過程
西北爆發
這場“古今方書所無”的怪異瘟疫在這一年遍傳北京城內外，患者會忽然在身體肢節間突生一個“小瘰”，接着“飲食不進，目眩作熱”，還會嘔吐出“如西瓜敗肉”的東西。一人感染，全家都會傳染，甚至有的“闔門皆歿”，全家死絕。親戚更是不敢上門慰問弔唁，因爲只要一進病家門口，必會感染，等到他回去時，又把瘟疫帶回了自己家中，瘟疫死亡如此之巨，以至於帝都的九座城門“日出萬棺”。但這還不是這場瘟疫最恐怖之處。死亡在一瞬間發生，甚至來不及診斷和治療，這纔是這種瘟疫最可怕的地方。
明萬曆年間，政府的賦役越來 越重。隨之全國各地幾乎連年遭災。先秦晉，後河洛，繼之齊、魯、 吳越、荊楚、三輔，並出現全國性的大旱災。萬曆、崇禎年間，旱災變得越來越頻繁，大旱之年的比率也在增加。最後波及華北數省的大鼠疫終於在山西爆發。 萬曆八年(1580年)，"大同瘟疫 大作，十室九病，傳染者接踵而亡，數 口之家，一染此疫，十有一二甚至闔 門不起者"。同年，在太原府(治今太 原)的太谷縣、忻州、苛嵐州及保德 州都有大疫的記載。次年，疫情傳至 遼州(治今左權)，再傳至潞安府(治 今長治)，疫情進一步擴大。
山西鼠疫也向周邊省份傳播。崇禎七八年間興縣人民因避疫而逃之一空，有可能將鼠疫傳播到相鄰的地區。從興縣過黃河，就是陝西的延安府和榆林府，崇禎九年至十六年，榆林府和延安府屬縣相繼發生大疫，如崇禎十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
崇禎十七年(1644年)秋天，鼠疫南傳至潞安府，“病者先於腋下股間生核，或吐淡血即死，不受藥餌。雖親友不敢問吊，有闔門死絕無人收葬者”。
迅速蔓延
崇禎十三年(1640年)，順德府、河間府和大名府均有大疫，並且是烈性傳染病的流行，“瘟疫傳染，人死八九”。
崇禎十四年(1641年)，疫情進一步發展。在大名府，“春無雨，蝗蝻食麥盡，瘟疫大行，人死十之五六，歲大凶”。死亡人口的比率相當高。廣平、順德、真定等府，類似的記載相當多。左懋第督催漕運，道中馳疏言：“臣自靜海抵臨清，見人民飢死者三，疫死者三，爲盜者四。米石銀二十四兩，人死取以食。惟聖明垂念。”這時華北各省又疫疾大起，朝發夕死。“至一夜之內，百姓驚逃，城爲之空”。
崇禎十四年(1641年)七月，疫疾從河北地區傳染至北京，病名叫“疙瘩病”，“夏秋大疫，人偶生一贅肉隆起，數刻立死，謂之疙瘩瘟，都人患此者十四五。至春間又有嘔血者，或一家數人並死。”“疙瘩”是對腺鼠疫患者的淋巴結腫大的稱呼。
崇禎十五年，天津開始爆發大鼠疫，有朝染夕死者，日每不下數百人。排門逐戶，無一保全。崇禎16年，疫情還在進一步加劇，北京及其附近地區大疫。病者吐血如西瓜水立死。死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。
崇禎十六年(1643年)夏秋間發生的腺鼠疫至崇禎十七年(1644年)春天轉化爲肺鼠疫。崇禎十六年京師大瘟疫，疫情很嚴重，夏燮《明通鑑》記載：“京師大疫，死者無算。”染病死亡之多，無法計數。《崇禎實錄》又記載：“京師大疫，死亡日以萬計。”儘管缺乏準確的統計數據，但上述官方記載說明：當時的大瘟疫，勢態極其嚴重，北京城死亡人數之多，竟達無人收屍的境地——“死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收殮者”。北京城中的人口死亡率大約爲40%甚至更多。北京郊區的疫情也很嚴重。在通州，“崇禎十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋傳染，有闔家喪亡竟無收斂者”。昌平州的記載中稱爲“疙疽病”，而且“見則死，至有滅門者”。河間府景縣“崇禎十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
這場鼠疫，發生在北京城破前一年的二月到九月到崇禎十六年四月時，北京每天死人上萬，以至於城門都被運出的棺材堵塞。沿街的小戶居民，十之五六死去，死在門口的最多，街頭連玩耍的孩子都沒有了。有一個統計數字，這場大疫奪走20萬北京人的性命，而北京城當時的人口，估計在80 萬到100 萬，也就是說，每四到五個北京人中，就死掉一人。“堪稱是一場超級大瘟疫”，不但是士兵、小販、僱工大批倒斃，北京城連叫花子都找不到了。
崇禎十六年(1643年)八月，天津爆發肺鼠疫：“上天降災，瘟疫流行，自八月至今(九月十五日)，傳染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下數百人，甚有全家全亡不留一人者，排門逐戶，無一保全。”
崇禎十七年(1644年)，天津督理軍務駱養性說，“昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。”
波及江南
江南在崇禎十三年(1640年)遭大水，崇禎十四年(1641年)有旱蝗並災，崇禎十五年持續發生旱災和流行大疫。地方社會處在了十分脆弱的狀態，盜匪與流民並起，各地民變不斷爆發。
結果
妥善治理
10月初的北京，一座恐怖的絕望之城，來了一個擔任後補縣佐虛職的福建人，他發現了鼠疫的治療辦法。他使用刺血法給病人治病，每天來看病排隊的患者多達萬人。到崇禎16年的冬季，大雪紛揚，北京的老鼠差不多死光了，人口也死的差不多了，導致人口密度大幅度下降，再加上這位福建人的治療。北京的鼠疫病情逐步得到扭轉。但彼時的北京城裏，人鬼摻處，薄暮人屏不行。時人稱因北京死人太多，鬼魂白天就在城中游蕩，夜裏更是羣鬼夜號，處處鬼影。
自毀長城
崇禎17年4月，北京這座被鼠疫折磨了超過1年的帝國京城早已元氣大傷。京軍三大營的軍隊因爲鼠疫死亡過多，正所謂“大疫軍死者衆”，而京軍的2.7萬匹戰馬，也只有1千匹可以騎乘，京軍已徹底失去野戰能力。北京內外城牆15.4萬個垛口，只能由5萬名羸弱士兵據守，這些大疫之下，僥倖存活下來的士兵們“衣裝狼狽，等於乞兒”。士兵們全都身體虛弱的坐在地上休息，以致鞭子的抽打都不能讓他們站起來。
4月16日，李自成的50萬農民軍開到北京城外，雖然在崇禎14年大疫以前，李自成曾經屢次被明軍打的滿中國的跑，但是現在已經今非昔比。雙方經過了2天不算激烈的戰鬥，李自成的大軍就攻陷了這座陰氣森森的“鬼城”。衝入城裏的李自成大軍到處搜刮金銀婦女。那位治療鼠疫，拯救了北京全城市民生命的福建人也被李自成的士兵殺死。
43天后，八旗軍聯合吳三桂的關寧軍大破主要由饑民組成的沒有多少戰鬥力的李自成部隊。一般傳說李自成大軍是在北京感染了鼠疫才失敗的，其實不然。因爲在李自成進入北京的時候，鼠疫已經得到了控制。其原因很簡單，李自成的部隊根本就打不過明軍的關寧軍，在鼠疫大爆發以前，關寧軍就經常在關內殺得高迎祥，李自成等各路反軍到處抱頭鼠竄。所以山海關之戰李自成大敗，隨後1萬已經投降清朝的關寧軍，又在永平，盧溝橋，保定，慶都，真定等地連續大破李自成。
明清易代
鼠疫的流行與旱災、蝗災及戰亂的接踵而至，明王朝抵不住清兵南下，也就在情理之中。9月19日，清世祖福臨，也就是順治皇帝進入北京，清朝建立。令人驚奇的是，席捲肆虐全國的乾旱和鼠疫鼠疫在清順治元年後就消散得無影無蹤。華北各地風調雨順，社會經濟開始復甦。
明末大鼠疫的發生，直接造成了明朝華北和江南人口銳減，稅銀和糧食收入銳減，軍隊非戰鬥損失巨大，人民體質虛弱。讓僅有10萬披甲的滿清就征服了中國關內地區。
“東死鼠、西死鼠，人見死鼠如見虎”，一隻來自山西北部荒涼山野的染病老鼠，如同穿越心臟的致命一劍殺死了龐大的明帝國，也徹底殺死了中國歷史的進程。1910年10月接替了明帝國位置的清王朝的最後一個冬季，異常寒冷。就在這個冬天，一場百年不遇的大鼠疫襲擊了東北。第2年，清朝滅亡。所以，我們不要褻瀆那些萌萌的老鼠，也許這次親密接觸將改變未來的歷史。
