上，攜手同步，出得門來。
瞿式耜笑着對張同敞說道：”我二人多活了四十天，今日，真是死得其所!”張同敞大聲言道：”今天出去，死得痛快!我死後當爲厲鬼，爲國殺虜擊賊!”說着，他從懷中掏出珍藏的網巾戴於頭上，”服此於地下見先帝!”
瞿式耜二人行至桂林城北疊彩山，他眺望遠處，目之所及，依舊滿目風光，桂林山水，於是對劊子手說：”我生平最愛山水佳景，此地頗佳，可以去矣!”
張同敞心情卻是激盪萬千，他生平曾說過：”我聽說忠臣孝子的德行會感動上天。”1650(順治七年、永曆四年)農曆閏十一月十七日兩人在仙鶴巖(風洞山南)，慷既就義。
瞿式耜、張同敞二人死後，已經出家爲僧、法名性因的原明朝大臣，被瞿式耜營救下來的金堡出面安葬了二人。
瞿式耜殉國後，永曆朝給諡”文忠”。1652年(順治九年、永曆六年)七月，聯明抗清的原農民軍將領李定國收復桂林，要爲瞿式耜立祠紀念，並召見其孫瞿昌文，支持瞿昌文爲祖父歸葬故鄉虞山拂水巖牛窩潭。1679年(康熙十八年)，遷葬於虞山拂水巖牛窩潭。1776年(乾隆四十一年)，乾隆帝下令編纂《貳臣傳》，將凡是投靠清朝的原明朝官員均列入其中，就連開國重臣范文程也一併入選，而對爲明室盡忠者則大肆褒揚，瞿式耜原先在永曆朝被追諡爲”文忠”，這時又被追諡爲”忠宣”。
