1794年熱月政變之後，法國進入熱月黨人統治時期，接着熱月黨人組織了督政府。在督政府時期，法國政治舞臺上出現了拿破崙。1796年4月，拿破崙遠征意大利成功，1797年10月拿破崙又通過坎波.福米奧停戰協定使奧地利屈服，法國的下一個目標就是英國。爲了打敗英國，1798年拿破崙遠征埃及，英國爲保住蘇伊士運河並最後戰勝法國，準備組織新的反法聯盟。1798年9月9日土耳其向法國宣戰，同年12月29日英國、那不勒斯、土耳其和俄國結成聯盟，並在意大利發動進攻，這是第二次反法聯盟的雛形。1798年11月由奧地利指揮的那不勒肆部隊攻佔羅馬，但1799年1月又被法軍奪回，法奧之間處於戰爭狀態了。這樣，到了1799年春，英、俄、土、奧、那不勒斯組成的第二次反法聯盟形成了，戰事也由此全面展開。 1800年法國第一執政拿破崙與第二次反法聯盟重新開戰。同時俄國與英國絕交，與瑞典、丹麥、普魯士等國簽定旨在反對英國的條約。霧月政變後，儘管俄國已經退出戰爭，但聯盟中的英國和奧地利仍擁有強大的實力。特別是奧地利，由於俄國蘇沃洛夫遠征意大利擊敗法軍，在俄國幫助下奧地利重新控制北意大利。1800年8月的馬倫哥戰役之後奧地利被迫求和，在1801年2月9日法奧簽定呂內維爾和約之後使第二次反法聯盟更加瓦解了。接着法國又與那不勒斯簽定佛羅倫薩和約，與葡萄牙籤訂馬德里條約，與俄國簽定巴黎和約。這樣，第二次反法聯盟的英國完全孤立了。英法於1802年3月27日簽定亞眠和約結束了第二次反法聯盟。
法國革命後，法國共和政權還未穩固，法國政府對外一直設法避免刺激毗鄰的君主專制國家。奧地利只是暫時的和局部的被法國戰敗，其實力在總體上仍強於法國。沙皇保羅一世也因反英親法的政策遭到刺殺。第二次反法聯盟最後由於各國的分裂而分裂，卻讓拿破崙、亞歷山大一世等人真正登上歐洲政治的舞臺。
而馬倫哥戰役就是在這種情況下發生的1799年法軍在意大利和萊茵地區的戰場上連番失利，拿破崙取得統治法國的權力，成爲第一執政後，便部署反擊。1800年5月，拿破崙率領一支37,000人的部隊，越過阿爾卑斯山，進入意大利北部，支援被奧軍困在熱那亞的法軍。熱那亞被奧軍攻陷後，拿破崙決定與奧軍正面決戰。6月9日，法軍在芒泰貝洛擊敗奧軍，奧軍統帥米高·馮·梅拉斯元帥憂慮補給線遭切斷，重整部隊，但是他沒有立刻攻擊法軍。拿破崙誤判奧軍將要撤退，便從自已的部隊中撥出兩支分遣隊，一往南，一向北，試圖攔截奧軍。怎料奧軍這時才發動攻擊，叫拿破崙措手不及。
