在舉朝一片反對聲中，慈禧沒有一意孤行，她採納了親王、大臣的意見，出面斷然終止了重修圓明園的工程，使得清政府本已艱難萬分的財政免於陷入這一龐大工程的泥沼，從而雪上加霜。毫無疑問，終止重修圓明園對於王朝發展而言，是一件幸事。伴隨着慈禧暫停哨音的吹響，同治帝親政一年中最大的一項形象工程轟然倒塌。同治帝沒能圓他做園林設計師的夢想，當他準備在修“三海”(即北海、中海和南海)的工程中繼續他的園林抱負時，不滿二十歲的他卻病倒了。
同治帝究竟得了什麼病?他會一病不起嗎?
同治十三年十月二十一日(1874年11月28日)，同治帝駕幸西苑時受涼，身體有些不適。然而，十天後，也就是十月三十日(12月8日)下午，同治帝病情突然加重，他開始發燒，並伴有四肢無力、渾身痠軟等症狀。太醫向慈禧描述了同治帝的症狀：發熱頭眩，胸滿煩悶，身乏腿軟，皮膚上出現沒有凸起的疹形紅點。慈禧大驚失色，她擔心同治帝染上了天花!
天花，古稱“虜瘡”，中醫學則稱之爲“痘瘡”，民間一般也稱爲“出疹”或“出痘”。這是一種因病毒引起的接觸性傳染病(今已絕跡)。發病後皮膚或粘膜上出現痘疹、水瘡和膿瘡，伴隨着高燒、驚悸、煩躁、嗜睡等症，全身或頭面迅速出現皰瘡，病重者常因膿毒引起敗血症而在數日內死亡;輕者痘疹潰破後結痂脫落，愈後往往留有疤痕而形成麻臉。
其實中國人很早就已經瞭解天花了。早在清朝建立前一千三百年的兩晉時期關於天花的醫學記載就已經出現在文獻中了。當時著名思想家葛洪著有《肘後備急方》。“肘後”是指該書篇幅很小，可以掛在胳膊上隨身攜帶，相當於現代所說的“袖珍本”。“備急”就是應急的意思，用現代話說，就是一本“急症手冊”。他在《肘後備急方》中寫道：有一年發生了一種奇怪的流行病，病人渾身長出一個個的病瘡，起初是小紅點，不久就變成白色的膿瘡，不斷潰爛，一碰就破，伴以發高燒，說胡話，十個有九個治不好。僥倖治好的，皮膚上也會留下一個個小斑痕，起初發黑，一年後才逐漸消失。這病就是天花，記載十分準確和詳細，比西方醫學界認爲最早記載天花的阿拉伯醫學家雷撤斯要早五百多年。此後隨着傳統醫學的進步，到宋朝和元朝，不少醫生已經能專門診治天花，並緩解其發病的症狀。正因如此，儘管民間百姓及宮廷貴族雖不免仍有患病甚至致死者，但就其危害本身，已不足以影響社會的穩定。因此，在野史及正史中，我們很少發現對天花的描述和因此而引起恐懼的記載。
可是，我們在明末清初這一時期的文獻中卻發現滿族對天花十分恐懼。談遷《北遊錄》載：
“滿人不出疹，自入長安，多出疹而殆，始謂漢人染之也。於是民間以疹聞，立逐出都城二十里。而都城外俱滿洲賜莊，彼窶人子安所適乎?多茹淚棄嬰道側。或戀一室，不能單外，至斃其子女。見聞交痛。”
此外，清初的文獻中常常有關於清王朝大舉“驅痘”的記載。
清廷如此興師動衆防範天花是因爲入關前後天花對滿族民衆生命安全的威脅遠遠超過了它對中原地區民衆生命的威脅，在天花高發期，人口的大量死亡直接威脅政治穩定和軍事安全。
爲什麼天花的感染率和死亡率在滿族人羣中有如此高的比例?
首先，東北寒冷，病毒不易流行。
滿族是東北地區的原住民，他們世世代代生活在白山黑水之間，這裏氣候寒冷，人口稀少，病毒不易流行傳染。而天花的泛濫以中原地區爲主，因而，入關前天花對於滿族的威脅不大，因此滿族民衆也就缺少抵抗天花的免疫力。
其次，清初滿族民衆不適應中原氣候。
伴隨着滿族入關，部衆南移後，中原溼熱的氣候使他們難以適應，在最初滿族移居和適應這種氣候的時期裏，他們對於各種流行病的抵抗能力大大降低。因此，滿族感染天花，並由感染不治而亡的人數十分巨大，在滿族人的心裏，天花就是吞噬人們生命的惡魔!
慈禧知道，在大清皇室家譜《玉牒》裏面，記載了大量皇室成員的死亡數字，觀之怵目驚心：順治皇帝生有八個阿哥，其中四個早亡，另外六個格格竟死得只剩一個;康熙皇帝共有三十五個皇子，其中十五個早亡，二十五個公主則死掉十三個，其他皇室成員的子女，死的就更多了。死的原因主要是疾病，而天花是最主要的致命殺手。天花不僅危及未成年人的生命，對於成年人，依然有很高的感染率。
順治初年，正是天花高發時期。努爾哈赤的第十五子，也就是多爾袞的弟弟多鐸，驍勇善戰，威震中原，可健壯的他依然沒有躲過天花的劫難，在順治六年，三十六歲的多鐸因感染天花不治身亡。
順治帝一生都在躲避天花，在他統治時期，他曾規定皇室成員“避痘”，也就是在天花流行的時期儘量迴避與可能感染天花的人的接觸。順治八年，京城天花氾濫，在十月至十二月期間，順治帝以狩獵爲名，攜帶着太后、皇后躲避於遵化的深山裏。皇子出生以後，按照朝中規定是即刻抱出宮外，由保姆等人照顧，以“避痘”。如康熙帝出生以後就被保姆抱出皇宮，直到他兩歲以後出過天花方纔回到宮裏。順治帝一生都在躲避天花，可命運卻偏偏和他開了一個玩笑。順治十七年，正在京城張燈結綵、準備春節的喜慶時間裏，宮中卻傳出了消息：順治帝感染了天花。雖然找來了最好的御醫診治，五天以後，二十四歲的順治帝依然離開了人世。
因此，人們想盡辦法防治天花。到康熙時期，民間已經有了預防天花的措施——鼻苗法。
具體方法是：在還沒有出過水痘的人鼻子裏放置痘苗，就是把症狀較輕的天花患者的皰漿植入還沒有出過水痘人的鼻腔，或者將結痂碾碎後吹入鼻腔，所以又叫“吹苗法”，預防效果很好。公元1681年，康熙帝將江西種痘的民間醫師朱純嘏招至宮中，專門給皇室子孫和宮廷官員子孫種痘。這是中國歷史上最高統治者推廣種痘的開始。康熙皇帝爲此很是得意，在其《庭訓格言》中明示：
“國初人多畏出痘，至朕得種痘方，諸子女、爾等子女，皆以種痘得無恙，今邊外四十九旗，及喀爾喀諸蕃，俱命種痘，凡所種皆得善愈。嘗記，初種痘時，年老人尚以爲怪，朕堅意爲之，遂全此千萬人之生者，豈偶然耶。”
既然如此，慈禧爲什麼還如此驚慌?
因爲宮中水痘得以控制以後，人們就漸漸地忽視了天花的威脅。嘉慶以後，阿哥種痘制度已形同虛設，同時傳統的種痘方法並不能百分之百地有效。咸豐帝就曾出過天花，雖然生命無憂，可在臉上卻留下了無法抹平的麻點，成了人們通常所說的“麻子”或“麻臉”。當慈禧聽說兒子生病，尤其聽人稟報：兒子皮膚上出現沒有凸現的疹形紅點時，慈禧失魂散魄，因爲天花的感染並沒有高貴與低賤之分，死神的光顧不分皇帝與平民。如果兒子真的感染天花，那是非死即傷。慈禧爲兒子擔心。
同治帝是否真的感染了天花?如果不是天花會是什麼病?
當慈禧在十月三十日下午得知同治帝生病，且患病症狀是發燒出疹，慈禧憂心如焚。經過一夜的觀察，次日，同治帝開始明顯地表現出出疹症狀：“疹形透出，挾雜瘟痘”，“顆粒透出”，由此御醫判斷，同治帝感染了天花。
慈禧不敢怠慢，一面吩咐御醫全力診治，一面依照祖上傳下的規矩，謹慎照做，惟恐出現疏忽和紕漏，對兒子闖過天花這一關不利。
首先，供送痘神。
慈禧命令將同治帝發病以來就供奉的痘神娘娘迎供到養心殿來，宮內到處鋪上紅地毯、紅對聯，營造出一片喜氣，期望痘神娘娘早點將撒下的天花收回。供奉三天以後，又舉行了隆重的儀式，恭送痘神娘娘於大清門外，用紙紮的龍船、金銀玉帛舉火焚燒，使痘神娘娘在飛騰的烈焰中昇天而去，希望由此帶走同治帝滿身的水痘，平安度過劫難。
其次，祈求祖先神靈。
慈禧和慈安一起到供奉祖先的景山壽皇殿——這裏從乾隆時期規定作爲奉祀“神御”的殿堂，祈求祖先神靈賜福，保佑兒子平安無事。
此後，同治帝不斷出現痘粒，並開始收漿結痂脫落，似乎一切正朝着慈禧期盼的方向發展。
然而，十一月二十日以後，同治帝病情突然惡化，他開始出現毒瘡，而且毒瘡在腰部潰爛如洞，流膿不斷，疼痛不止，面頰腫硬，口噴臭氣。“溼毒流聚腰間，紅腫潰破流膿水。……痘後餘毒溼盛”。之後，雖然“痘痂俱落，而腰間潰孔，左右臀部潰孔……”
至十二月初五日酉刻，同治帝“六脈已絕”，病逝於養心殿東暖閣。
少年皇帝還沒有來得及過他二十歲的生日就死去了，雖然朝廷對外宣稱是死於天花，但依然引起了朝野上下種種議論與猜測。
從一般常識上說，在當時的情況下，雖然尚未找到醫治天花的有效辦法和藥物，但就是普通百姓，患天花一般也還不至於死亡，所以民間把天花稱作“天花之喜”，何況是堂堂天朝皇帝，身邊有的是高明的御醫，怎麼就那麼容易死了呢?就是在宮廷裏曾經貼身服侍過慈禧太后的女官德齡，也對同治死於天花的說法有所懷疑，她認爲：“同治的身體一向十分健壯的，論到天花這一種病症也絕非就是絕症，只要醫治合法，調護適宜，要治好也是很有可能的，至多不過使同治那樣一個美少年變爲麻臉而已。”
另外，從十月三十日發痘到十一月二十日，痘情已經基本得到控制，痘結痂脫落。爲什麼此後又突然流毒繼發，而且部位集中腰臀，潰爛流膿，繼發失眠多夢、遺精尿血等併發症狀，又並非是一般出水痘的症狀。於是，同治帝的死因引人聯想。
人們懷疑同治帝不是死於天花，而是死於梅毒!
梅毒是一種慢性接觸性性病。起源於美洲，十五世紀哥倫布發現新大陸後，梅毒通過海員和士兵在歐亞兩洲迅速傳播，十六世紀以後傳入我國廣東嶺南一帶，後逐漸傳入內地，大多流行於社會底層，尤其是花街柳巷。因爲患者皮膚上毒瘡紅腫潰爛，狀似楊梅，民間就名之爲“楊梅瘡”，簡稱爲梅毒。
人們懷疑同治帝死於梅毒並非毫無根據。
第一，人們認爲他有感染梅毒的可能。
根據是同治帝在選皇后的時候，與慈禧發生了意見分歧。婚後，慈禧千方百計地離間帝后二人的關係，派太監阻止皇帝和皇后相見，又強迫同治帝親近慧妃。同治帝雖有一妻四妾(慧妃之外還有瑜妃、瑨妃和珣妃)，卻左右不是，不能自主，因此索性誰也不親近，終年獨宿乾清宮。又有傳言說，不止一人在市井中親眼見過同治帝的行蹤。後來，宮中就傳出同治帝出痘病重之事。據此，人們有理由懷疑，皇帝微行時染上了梅毒。
第二，人們認爲他臨死的症狀像梅毒。
根據是同治帝從十一月二十日以後，開始出現毒瘡，而且毒瘡在腰部潰爛如洞，流膿不斷，疼痛不止，面頰腫硬，口噴臭氣。後身體潰瘍，並蔓延連接在一起，最後“走馬牙疳”而死。這一症狀與梅毒患者臨終十分相像，因此人們認爲他是梅毒而死。
同治帝真的死於梅毒嗎?
我們不能完全排除同治得病以前已經患有梅毒的可能。因爲同治帝的微服私訪不僅僅是時人筆記、稗史中的描寫，事實上在《翁同龢日記》中也有記載，因爲朝野早已議論紛紛，哄傳皇帝在寵臣和太監的帶領下冶遊、私訪，只是礙於君臣名分不敢直說。問題是，可能感染梅毒的同治帝，是否就一定死於梅毒?
據現代醫學知識，梅毒感染髮病十分緩慢，須經過三個發展期，如果達到全身潰爛，不治而死，須得五年以上乃至更長的時間。依據史料判斷，同治帝即使死前真的感染梅毒，病史也不應該很長。如果沒有其他材料的印證，就確認同治帝死於梅毒，這樣的結論還有待商榷。
同治帝死於梅毒缺少確鑿的證據，那麼，朝廷對外宣稱是死於天花就可信嗎?難道就不會出現慈禧爲掩蓋同治帝感染梅毒而篡改事實的情況嗎?人們對此十分懷疑!
於是，在同治帝死後，人們爲他的死因是天花還是梅毒爭論不休，各執一詞。他的死因也與“太后下嫁”、“順治出家”、“雍正奪位”並稱爲清宮四大奇案。
