關於南明政權的定義，普遍的觀點是明末北京失陷後朱姓宗室在南方建立起來的諸政權。主要有福王弘光政權，唐王隆武政權，魯王政權，唐王紹武政權，桂王永曆政權，韓王定武政權，其中影響較大的是福王和桂王政權。順治元年（1644）五月十五日，福王朱由崧在丹陽總督馬士英等人擁戴下，在南京稱帝，建元弘光。福王政權一方面抵禦清軍南下，一方面繼續剿殺農民軍。
順治二年春，清軍始攻福王。福王政權內部正在進行激烈的黨爭和內戰，只有兵部尚書史可法督師江北，堅決抗戰，死守揚州。清軍攻下揚州，殺害了寧死不降的史可法，並實行屠城。五月清軍佔南京，俘虜福王。弘光政權僅僅維持一年就滅亡了。當年六月，故明官吏、縉紳錢肅樂等扶植魯王朱以海監國於紹興，建立政權。魯王依據錢塘江天險，與清軍相持一年，至順治三年五月紹興城破，魯王出走而覆滅。在魯王監國的同時，故明官吏黃道周和軍閥鄭芝龍等迎唐王朱聿鍵在福州稱帝，建號隆武。但兩政權不能合力抗清，反而互爭“正統”，彼此水火不容。清廷誘降了擁有重兵的鄭芝龍，在攻下兩浙之後兵入福建，消滅了隆武政權。順治三年十一月，故明官僚蘇觀生等人擁立隆武帝的弟弟朱聿鍵在廣州稱帝，年號紹武，而僅過了 40 多天清軍攻陷廣州便滅亡了。
紹武政權創立的同時，由兩廣官吏瞿式耜、丁魁楚在肇慶擁立桂王朱由榔爲帝，改元永曆。初期與廣州唐王紹武政權互爭“正統”，清軍乘其內戰，攻入廣東，桂王奔逃於兩廣。此後由於抗清堅決的何騰蛟、堵胤錫、瞿式耜等將領力戰，並得到大順軍、大西軍的支持，政權方得以維持。清順治十六年(1659)正月初三，吳三桂數十萬大軍分三路連通昆明。南明小朝廷只得棄滇都昆明，經保山、騰衝一路敗退進入緬甸。雖然南明的大西軍戰事一再落敗，但在此期間卻冒出了一個驍勇善戰的羅姓將領，此人的第十代子孫羅星漢成爲後來威震金三角的大毒梟。
《明史》記載：朱由榔帶1500餘人由騰越 (騰衝)西逃，進入緬甸瓦城 (即曼德勒近郊的古都阿瓦)，觀望形勢的緬王慰留貴客於緬北山區。1661年緬京老王駕崩，新王莽白繼位，他看清形勢，派精兵夜襲，砍死了南明數十名遺臣武將，囚禁了永曆帝。這在歷史上被稱爲 “咒水之難”。1662年，吳三桂率清兵十萬之衆飲馬怒江、直抵緬甸瓦城城郊，莽白立即將永曆帝及其母、妻、妄送交清軍，以免惹火燒身。朱由榔被押解回昆明，囚禁在蓖子坡頭的金禪寺(今利民巷)內。康熙元年(1662)四月，永曆帝被吳三桂用弓弦在今稱逼死坡的地方勒死。南明政權基本瓦解。1664年，夔東十三家軍抗清失敗，首領李來亨全家自焚，大明王朝在大陸地區的抵抗運動結束。
