約德爾將軍和另一位德國代表漢斯·格奧爾格·弗裏德海軍上將。盟國代表嚴肅地問德方，他們是否理解德國應遵從的投降條款。他們答覆稱是。約德爾將軍在無條件投降書上簽字後說，他想講幾句話，即獲准。他用低沉的德語說：“簽字之後，德國人民和軍隊的福禍吉凶，就由勝利者決定了。”他繼續說：“在這場延續5年多的戰爭中，他們得到的也許比其他任何國家和人民多，但同時遭到了更多的苦難。”
約德爾德國在投降時請求戰勝國對德國人民與軍隊寬大爲懷。但他忘了德國無情地進攻，挑起了這場世界大戰，進行侵略並建立慘無人寰的集中營。投降儀式結束後，爲了表彰約德爾將軍在萊姆斯城的表現，乘着官方攝影師在場之時，鄧尼茨授予他騎士十字勳章。
不久約德爾被逮捕，一開始，約德爾並未在盟國的所有戰犯名單之內。但是俄國人堅持己見，他們想要指控他把希特勒的幾乎肆無忌憚地施加暴行的命令轉發到在俄國的德國部隊。美國人根據傑克遜所主張的集體犯罪理論，終於決定要他完成一份被告名單，這樣，戈林代表納粹領導集團和空軍，亞爾馬·沙赫特代表工業界，凱特爾代表總參謀部，鄧尼茨代表海軍，卡爾登勃魯納代表黨衛軍，而約德爾則代表陸軍。
在法庭上約德爾極力爲自己辯護，最終，阿爾弗雷德·約德爾陸軍上將被控犯有破壞和平罪：戰爭罪和反人道罪，並參與制定或執行犯有這些罪的共同計劃和陰謀。
因犯有《歐洲國際軍事法庭憲章》規定的破壞和平罪、戰爭罪和違反人道罪，被判處死刑。但約德爾已被處死6年後，慕尼黑主審法院重新審理了約德爾於紐倫堡的4項主要罪行，結果被認爲是無罪的;才撤銷他的4項罪行，被宣判無罪。
約德爾被逮捕並移送至弗倫斯堡的戰俘營，不久被移送至國際軍事法庭—紐倫堡大審審理其罪行。約德爾被起訴反和平密謀罪、侵略計劃實行罪、戰爭罪和危害人類罪四項罪行，除了指控他計劃戰爭的侵略行動外，還有他簽署的突擊隊命令和納粹黨政委行政命令;這2道命令使得許多戰俘被處決。此外，約德爾還有非法驅逐和教唆執行將丹麥人和猶太人等羣衆送往集中營的紀錄。儘管約德爾極力否認此事，但法官仍以被提出的證據來說明他與此事的涉入關係。
他的妻子露意絲同律師一起參與了約德爾的辯護，露意絲曾指出，在許多指控約德爾罪行的證物被提出時，控方卻拒絕給予辯方任何相關證物，而約德爾自辯時要求的證物和證人也不齊全。即使如此，約德爾也提出了部份指控無罪的證明，如1933年曾幫助希特勒掌控德國。 法院對於他執行希特勒命令的指控，約德爾表示自己僅是服從命令，而控方也提出許多約德爾曾說過的爭議言論(如對元首希特勒的崇拜)，對此約德爾並無迴應，但絕不認罪，即使是“在上帝、在歷史和我的人民面前”。
關於約德爾的刑罰，盟軍之間有些爭議，蘇聯則是強烈要求死刑，約德爾最後也被如此判決;雖然他曾要求法庭執以槍決，但被拒絕而處以帶有侮辱性質的絞刑(與凱特爾相同，於1946年10月16日行刑)。約德爾生前的最後一句話是：“我向你問候，我的德國。”說完後18分鐘約德爾就被處死。
他的遺體於慕尼黑火化並將骨灰撒入伊薩爾河的一條支流(爲了防止以後有人前來弔唁或是民族主義者於該處建立起集會地點，如墨索里尼的墳墓設於意大利普雷達皮奧)，最後他的家人爲他在女士島(Frauenchiemsee)公墓立一個墓碑。
紐倫堡對約德爾的判決引起了美國軍界的爭議。在1953年2月28日，慕尼黑主審法院(München Hauptspruchkammer)重新審理了約德爾於紐倫堡的4項主要罪行，結果被認爲是無罪的;法國法庭庭長亨利·德·瓦布爾(Henri Donnedieu de Vabres)也宣佈1945年對其做的判決是錯誤的，並將自1946年收押的財產歸還給他的遺孀。
約德爾的有罪判決到了1953年被巴伐利亞州長消去(有不少西方盟軍將領支持)，當時約德爾已被處死6年，才撤銷他的4項罪行。
