嘉靖四十五年(1566)二月的一天，只聽一聲巨響，一本奏摺被狠狠摔在了地上，這個暴怒之人就是正在批閱奏摺的嘉靖皇帝。只見他怒目圓睜，青筋暴起，大聲吼道:“趕快把他給我捉拿歸案，別讓他逃了!”
這時，一位太監戰戰兢兢地走進來，小合翼翼拾起地上的奏章，發現這個上疏的人是海瑞，當時的戶部主事。於是對皇上說他想要捉拿之人根本不想跑，而且連棺材都準備好了，等着皇上賜死呢!皇帝一聽，怒氣大減。這時他又把那份奏摺反覆閱讀了幾遍，漸漸被海瑞的肺腑之言所感動，嘉靖皇帝覺得海瑞的話很真實。
不過，作爲皇帝，尊嚴還是要好好維護的，於是他還是把海瑞捉拿歸案，並打了一百大板後關進了大牢。海瑞天生一副傲骨，他爲官清廉，剛正不阿，面對地方豪紳、達官貴人，他從來都是平淡對待，從不溜鬚拍馬。這種耿直率真的個性，讓他把嘉靖皇帝也當作了批評的對象。海瑞的那封讓嘉靖怒髮衝冠的奏摺上到底寫了些什麼呢?原來在奏摺中，海瑞指出嘉靖40多年的統治裏搜刮民脂民膏，大興土木，搞得民不聊生，怨聲載道。海瑞還指出，嘉靖皇帝的年號都讓老百姓拿來當歌謠了,他們都大唱“嘉靖者，家家皆淨，戶戶貧困如洗”。這樣毫不留情的批評惹得嘉靖皇帝暴跳如雷。
嘉靖皇帝一生感興趣的事情似乎不多，就只有修道成仙以及改革禮儀這兩件事。嘉靖皇帝迷信修仙，爲了能夠長生不老，他虔誠地修煉。爲了修仙，他每年要花費20多萬斤黃蠟，10多萬斤白蠟，10萬斤各種香。嘉靖皇帝對那些煉製仙藥的鬼話深信不疑，爲了取得“先天真銀”，他耗費大量人力、物力、財力，到全國各地開採銀礦，據傳仙藥必須用這種銀子做成的銀器盛裝纔有效果。
修道還有另一項相關的花費，那就是得有修道的地方,要花費銀兩修建修道所用的宮殿。爲此，嘉靖皇帝先後修建了泰享殿、大高玄殿等宏偉的建築，花費的銀兩動輒百萬之數。工部官員劉魁曾誓死勸諫皇帝，希望他能清醒過來，不要做那些荒誕不經的事情，免得百姓們怨氣沖天。可惜嘉靖執迷不悟，還把劉魁打了一頓板子。
從嘉靖九年(1530)起，嘉靖皇帝就一直爲自己的父親進入宗廟一事絞盡腦汁。其中對明朝的郊廟大禮進行改革就是其中的一個策略。嘉靖想要通過這次改革，恢復周代的“古禮”，把原來天地合祀變爲天地分祀，於是他耗費巨資在北京修建了天壇、地壇、日壇、月壇;又把原來的太廟由“同堂異室”改爲“都宮之制”，這又是一個耗資巨大的工程。
嘉靖十三年(1534)，嘉靖因爲需要建太廟而感到國庫緊張，於是他拆東牆補西牆，開始挪用太倉銀70萬兩，太僕寺銀50萬兩。這還沒有完結，三年後，他又借太倉銀60萬兩建奉先殿等工程。令人震驚的是這些國家的專項資金，嘉靖用來毫不猶豫，而太倉銀是供軍國之用的，太僕寺銀是專用於購買、飼養軍馬的。這些救國救民的銀兩竟然全部被用於一些無關緊要的事情上。
明朝中期以後，朝廷一直面臨“南倭北虜”的危局，軍事形勢緊張，每年光軍費就得花費500萬兩之多。然而當時的太倉收人每年才約400萬兩。財政赤字越來越大，這時嘉靖又開始實行一系列的斂財措施，增加浙江、南京周邊府縣田賦銀120萬兩，北方府縣與廣西、貴州田賦銀115萬兩，這一賦稅的增加加重了百姓的負擔。國家出售國子監生的資格，各地學校的生員因爲考覈不合格被辭退、降級的，也可拿錢恢復原來的資格。犯罪的官員可用錢財來贖罪，並買回原來的官職。這一系列措施可謂荒唐至極。
雖然在財政上一時渡過了危機，但百姓卻遭殃了，他們在沉重的搖役賦稅中苟延殘喘。後來，嘉靖皇帝認識到了這一點，明白那些捐納錢財的各級官員在恢復官職之後，會把失去的錢重新從百姓身上搜刮回來，更加導致官場的貪污腐敗。雖然認清了事實，可嘉靖皇帝已無計可施，只好任憑事情發展。
海瑞直言上書時，嘉靖皇帝已經生命垂危，在這一年的年底病死了。他在位期間，政府所擔負的巨大的財政危機，一直到萬曆年間張居正改革時期才得以緩解。
