清聖祖康熙皇帝曾經六次南巡，每到南京都要祭掃明孝陵，並且要行三跪九叩大禮，表示對朱元璋的尊重——康熙六次祭明孝陵(即朱元璋墓)爲康熙二十三年十一月、二十八年二月、三十八年四月、四十二年二月、四十四年四月、四十六年三月。康熙帝的六祭明孝陵是出於政治上目的，客觀上大大地減輕民怨，增強漢滿民族的統一，鞏固了清朝的統治。
明孝陵是我國現存建築規模最大的幾處古代帝王陵墓之一，是南京唯一的世界文化遺產，是明朝開國皇帝朱元璋的陵墓。清滅明後，清朝統治者爲了籠絡人心，加強對漢民族的統治，鞏固清朝政權，清代諸帝時時謁陵或遣官祭祀，僅康熙帝玄燁就於康熙二十三年十一月、二十八年二月、三十八年四月、四十二年二月、四十四年四月、四十六年三月，先後六度祭奠明孝陵。康熙六祭朱元璋，帶着清朝帝王的政治目的，調和了當時劇烈的反清情緒和民族矛盾，開創了史學上所說的 “康乾盛世”。有史學家認爲，不去明孝陵，便不可能知道明清史。
康熙認爲明朝功業勝過唐宋
明孝陵坐落在南京鐘山旅遊風景區金山南麓獨龍阜玩珠峯下，茅山西側。明孝陵的硃紅大門坐北朝南，正對梅花山，門額上書“明孝陵”三字。門外東側立有一個石刻告示，系清宣統年間兩江洋務總局道臺、江寧知府以六國文字刻着“治隆唐宋”四個金字，是康熙皇帝南巡謁明孝陵時所題，意爲明太祖的功業勝過了唐宗宋祖。 "治隆唐宋"碑的兩側是乾隆皇帝題書的御碑。殿內靠後兩邊是兩塊臥碑，東邊一塊刻康熙帝第一次謁陵紀事，西邊一塊刻記康熙帝第三次謁陵情形。
明太祖朱元璋即帝位不久，即選擇獨龍阜爲墓地，洪武十四年(1381年)開始營建，工程由中軍都督府李新主持，第二年地宮工程即竣工。是年九月馬皇后病故，便先行葬入，因馬皇后諡號“孝慈”，遂命所葬山陵曰孝陵，與馬皇后合寢，同時殉葬宮人十餘人，從葬嬪妃四十六人。
爲了永遠紀念太祖高皇帝，明廷規定，孝陵每歲聖旦、正旦、孟冬、兩忌辰酒果行香，清明、中元、冬至、太牢致祭，是謂“五小祭三大祭”，設祠祭署專司其事。
向朱元璋行三跪九叩之禮
早在康熙七年(1668年)四月二十一日，康熙帝南巡時和鴻臚寺正卿周之桂前往南京明孝陵祭明太祖，並親賜祭文曰：“自古歷代帝王繼天立極，功德並隆，治統道統，昭垂奕世，朕受眷命紹贊丕基，庶政方親，前徽是景，明煙大典亟宜肇修，敬遣遄官，代將牲帛爰昭殷遮之忱，聿偁飲崇之禮，伏惟格歆，尚其鑑享。”意爲自古以來的帝王，上承天命，登上帝位，權威至極點，但上帝是要他爲民建功立業、治理好國家，繼承好歷朝歷代好的典章，這樣才能功垂千史。“我康熙受先帝之傳位，兢兢業業，爲民親政，今天前來向你洪武帝靈前祭祀，你定的明朝諸多法典中，在繼承中有的地方我要作些修改，現帶了文武百官爲你獻上糧食和牲帛，行最崇高的禮義，願天下永享太平繁盛。”
康熙二十三年(1684年)十月二十五日，康熙帝到南方巡視，爲了爭取江南士大夫的支持，在途中，他祭禹陵、祭孔、祭明太祖陵，以拉攏江南的士大夫及明遺民，取得了極好的效果。十一月初一，抵達江寧(今南京)，初二一早，就派遣內閣大學士席爾達一起前往明孝陵祭明太租。康熙極爲推崇明太祖朱元璋，爲了表示對朱元璋的尊敬，他由甬道旁前行，並行三跪九叩禮至二門外，又於寶城前三奠酒，當時南京的父老百姓數萬人在場，一個個感動得流淚。
康熙維護修理明故宮
康熙二十八年(1689年)二月，康熙第二次南巡至南京，以吉祥街織造署爲行宮，又一次親自祭奠明孝陵，並賞賜了守陵人。
康熙三十八年(1699年)正月，淮揚一帶水患成災，康熙帝下詔南巡。二月車駕到達淮安境內後，康熙親自上河堤視察，吩咐掌管河工的河臣修築方略，又特命開倉發粟，賑恤受災州縣。四月，康熙一行到達南京，南京軍民夾道跪迎。康熙進城後的次日便派遣兵部尚書席爾達祭明孝陵，並傳諭內閣：“洪武乃爲一代創業君，朕前南巡二次，俱特行祭祀，並親至陵寢禮奠。今巡幸至此，當自往親祭。”大學士伊桑阿.阿蘭泰啓奏道，“皇上日前去江寧巡查時，已經親臨祭祀，如今就請不必更煩車駕了。”但康熙仍然傳旨道：“洪武乃英雄奮起建功立業之主，不可與他君並，朕當躬往致奠。”隨後，康熙便率諸位大臣親自前往明孝陵祭奠。返程時，康熙路過明故宮，止步徘徊。此時明故宮荒廢日久，昔日輝煌的殿宇已茫然無存，樹荊遍地，荒蕪破敗，康熙慨嘆良久，作《過金陵論》：“……朕省方南來，駐蹕江寧，將登鐘山，酹酒於明太祖之陵。道出故宮，荊榛滿目，昔鳳闋之嵬峨，今則頹垣斷壁矣，昔者玉河之灣環，今則荒溝廢岸矣。”第二天一早，康熙命令直郡王、誠郡王率大學士伊桑阿.阿蘭泰、張立書一同前往明孝陵行禮，安奉孝陵殿內，並傳諭道：“朕昨奠洪武陵寢，見牆垣復多傾圯，可交與江蘇巡撫宋輦、織造郎中曹寅會同修理，朕御書‘治隆唐宋’四個大字，交與織造曹寅制匾懸奉殿上，並行勒石，以垂永久。”隨後，康熙又命直郡王、誠郡王和大學士修建重整明孝陵殿內，但修整時遇到連續陰雨，導致貽誤工期，至秋涼時工程才結束。
康熙帝的這一舉措受到省文武官員及南京城中父老子弟的擁護，施工期間，前去明孝陵觀看者猶如潮涌。大大緩解了當時漢人對清政權的不滿情緒，進一步鞏固了清王朝的統治。
如今明孝陵殿前的御碑殿內陳列的五塊石碑，正中的一塊就是康熙三十八年康熙帝———愛新覺羅.玄燁所立。
康熙四十二年(1703年)二月，康熙第四次南巡至南京，入住在吉祥街(今大行宮)織造行宮內，派遣大學士馬齊祭明孝陵。
康熙四十四年(1705年)四月，康熙第五次南巡，入南京城後，入住在吉祥街行宮內，派遣尚書徐潮祭明孝陵。康熙的車駕東行，路過明孝陵，從樂角門進入，對諸臣說：“非爾等道，引有秩，特朕之敬心耳。”接着便率領諸位皇子以及大臣侍衛等入明孝陵行禮。
康熙四十六年(1707年)三月，康熙第六次南巡至南京，仍然入住吉祥街行宮，康熙親自率領文武百官祭明孝陵，至大門下輦，由東陛升殿。這是康熙最後一次祭奠明孝陵。
康熙在位六十一年，六次南巡，六次祭奠明孝陵，一直被世人傳爲佳話。
