據說，沈萬三富起來後，把蘇州作爲重要的經商地，他曾支持過平江(蘇州)張士誠的大周政權，張士誠也曾爲沈萬三樹碑立傳。明初，朱元璋定都南京，沈萬三因築城牆有功，他的兩個兒子被朱元璋封了官。但不久，沈萬三卻被朱元璋發配充軍，在雲南度過了他的餘生。
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1979年修訂本《辭源》記載：“沈萬三，明吳興人，字仲榮。後移居蘇州。鉅富，稱江南第一家。朱元璋建都南京，召見，令歲獻白金千錠，黃金百斤。甲馬錢穀，多取資其家。其後以罪發戍雲南(一說遼陽)，子孫仍爲富戶。萬三豪富事，民間傳說甚盛，但諸書記載互有出入，已難詳定。”
民間普遍流傳的說法是，朱元璋開始並沒有找到沈萬三什麼罪證，沈萬三的致富似乎並沒有什麼違法行爲。
沈萬三大概也明白樹大招風的道理，所以想主動報效以保平安。
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明洪武六年(1373)前後，當他得知京師(今南京)要築城牆，就主動承擔三分之一的費用，修築洪武門至水西門一帶城牆，還向朱元璋進貢了龍角，並獻有白金二千錠，黃金二百斤，甲士十人，甲馬十匹，同時在南京建造了廊廡一千六百五十四楹，酒樓四座。
此外，沈萬三甚至還表示願意捐資犒賞軍士。誰知朱元璋大發雷霆，要將沈萬三處死：一個平民百姓竟敢勞軍，這不是要造反嗎?
幸虧馬皇后勸阻：我聽說法律只殺違法的，不殺不吉祥的。
沈萬三一介平民卻富可敵國，是他自己不吉祥，這種人老天爺會降下災禍，何必由陛下去殺呢?朱元璋這才免他一死，發配雲南。沈家的財產自然全部被查抄，據說光田地就有數千頃。
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沈萬三是因爲太有錢被朱元璋嫉妒死的嗎
傳說中的江南首富沈萬三，他富得讓朱元璋都垂涎，以至於招來殺身之禍，家破人亡。
