朱元璋是歷史上有雄才大略的一位皇帝。爲保證封建統治的長期穩定，明太祖年實行了分封制度。在腹部和邊境地區，二十四個兒子和一個孫子被封爲王。他們被要求主持軍事事務和平息邊境紛爭。所有的封建諸侯都在封建領土上建立了皇宮，設立了官員，並命令“少衛兵三千人，多戰士一萬九千人”。
但他害怕諸侯勢力的擴張對中央集權的威脅，申諭藩王“只分等級，不分人民，分諸侯，不分疆土”。在最初的分離中，諸王尚幼也起到了穩定邊界的作用。但隨着年齡的增長和權力的增強，他們開始突破這些限制。特別是燕王朱棣，擁兵10萬人，寧王朱權鎮守大寧，“盔甲18萬，皮車6千輛”，成爲對抗中央政府的分裂勢力。早在1376年(洪武九年)之前，山西平遙訓導葉伯巨就已上書明太祖，並以西漢“七國之亂”和“西晉八王之亂”作爲警告。然而，陰太祖沒有聽取建議，而是以“斷了我的骨肉”的罪名處決了葉伯巨。
1392年(洪武二十五年)，太子朱標去世，明太祖按照嫡長子繼承製，讓朱標兒子朱允炆爲皇太孫，作爲皇位繼承人。1398年(洪武三十一年)，71歲明太祖病死，朱允炆登基，被稱爲建文帝。他以集權爲第一要務，實行消藩政策，並向東方官大臣齊泰作軍事報告，輔以教師黃子澄作太常寺卿，參加了軍事工作。當時，北邊諸侯大部分都擁有重兵，鎮守的邊將都服從了他們的約束。尤其是燕王朱棣，不僅擁有10萬人的兵力，而且“智勇雙全”，早已有了雄心壯志。皇宮裏製造了祕密武器，私印了玉璽，徵兵買馬。朱允炆繼位後，與齊泰、黃子澄討論。因爲燕王是強大的，他決定先切斷燕王的手腳，削弱較弱的藩王，然後消滅燕王。洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他與燕王呵成一氣，於是決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發父親謀反，於是派曹國公李景隆以備邊之名經過開封，將周王全家押回南京，廢爲庶人，遷往雲南蒙化 (今雲南巍山)。
建文元年(1399年)四月，削齊、湘、代三位親王，廢爲庶人。湘王不堪受辱，爲保名節舉家自焚;齊王被軟禁在南京;代王被軟禁在封地大同 。兩個月後，削岷王，廢爲庶人，徙漳州 。
燕王朱棣是明太祖的第四個兒子，他長時間鎮守北平。在保衛邊疆戰爭中，他屢屢取得非凡成就。1399年(建文元年)，他曾利用朝賀改元的機會，親自前往南京，密切關注虛實，以尋求對策。在回北平之後，他假裝病得很重，臥牀不起，但事實上，他聚集了自己的力量，並積極準備奪取王位。
燕王朱棣起兵造反，援引《皇明祖訓》，號稱清君側，指國君身邊的齊泰和黃子澄爲奸臣(謀害皇室親族)，需要剷除，稱自己的舉動是，爲國"靖難"(意爲"平定國難")，並上書於惠帝朱允炆。明建文帝派耿炳文、李景隆先後率領北伐軍，都被朱棣靖難軍擊敗。靖難軍很快佔據了河北的大部分，但進入山東後，遇到了盛庸、鐵弦等部的頑強抵抗，經過三年的反覆鬥爭，1404年(建文四年)，朱棣攻陷揚州，進而擊敗長江守軍，攻入南京，建文帝下落不明。齊泰、黃子澄、方孝儒被處死。歷史上，這場戰爭被稱爲“靖難之役”。
燕王朱棣成爲皇帝，改元永樂元年，稱爲明成祖。他採取了一系列措施，繼續加強封建專制統治。首先，繼續消藩。明成祖被封王奪地，深感擁兵自重的封王威脅中央政權，繼續實行消藩政策，使封邑王成爲食衣稅的寄生蟲，把軍事力量的進一步集中在皇帝手中。終明一朝，雖然有一兩個諸侯王分裂，但沒有導致國家分裂的情況。第二，建立內閣。明成祖即位初期，允許翰林院解縉等大學士協助皇帝處理政治事務，提高了文官的地位。因爲內務宮處午門之內，所以被稱爲內閣。內閣有5到7名大學士，但他們的地位很重要。內閣沒有官僚或絕對官員，也沒有決定權。重大事務仍然由皇帝決定。第三，將首都遷到北京。北平原是明成祖的主要土地。
靖難之役之後，明成祖繼續削減藩王，這樣一來，北方邊疆防禦系統就空了。爲了能夠有效地控制北方，明成祖決定遷都。1408年(永樂元)，改北平爲北京。北京城和大運河的大規模建設始於1406年(永樂四年)。明成祖從全國招收了20萬名工匠和100萬役夫，歷時15年，建成雄偉壯麗，具有世界視野的北京城。1421年(永樂十九年)，明成祖搬遷北京，將南京改爲留都，所有機構仍設置其中。此後，北京成爲明朝的政治、軍事、經濟和文化中心。明成祖遷都北京有利於抗擊北方蒙古貴族的侵擾，控制東北地區，對進一步鞏固北方邊防，維護民族團結具有積極意義。
