朱棣起兵前，謀士姚廣孝對他說：“朝中有個叫方孝孺的，學問很高，而且很有德操，將來殿下奪取天下，他一定不肯歸附，不過殿下千萬不要殺他，殺了他，天下讀書人的種子就滅絕了。”
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朱棣頷首答應。朱棣佔領南京後，方孝孺果然不肯歸附，朱棣於是將其投入獄中。幾天後，朱棣準備正式登基，讓方孝孺爲他擬寫登基的文告，方孝孺堅決不從，朱棣派方孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸說，反遭一頓痛斥。
無奈之下，朱棣只好派人強行押解方孝孺上殿。方孝孺當時穿着一身斬衰(古代的一種喪服，按生者和死者關係，喪服分爲五等，斬衰最重)，在大殿上嚎啕不已。
朱棣命衛士強行撕去方孝孺的喪服，換上朝服，之後強壓怒火，親自勸解方孝孺說：“先生不要難過了!朕本來是要效法周公輔佐成王的。”方孝孺立即反問道：“成王在哪裏?”
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朱棣說：“他自焚死了。”方孝孺又問：“爲什麼不立成王的兒子即位?”朱棣說：“國家要依賴年長的君主來治理。”方孝孺再問：“那爲什麼不立成王的弟弟爲帝?”朱棣語塞，只好說：“這是朕的家事，先生不必過多操勞。”
朱棣讓左右將紙筆遞給方孝孺，說：“詔天下草，非先生不可。”方孝孺接過紙筆，揮毫寫下“燕賊篡位”四個大字，然後把筆一扔，大聲道：“死即死，詔不可草。”
朱棣見方孝孺不合作，便以誅九族相威脅，方孝孺憤然道：“便十族又如何!”
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朱棣大怒，命人將方孝孺的嘴豁開，從嘴角一直割到耳朵。方孝孺滿臉是血，仍舊痛罵不絕。朱棣厲聲道：“豈能讓你如此痛快地死，當滅你十族!”方孝孺十族共被殺八百七十三人，都是當着方孝孺的面殺的，每殺一人，監斬官都要問他是否回心轉意，方孝孺強忍悲痛，始終不肯屈服。
