《清實錄》中，有關八旗圈佔北京城區房屋的記載，見於順治元年六月十日(1644年7月13日)一條，其文爲：“攝政和碩睿親王諭：京城內官民房屋被圈者，皆免三年賦稅。其中有與被圈房屋之人同居者，亦免一年”。此時，清軍進入北京僅只五週。由此可知，圈佔城區民房自八旗進入北京就開始了。
同年十月，順治在定鼎北京的即位詔書中，專門將“京都兵民分城居住”列爲“合行條例”之一。這是清政府第一次明確提出“滿、漢分城居住”，並申明是“原取兩便，實不得已”。此外，還規定了具體的政策，即“其東、中、西三城官民已經遷徙者，所有田地應納租賦，不拘坐落何處，概準蠲免三年，以順治三年(1646)十二月終爲止。其南、北二城雖未遷徙而房屋被人分居者，所有田地應納租賦，不拘坐落何外，準免一年，以順治元年(1644)十二月終爲止”。從此詔書中可知，分城居住起初是由東、中、西三城開始的。其時，內城中的北城漢族居民尚未遷徙。滿族統治者爲了安排八旗的住處，強行圈佔民房，使漢族居民陷入流離失所的困境。儘管清廷有蠲免租稅的政策，不過是杯水車薪，實難補償遷居漢民蒙受的巨大損失。
在“首崇滿洲”的政策下，未遷徙的漢人與八旗的矛盾也在日漸激化。 順治三年(1646)二月，清廷把“京城內盜賊”的出現，歸因於“漢人雜處旗下”’嚴格規定“嗣後投充滿洲者，聽隨本主居住;未經投充，不得留居旗下”。順治五年(1648年)時，城內滿、漢居民之間的關係更加緊張，“爭端日起，劫殺搶奪，而滿、漢人等彼此推諉，竟無已時”。面對這種形勢，清廷認爲：“遷移雖勞一時，然滿、漢各安，不相擾害，實爲永便”，於同年八月十九日（1648年10月5日），最終頒佈了“凡漢官及商民人等盡徙南城”的諭令。
這次遷移居民包括所有尚在內城居住的漢人，不論官、民、商賈;唯有“八旗投充漢人”、“寺院廟宇中居住僧道”，以及“看守倉庫”且在衙門內住的書辦吏役，方爲例外。換言之，京師內城不允許有漢人民宅。 清廷還規定了具體的遷徙辦法，即：其原房或拆去另蓋，或貿賣取價，各從其便。由戶、工二部“詳察房屋間數，每間給銀四兩”，“令各親身赴戶部衙門，當堂領取”。“定限來歲歲終搬盡”。同年十月，清廷又做了些補充規定，除“原房聽其折賣”和“按房領給銀兩”外，“有地土者，準免賦稅一年;無地土者，準免丁銀一年”。遷出內城的漢人，由工部同五城御史查南城(即正陽門外的外城)官地並民間空地，給予營造房間。
美國學者魏斐德先生在《洪業——清朝開國史》中認爲滿清統治者實行分城居住政策，還有懼怕天花的原因。書中這樣描述：漢人被從這一區域（內城）趕了出去，被迫到城南尋找居所。由於1644年天花的傳染率特別高，由於滿人相信只要與漢人接觸就會染上這種疾病，許多漢人被趕到農村去了，過上了長期的隔離生活。儘管京師的一些富裕糧商捐谷接濟難民，但這種大規模的種族遷居，仍然引起了極大的困難與怨恨。
清廷關於旗、民分城居住的政策，使清代北京的城市格局和社區分佈截然不同於此前歷代，對京師的政治、經濟、文化生活都產生了重大影響。
這項分離居住的政策不止在北京實行，《洪業——清朝開國史》一書中，有這樣的論述：總共有34個“韃子城”在中國北部建立起來了。它們是分立的，有高牆環衛的營防，或處於原有的城牆之內，或處於其外而與之並峙。並且，建立這種營防的最初後果，是激起了本來想利用它加以鎮壓的動亂。書中評論這項政策：在許多人看來是專制暴行的種族分隔法令，在多爾袞看來確實恢復北京的安定和睦的最合乎邏輯的措施。
