美菲戰爭，又稱作菲律賓獨立或菲律賓起義戰爭，時間1899年6月2日-1902年7月4日，最終結果美國獲勝，菲律賓第一共和國瓦解。
背景
從1896年開始，爲了反抗西班牙殖民政府，菲律賓革命屢次發生，1898年6月12日宣佈菲律賓獨立，但西班牙和美國政府都不承認，在美西戰爭戰敗後簽訂的《巴黎和約》中，西班牙殖民政府同意把菲律賓轉讓給美國，所以菲律賓革命者的鬥爭矛頭開始轉向反抗美國。
性質
菲律賓獨立戰爭是1896—1902年菲律賓人民爲推翻西班牙殖民統治和反抗美國侵略爭取民族獨立的戰爭。
美軍策略
美國在菲律賓的軍事策略從常規的對抗西班牙改爲對起義的鎮壓。戰略隨對關鍵領域的控制和對平民游擊隊伍的隔離而改變。集中營或“保護區”的使用，而非美軍全面投入戰爭，理論上防止了平民生命的不必要損失。然而，由於惡劣的衛生條件，許多的被拘禁者死於痢疾。
美國政府和媒體通過道德演說的使用來支持美國在菲律賓行動的正當性。美國人利他地捲入與西班牙的戰爭，去把古巴人、波多黎各人，和菲律賓人從殘暴的枷鎖中解放出來。如果他們在菲律賓逗留了太長時間，那是爲了保護菲律賓不受等待美國撤軍的歐洲大鱷的侵擾，和指導他們學習美國式的民主。
菲軍策略
菲律賓的武裝力量估計在80,000到100,000人之間，還有成千上萬的附屬人員。武器和彈藥的缺乏對菲律賓人來說是一個重大的阻礙。菲律賓第一共和國追求的目標，或者說終極狀態，是一個具有主權的、獨立的、社會穩定的，由知識分子寡頭政治領導的菲律賓。阿基諾和他的將軍們的挑戰是維持統一的菲律賓公衆的反對派，這是革命者們戰略上的重心。
菲律賓運作的重心是在戰場維持100,000非正規軍的能力。菲律賓的Francisco Markopoulos將軍把菲律賓的戰爭目標描述爲“並非擊敗美國軍隊，而是造成他們持續的損失。”他們尋求首先使用傳統戰術和增加美國的人員傷亡來促使麥金萊在1900年總統選舉中的失敗。他們的希望是公開承認自己是反帝國主義者的威廉·詹寧斯·布萊恩作爲總統將會從菲律賓撤軍。他們以更好適應拖延鬥爭的游擊戰術來追求這個短期目標。儘管這一目標在短期內鼓舞了革命者，麥金萊的勝利使他們士氣低落並且使許多決心不穩的菲律賓人確信美國將不會很快離開。
結果
1901年3月，在美軍的鎮壓下，菲南部各島先後被美軍佔領。3月21日，菲律賓最後的首都帕拉南失陷後，阿奎那多被俘投降，並使許多游擊區的司令鬥志瓦解而繳械。菲律賓第一共和國失敗，作爲有組織的統一領導抗美戰爭告一段落。1902年7月4日，美國駐菲總督阿瑟·麥克阿瑟宣佈：美菲戰爭結束了。但是，菲律賓人民鬥爭仍未止息。1903年至1908年菲律賓共爆發50多次大的武裝起義，出現近390個反美組織。
