野史小說都說慈禧太后厭惡珍妃，實際上在進宮之初，慈禧是很喜歡珍妃的。珍妃漂亮聰明，慈禧在她身上看到了自己年輕時的影子。慈禧知道她喜歡畫畫，便令宮廷女畫師繆嘉蕙教之，有進貢的稀罕之物，也必賞賜給她一份。
但是經過一系列的事情後，慈禧對珍妃逐漸產生了反感，這主要是珍妃叛逆的性格所致。慈禧個性守舊古板，在她看來，珍妃的行爲簡直是不守婦道。
清朝末年，照相術已經傳入中國，卻被因循守舊的頑固人物視爲“西洋淫巧之物”，甚至有人認爲照相能攝去人的魂魄。珍妃對外界事物接觸比較多，好奇心強，便託人買來照相機。不僅在景仁宮，還在皇帝居住的養心殿以及其他地方，穿上各式各樣的時裝、不拘姿勢地照相。她穿的服裝在當時來說算是比較失體面的，這讓慈禧很看不慣，而且那時的慈禧還沒有認識到照相機的作用，因此反對在宮中使用。珍妃不顧她的反對，公然在宮中照相，於是惹怒了慈禧。據說珍妃不僅給自己和別人照相，還暗中讓一個姓戴的太監在東華門外開設了一個照相館。此事被慈禧得知後，照相館被查封，戴姓太監也被杖斃。
此外，珍妃還喜愛女扮男裝，穿戴男子的冠服與光緒嬉戲，甚至還穿上皇帝的龍袍。慈禧聽聞後大怒，以爲不成體統，教訓了她一頓，但此時尚無殺她之心。
珍妃真正觸怒慈禧的是她的干政。她通過光緒提拔兄長志銳爲禮部侍郎，並破格提拔自己的老師文廷式爲翰林院侍讀學士。清朝晚期，賣官鬻爵已成了公開的祕密，珍妃手頭緊張，見慈禧巧立名目、大肆賣官，心中羨慕，也欲效仿之。光緒寵愛她，對她的話唯命是從，結果事情敗露。慈禧得知後，厭惡之感頓生，再加上備受冷落的皇后在旁哭訴獨守空閨之苦，於是慈禧決定嚴懲珍妃。
光緒二十年(1894)十月二十九日，慈禧太后下發了一道懿旨，以“近來習尚浮華，屢有乞請之事”的罪名將瑾妃、珍妃降爲貴人。此後，還連降兩道懿旨，一道命皇后嚴加管理後宮，另一道讓瑾妃、珍妃謹言慎行，改過自新。慈禧特地下令將這兩道懿旨製作成禁牌，掛在內廷，以儆效尤。慈禧主要打擊的是珍妃，瑾妃因爲受了妹妹的連累，也被降級。光緒再三求情也無濟於事。直到光緒二十一年(1895)十月，慈禧才恢復了珍妃、瑾妃的封號。
珍妃雖然屢遭打擊，但是在朝政上，她仍然堅決站在光緒一邊，支持光緒變法，她的胞兄志銳和老師文廷式，也是帝黨的一員。慈禧於是將珍妃歸入慫恿光緒叛逆的人中，對其惡感更甚。
