在親鸞上人往生後，親鸞四女覺信繼爲二代法主，建構成以血緣搭出脈絡的世襲體制，這使法主由上至下對門徒發出的法旨漸漸生出神聖的權威性，令門徒對法主的崇信已不下於阿彌陀佛，淨土真宗終成爲集佛、佛法和法主三位一體的信仰，也因此被稱之爲一向宗。在八代法主本願寺蓮如時，一向宗日益形成一個等級制度清晰明確的宗教組織，並且在對下層民衆佈道之餘，蓮如利用自己的十三個兒子與十四個女兒以聯姻的方式與各方大名及公家高宦結親，藉此獲得許多特權，或直接或間接地掌握住攝津、紀伊、越前、加賀的大片土地，許多信奉一向宗的農民甚至將捐獻置於稅賦之上，使得部分一向宗盛行地區的大名因爲領民將錢捐給寺院無力納稅而出現稅收短缺的情形。一向宗的教義與經營方式得到許多其它佛教體系及大名的排斥，加上進入亂世，農民越發不滿大名的壓迫，反過來利用了一向宗的組織發動起義，更打倒了加賀守護富樫氏，將加賀變成由本願寺教團控制的門徒領國，自此之後這樣高舉一向宗旗幟的農民起義便被統稱做一向一揆。所以在天文元年時京都日蓮宗徒與南近江六角定賴聯軍搗毀一向宗的本據山科本願寺，於是顯如之父證如便將本據遷移至大阪石山，石山本願寺因而升格成一向宗新的總本山。
天文二十三年
父親證如逝世，得年三十九歲。年方十二歲的顯如在祖母慶壽院的輔佐下繼任法主，並於弘治二年時與長年抗爭的越前朝倉家達成和議，翌年依照父親證如生前和管領·細川晴元的約定，迎娶了細川晴元的養女、左大臣·三條公賴三女如春尼，和婚娶了三條公賴次女的武田信玄、細川晴元親女的朝倉義景成爲連襟。 永祿三年(1560)，顯如開始了第一次的軍事行動：發動越前、加賀一向一揆幫助連襟武田信玄與越後上杉謙信作戰。兩家還於永祿八年(1565)締結三條盟約，結成了強固同盟。
在本願寺的長年經營下，附屬於一向宗寺院的地內町發展逐漸成熟替本願寺帶來大量的金錢收益，地內町是攝津、河內一帶建立在一向宗寺院左近的城鎮，是當地的農商物資流通中心，其中多數居民都是一向宗門徒，使本願寺可以直接控制部份地內町，藉由販賣座市出售經商權獲利。同時居於地內町的門徒爲了捍衛自身安全而建立的大量要塞亦變相成爲護守石山本願寺本山的關卡，再加上石山本願寺位於京都、奈良、界通往西國地區的交通要地，佔地面積與人口數量因此不斷攀升，同時一直在增修守護城池的壕溝、碉堡，在顯如當權時石山本願寺已成爲擁有八個街町，內有寺內之浦可用爲港口貿易通商，幅員數十平方公里的驚人巨城。而顯如也充分利用充足的財力分別向朝廷及幕府獻上兩萬、一萬錢，並透過岳父左大臣三條公賴等朝臣說項在永祿元年時得到權僧正的官位。永祿三年，顯如應襟兄武田信玄的求助發動越中的一向宗門徒出兵牽制武田家大敵越後上杉謙信，兩家更在永祿八年時正式締結盟約，此外顯如也和朝倉義景締姻盟讓長子教如娶義景之女爲妻。
永祿十一年
據有尾張、美濃的織田信長擁前任將軍足利義輝之弟義昭上洛，由於軍費不足遂強逼畿內的寺院神社捐獻，顯如也在信長祭出天皇這張王牌後考慮到信長勢大尚不能正面相抗而採取暫時虛與委蛇的策略勉強答應。然而意圖天下布武一統全國的織田信長又怎麼能夠容忍在自己的勢力範圍中存在着足以凌駕領主地位的宗教權威，因此對本願寺步步進逼，不但提出本願寺勢力完全撤出石山的要求，更在和泉的界、大和的奈良、近江的大津、草津等重要商鎮設立代官推行樂市樂座打擊本願寺的經濟收入，壓制意圖不言而喻。面對信長的壓迫，顯如仍是以逆來順受的姿態應對，甚至還將天目茶碗進貢給信長以拖延寺地遷移的命令。
元龜元年
足利義昭不滿信長將他架空的舉動而暗中策動信長包圍網，其中首先響應的便是朝倉義景，信長將大批兵力置於越前、近江應付朝倉、淺井同盟之時，當年被織田信長於上洛時逼回四國阿波的三好家趁勢而起再度攻入近畿，一路驅進到澱川下流的野田、福島。爲此，織田信長親率四萬大軍迎戰迅速地在八月二十五日完成對兩地的包圍。但是對信長不滿已久的本願寺顯如同樣看準了這個時機，於同年九月五日頒下法旨督促紀伊、近江、伊勢長島的一向宗門徒對織田信長羣起攻之。除了己方的正面攻勢外，決定宣戰前顯如也向淺井長政，久政父子、朝倉義景發出邀請一同作戰的信函，使在姊川會戰中戰敗的他們大爲鼓舞，聯軍南下攻打琵琶湖南岸的宇佐山城。
在得到紀伊雜賀衆洋槍隊的後援後，本願寺顯如在九月十四日下令由僧官下間賴廉、下間賴龍、丹後賴宗等率五千部隊出陣攻擊織田軍，一向宗裏法主-坊主-講-郡-組，一層壓一層的軍事組織條理分明，讓顯如可以直接指揮麾下坊官作戰，在順利將織田軍部將佐佐成政、前田利家的部隊引誘至空曠的平原後，下間賴龍、丹後賴宗以四千步兵襲擊織田軍，下間賴廉則於後方統領洋槍隊進行射擊，令織田軍死傷不少，隨即附近農村的一向宗徒衆也不分男女老拿起了平日務農的鋤頭、鐵叉，配上寺方分發的弓箭、洋槍展開游擊戰偷襲織田軍，使織田大軍連連敗退，最後是在前田利家的奮戰下才勉強收攏軍容退至川口。另一方面淺井、朝倉聯軍在攻下宇佐山城、城將森可成、織田信治戰死後趨近阪本口，無奈下信長留下明智光秀、羽柴秀吉、佐久間信盛率兩萬三千兵馬留下應付一向宗門徒，然後領軍截擊淺井、朝倉聯軍，將淺井、朝倉聯軍逼得逃入比叡山。
同年十月，山城的西岡發生一向一揆的暴動;十一月，伊勢長島願證寺在坊主證意的帶領下爆發大規模的一向一揆，直接威脅到信長的老家尾張，之後更大舉攻入尾張小木江城，城將信長之弟織田信興戰敗自刃。而信長方也在重新成功壓制淺井、朝倉後在元龜二年五月出兵攻打伊勢長島的一向一揆，長島願證寺一帶地勢低溼且正逢雨季令洋槍威力受制，加上一向一揆衆利用市瀨川、巖手川、大瀧川、木曾川、真木田川、金洲川、山口川、軍是川等河流於此入海交錯、不便大軍移動的地勢與農民身份大打游擊式的夜襲戰，使織田軍蒙受不小的損失，連家中猛將柴田勝家亦告負傷，連最後織田軍撤退時也有氏家卜全、林通政等將領戰死犧牲。
同年七月近江一向一揆的據點金森城也被織田軍的佐久間信盛奪去，然而信長的反攻並不僅於此，當年九月織田軍團團包圍曾經庇護過淺井、朝倉聯軍的比叡山延歷寺，將全山殺盡，顯如也以此爲由大肆宣傳織田信長乃是佛敵，加強門徒的戰意。對一向宗徒而言，在法主的命令下與佛敵交戰而亡乃是一種昇華，口唸「南無阿彌陀佛」戰死殉道反而是走向西天極樂世界的快捷方式，此念在心讓顯如親自策動的一向一揆格外悍不畏死。要對付信長單單憑靠加強門徒戰心的口號並不足夠，本願寺顯如比誰都更清楚這一點，於是襟兄武田信玄成爲他首要的求援對象。
元龜三年
曾與上杉謙信聯合對抗武田信玄的關東北條家在當主易位由北條氏康長子北條氏政繼承後，重結甲相同盟，北方的強敵上杉謙信也在顯如發起越中門徒加以牽制後，武田信玄終於騰出餘裕出兵西上，不料就在武田軍在三方原之戰大敗織田、德川聯軍，反信長同盟氣勢高漲，連足利義昭亦宣告與織田信長爲敵的時候，武田信玄病故陣中。東海道上武田軍的退卻逆轉了原本對反信長同盟有利的局勢。天正元年，織田信長流放將軍足利義昭，淺井、朝倉兩家旋踵即滅，織田軍再度攻打伊勢長島，織田軍再度因地形戰敗。
天正二年
顯如爲了反制信長，命令坊官下間賴照、七裏賴周率領加賀一向一揆與不滿織田代官桂田長俊暴政的越前一向宗門徒攻打織田方負責支配越前的朝倉降將桂田長俊、溝江長逸、土橋景鏡等，將其一一誅殺，將越前同樣置爲門徒領國，顯如也隨即派遣若林長門守前往越前將當地重新組織以納入本願寺的體系之中。同年六月，織田信長三度出兵攻打伊勢長島願證寺，在經歷兩次戰敗後信長改變戰略，以九鬼嘉隆的水軍跟織田軍配合分別由水陸夾擊，封殺了一向一揆最擅長的地形奇襲，兩萬長島一向一揆衆被逼固守長島城應戰，在三個月的籠城後一向一揆彈盡援絕意圖降服，然而長期受到他們困擾的織田信長並不因此甘心，同時也預知日後一向一揆定會再次生亂，於是索性大開殺戒將兩萬一向一揆衆全部屠殺。
同時在越前方面，作威作福的本願寺坊官和開始信任手中力量的農民開始發爭激烈的爭執，不滿本願寺幹部專橫的農民與坊官、坊主產生內訌，而不屬於一向宗體系的專修寺、佛光寺也和反叛的門徒攜手對抗本願寺坊官，織田信長在與高田專修寺取得聯繫後，命部將柴田勝家、明智光秀、羽柴秀吉等人領兵進軍越前，在跟討伐長島一向宗一樣地封鎖了海路的逃亡路線後，三萬織田軍於八月十五日到達府中討平當地一向一揆，下間賴照被殺。
雖然失去了越前、長島的門徒，但是對仍然擁有龐大資源的本願寺而言，織田信長只是斬去了大樹的旁枝，主幹依然毫髮未傷，並且還在繼續吸收養分茁壯。但是顯如卻選擇了降服一途，就跟信長一樣經過長達數年的征戰，本願寺同樣需要時間休養生息，於是顯如透過三好康長向織田信長求和，在當年十月二十一日和談，顯如更親身上京，接受信長招待。
風平浪靜之下所隱含的新的暗潮洶涌，談和不過數月，在顯如指揮下本願寺開始進行籠城準備，糧食跟武器彈藥源源不絕地進入庫房，同時在石山周圍新建了五十一座碉堡城寨，各地門徒也陸續來到，一時竟達到三萬之衆。同時藉由棲身毛利家的前將軍足利義昭的協助與上杉謙信、毛利輝元結盟，再次興兵對抗信長，在加賀金澤御坊的七裏賴周也應顯如命令討取了織田方的加賀鬆任城主鏑木頼信，並致力於和長年宿敵上杉謙信和解，爲日後謙信南下鋪路。顯如的舉動讓織田信長不敢坐視，火速發動六萬大軍就守口、交野、天王寺等地對石山本願寺展開包圍。隨後織田軍受信長之命進軍木津，但是卻受到本願寺方由紀伊來援的雜賀衆猛烈反擊，這波攻擊的主將原田直政也被雜賀衆名聞遐邇的洋槍隊射殺，顯如趁勝追擊讓下間賴廉率領門徒一鼓作氣急襲天王寺，擊敗由明智光秀、豬子兵介率領的守軍。但是在織田信長親自坐鎮若江城後，情勢再度逆轉，在明智光秀、鬆永久秀、瀧川一益、羽柴秀吉的奮戰之後一向宗門徒被擊敗撤退。
此後雙方展開激烈的拉鋸戰，信長在攝津尼崎、吹田等地紛紛建構城寨對本願寺進行包圍，由宿將佐久間信盛擔任軍團長負責對本願寺的包圍戰。由於本願寺背後是海，城內有港可以通過海路得到制霸西國的毛利家不斷補物資，使織田軍的籠城戰得不到顯著效果，這跟大阪灣的制海權被控制在毛利家麾下瀨戶內海的三島村上水軍及紀伊半島由一向宗徒組成的雜賀水軍手上是脫不了關係的。所以在荒木村重、別所長治、鬆永久秀相繼滅亡，上杉謙信辭世後，本願寺依然屹立不搖。但是局面已經開始改變，勝利女神的天平漸漸向織田軍傾斜。
天正六年
在織田信長大力支持下織田家水軍將領九鬼嘉隆成功開發出鐵甲船並在木津口大破毛利水軍，讓本願寺真正陷入籠城無路的困境。天正八年，在城內物資完全耗盡，真正彈盡援絕後，信長奏請天皇出面斡旋欲與本願寺和解，表示只要一向宗門徒放下武器、退出大阪、不干涉政治便可以繼續傳教。清楚理解城中窘境的顯如於同年三月接受了天皇的斡旋，在四月初退出石山前往紀伊鷺森，不過他的兒子本願寺教如卻堅決反對投降，於是另外糾和了不願投降的門徒出城與織田軍作戰，結果完全不是織田軍的對手，屢戰屢敗，終於是年八月投降前去父親顯如所在的紀伊。在教如亦離開石山本願寺後，石山本願寺起火燃燒付之一炬。
天正十年
在天正十年本能寺之變後，顯如與掌握畿內實權的羽柴秀吉相善，後於天正十三年在秀吉重建石山本願寺寺內町時移居攝津天滿，同年八月在當地建立阿彌陀堂，翌年八月十間四面的御影堂落成，加上豐臣秀吉贈送京都七條堀川的土地作爲寺地，建成現今的京都本願寺。
文祿元年十一月二十四日，本願寺顯如因中風圓寂，享年五十歲，後以三子本願寺準如繼爲法主，慶長七年德川家康讓在關原之戰中支持東軍的教如另興東本願寺，在常陸妙安寺建立御堂，稱大谷派，與準如帶領的西本願寺一分爲二，一直延續至今。
