進京後的李自成等農民軍高層有些小富即安、不思進取的滿足感 。小農思想固有的自私與狹隘迷住了這些曾經雄心萬丈、嫉惡如仇的西北漢子們的雙眼。他們雖然佔據了明皇都，但並無長遠目標，也從未制定任何規章制度，既沒有安撫前明遺老舊吏，更不思恢復京城秩序。
李自成佔據北方，滿清佔據關外和蒙古，明朝殘餘勢力依然佔據兩淮以南的半壁江山，他們擁立福王朱由崧爲帝，建立了弘光政權，此後先後還有隆武政權、紹武政權及永曆政權，加上連國號都沒有的魯王政權，這些形形色色的明朝延續政權，被統稱爲南明。
南明立國時基本策略是滿清一起絞殺農民政權，對滿清的野心和威脅缺乏認識和準備，加上內部矛盾重重，皇帝缺乏權威，同時並存的幾個政權相互拆臺，所以大部分都只堅持了十幾年就被滿清分別消滅，最後的明朝殘餘勢力在臺灣堅持到1683年。
李自成退居湖湘，他的手下還有40餘萬兵馬，駐九宮山一帶至少也有數萬人，說他僅帶20名親信，與事實明顯不符。況且，如果李自成真的被殺，他的兒十萬大軍豈能善罷甘休?九宮山能平靜嗎?然而，事實上，當時九宮山很平靜，那幾十萬大軍也很平靜。因而，從反面證明，李自成未死!這種平靜只是他的一種掩護，是他的命令。
或許因爲這九宮山一帶有着它的玄妙之處，李自成和他的軍隊藏在這九宮山之中過起了''世外桃源''的生活，又或者李自成是改名換姓了。當然了，這些只是我們對李自成最終結局的猜想罷了，並沒有什麼具體的歷史依據。
還有人認爲李自成率軍到九宮山一帶，此後幾十萬大順軍像蒸發一般便失去蹤跡全沒了，關於李自成的結局到底怎麼回事至今也成謎。崇禎十二年，李自成經過三年的準備和恢復，再次反攻大明，一路大捷，隊伍聲勢壯大，又得諸多賢人相助，很得勞苦大衆的擁護。記得小學課本《李闖王渡黃河》吧，天助闖王，黃河結冰。。。但是這麼一位人物一直備受後人爭議。對於幾十萬人馬消失原因我個人認爲會不會象當年諸葛亮率軍徵南蠻一樣，也曾進入瘴氣林，受大自然一氧化碳中毒了呢，由於不及時防範和不熟悉地理，結果困毒而亡。
