自江戶時代起，就有很多關於卑彌呼到底等同於古事記及日本書紀上何人的討論及研究。不論到底何種說法屬實，可以肯定的是，這都會大幅改寫現今所知的日本古代史。
天照大神說
根據天文學的計算，大約在卑彌呼過世前後，於247年3月24日和248年9月5日、北九州地區可見到兩次日食。這樣的說法和日本神話中天照大神躲入天巖戶中，世界因而無光的記載(ja:巖戸隠れ)相符合。另外以統計學的方式，利用天皇的平均在位期間推算，也可得到卑彌呼的時代和天照大神的時代重合的計算結果。
因此，松本清張和井澤元彥等人提出了卑彌呼遭暗殺的說法。當日食發生之時，代表侍奉太陽神的巫女卑彌呼的靈力消失，因而遭到邪馬臺國人民加以殺害。這種說法認爲，卑彌呼遭暗殺後邪馬臺國一時陷入混亂，直到新選出下任侍奉太陽神的巫女臺與才安定下來;這就是日本書紀中一度躲入天巖戶的天照大神又重新出來的記載的來源。然而此一暗殺說基於想像的部分過多，因而亦有許多不表認同的意見。
如果卑彌呼的確就是天照大神，那麼邪馬臺國就必然位於九州地區。那麼，位於九州的邪馬臺國爲何又於何時東遷到畿內地區，目前則不得而知。有一說法是東遷即歷史上的神武天皇東征，但尚待進一步研究。
倭跡跡日百襲姬說
倭跡跡日百襲姬於日本書紀中又稱爲倭跡跡姬命，古事記中則記載爲夜麻登登母母曾毘賣命。
傳爲日本書紀中倭跡跡日百襲姬的墓，箸墓古墳的後圓部直徑約160米，這和魏志倭人傳中「卑彌呼死去 卑彌呼以死 大作冢 徑百餘步」的記載相一致。
一直以來，對於上述論點的反駁意見，以箸墓古墳的建造年代約在三世紀末至四世紀初，和卑彌呼所在的時代不符合的說法最爲有力。但是最近，使用年輪年代法來推定的考古研究，指出古墳時代的開始年代可能比目前所認爲的還要提早。如此一來，上述箸墓古墳的建造年代便有可能上溯至和卑彌呼末年(248年間)相同的三世紀中期，因而使本學說再度受到注意。
神功皇后說
日本書紀的神功皇后紀中，直接引用了魏志倭人傳中關於卑彌呼的相關記載。然而自江戶時代起，就有對於卑彌呼是否真爲神功皇后的議論。按照此一學說，邪馬臺國必然位於之後大和王權所建立的畿內地區。
反駁意見認爲，神功皇后之子應神天皇與其母一同祀於奉祀八幡神的宇佐神宮(大分縣宇佐市)，這與大和王權所在地相距過遠(但亦有意見指出神功·應神時期大和王權和朝鮮半島的來往增加，因而於來往航路的瀨戶內海沿岸設立奉祀神功·應神的八幡宮並無不合理之處)。雖然少數學者認爲日本書紀上的相關記載是爲了將大和王權和卑彌呼連爲一脈所添加的內容，但是其只知其一不知其二，古墳時代的墓葬採用的卻是彌生式，並葬有邪馬臺王室的鏡、帛、勾玉、倭刀、彌生袴等物品，清晰證明大和王權本就是由邪馬臺國演變融合而來。
熊襲的女酋長說
本居宣長所提倡的學說。本居宣長此人認爲日本自古以來就是獨立自主的國家，無法認同魏志倭人傳上卑彌呼向魏朝貢，獲封倭王等記載。宣長因而提出卑彌呼是九州南部熊襲地區的女酋長，自稱倭王並和魏結交;如此就避免了天皇的先祖向中國朝貢的可能性。然而此一學說被認爲是本居宣長個人的獨斷意見，並沒有受到重視。
卑彌呼=卑彌呼說
卑彌呼就是卑彌呼，沒有明確的記載於現今可見的史書上的學說。魏志倭人傳上所記載的倭國·邪馬臺國的各個事件，在日本本身的史書上全無記載。此種學說因而認爲卑彌呼所統治的政權，於3世紀中期～後期之間滅絕，是故沒有必要將卑彌呼及其所統治的邪馬臺國對應至現存之史書上。這樣的學說可說是將卑彌呼·邪馬臺國相關的問題以比較簡潔的方式加以解決;但是否有足夠證據支持此一學說，則尚待往後研究。
倭姫命說
日本學者內藤湖南認爲，卑彌呼可能是垂仁天皇的皇女大和姬命。
