一是正常死亡。官方記載說雍正是忽然發病身亡。作爲第一手資料的《起居注冊》中是這樣記載的：“八月二十一日，上下豫，仍辦事如常。二十二日，上下豫。子寶親王、和親王終日守在身旁。戌時皇上病情加重，急忙在寢宮發佈遺詔給諸王、內大臣及大學士。龍馭上賓於二十三日子時。由大學士宣讀硃筆諭旨，着寶親王繼傳。”由以上史料看來，雍正的病應當是一種急症，有人推測雍正可能是中風而亡。
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二是被刺身亡。這也是民間最廣爲流傳的一種說法。例如《滿清外史》、《清宮遺聞》、《清宮十三朝》等等記載說呂留良的孫女呂四娘刺殺了皇帝。由於清朝政府採取民族高壓政策，鎮壓了好幾起漢人的造反，後爲達到殺雞儆猴的效果，雍正殺死了很多漢人的全族，以警世人。呂留良文字獄正是雍正六年發生，十年十二月，留良、葆中父子被處死。其親人也被嚴加處置，另一子毅中斬決，孫輩發配極邊爲奴。傳說呂留良的孫女四娘以宮女身份混入皇宮侍奉皇上，伺機行刺。還有傳說四娘在呂案發生後逃亡外地，練就一身功夫潛入宮內，以飛劍砍去清帝腦袋。還有人傳說除四娘外還有一位名爲魚孃的女子做幫手。
雖然這些僅爲傳說，但即使下筆謹嚴的學者，在提到世宗死時，也會提及這些傳聞。但有人認爲這種行刺之說純屬謠言，並舉出例證。一、呂案發生後，其家人皆受罰，無漏網之魚。二、四娘根本不可能混進宮。呂氏的孫輩在寧古土基成爲奴隸，犯大罪的人犯多是這樣下場。所以四娘不可能混入宮內。三、圓明園內戒備森嚴，設護軍營，一個女子根本不可能飛檐走壁，穿過晝夜的巡邏和森嚴的戒備，輕易地就進入寢宮，刺殺皇帝。因而，雍正遇刺身亡的說法便受到了一定的質疑。
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於是就有了第三種說法，認爲雍正是服丹藥中毒而亡。這是從宮中檔案等資料中推出的結論。雍正生前崇佛信道，迷信鬼神，“所交多劍客力士”，在宮中也曾蓄養了一些僧道異能之士，甚至與他們結交爲兄弟。雍正從雍正四年開始服用道士煉製的既濟丹，雍正八年得大病後，又命道士爲他煉製丹藥療疾，及至雍正十三年八月，他傳旨在圓明園用牛舌頭黑鉛二百斤煉煮。照這種情況看，很有可能是由於丹藥中有毒成分在體內長期積聚，或者是那二百斤牛舌頭黑鉛，終於使雍正帝中毒死去。
而這些都是可以找到佐證的。首先，雍正死後第三天，乾隆登基後忽然下諭旨將煉丹道士驅逐出宮。讓人疑惑的就在這裏，新君剛登基，尚有衆多事務待理，爲什麼急於驅逐數名道士呢?乾隆還說其父視僧道如俳優，未聽一言，未服一藥，這顯然在爲父親辯解。如果雍正不信道，不服藥，宮裏的道士和丹藥是如何而有?他顯然在爲父親辯解。如果雍正不信道，不服藥，宮裏的道士和丹藥是如何而有?他又說這幾個道士早就該受驅逐，但爲何世宗容忍他們在宮中?乾隆如果爲的是崇正道、黜異端，就應該加以排斥，然而他卻沽沽自喜地稱：“朕崇敬佛法……仰蒙皇考嘉獎，許以當金法會中契超無上者，朕爲第一。”而且，還善待超盛、元日二僧讓他們來京瞻仰梓宮。
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其次，乾隆在同日另下諭旨諭告誡內監、宮女不許妄行傳說國事，“恐皇太后聞之心煩”，“凡外間閒話，無故向內廷傳說者，即爲背法之人”，“定行正法”。這些讓人明顯可以看出來此事必與世宗橫死有關，否則爲何皇太后所見外間閒話會心煩?
雍正帝的死因因各種流傳而蒙上了神祕的面紗，變得更加撲朔迷離，讓人難辨真假。懸案尚未解開，看來，雍正的死還會繼續引起人們探討的興趣。
