南北朝時代始於足利尊氏自北九州進入京都擁立光明天皇、後醍醐天皇由京都南逃在吉野建立朝廷的1336年，終於兩朝合併的1392年。商品經濟發達，莊園自給經濟加速解體，莊園內部農民自主性高漲，農村自治體出現，農民減租抗暴運動興起。
歷史
1331年，持明院統的光嚴天皇在鎌倉幕府支持下即位，流亡的後醍醐天皇堅持不退位，爲廣義的南北朝時代開始。1333年大覺寺統的後醍醐天皇滅鎌倉幕府後，進行首度王政復古，推行新政，史稱建武新政。由於新政未能滿足武士要求，且僅重用京都公家貴族，故引起軍人們的憤怒。當中倒幕大將足利尊氏更爲不滿，其雖被賜予天皇名字中之尊字，但其有意建立幕府，採取架空皇室的武家政治。
南北朝天皇
1335年，足利尊氏發動延元之亂，強迫後醍醐天皇退位，並立持明院統之光明天皇。光明天皇策封他爲徵夷大將軍，建立室町幕府，是爲北朝之始 。而後醍醐天皇被迫退位後設法逃出，持着天皇象徵的三神器復辟，退往大和(今奈良縣)的吉野，是爲南朝，至此南北朝終於形成，史書稱爲“一天二帝南北京”。
南北朝開始早期，南朝之勢力比北朝更爲強盛，領有奧州、北陸、甲信全境及東海、畿內之大半。1338年北畠顯家、新田義貞先後戰死，北朝勢力首次壓過南朝。1338年至1348年間，北朝逐漸收復近江以西的東國，並於1348年攻陷吉野，南朝朝廷逃至奈良，南朝領土僅餘紀州、大和、河內、和泉、伊勢、伊賀、志摩等地，南朝已無可用之兵。
1349年，足利家因家內直義派、師直派不和，爆發觀應之擾亂，足利幕府爆發一分爲二的內戰。足利直義之子足利直冬在九州起兵，南朝的懷良親王乘機從幕府管治下奪回九州。1351年，尊氏向南朝投降，達致正平一統。1352年，尊氏於關東平定觀應之擾亂，其弟直義不久死去。同年4月，南朝乘尊氏前往東國之時攻入京都，被幕府二代將軍足利義詮撃退，但南朝勢力再度壓過北朝。1355年6月，歸順南朝的足利義冬率南朝方的足利一門再度攻至京都，在與尊氏交涉後，同意撤退。1358年，尊氏去世前，北朝已掌握除畿內南部的整個本州島、四國東部。南朝掌握九州全境、四國大部、畿內南部，南朝從此沒落。1364年，二代將軍足利義詮對畿內南部進攻，被撃退，亦曾一度攻下九州，後又被打退。因內亂不止，義詮在世年間僅攻下和泉、河內、紀伊北部。
1367年，二代將軍義詮逝世，10歲的足利義滿繼任爲三代將軍，因北朝內亂之故，南朝再次興盛。十二年間，北朝亂事被三代將軍義滿一一平定，並策劃了對南朝的反攻。1379年至1384年，北朝奪回四國和南朝在畿內的大片領土，1385年奪回九州。1392年，北朝包圍奈良，南朝後龜山天皇將三神器交給北朝後小松天皇，歷時56年的南北朝時代於焉結束。
至於兩方何者爲正統性，直至20世紀初期，幸德秋水提出當時明治天皇的正統性問題，明治天皇最後作出結論：以南朝天皇爲日本的正統，北朝天皇保留名號，但不列入正統。
時期內天皇列表
公曆 北朝天皇 南朝天皇
1331年 光嚴天皇 後醍醐天皇
1333年 -1336年 後醍醐天皇
1339年 光明天皇
1348年 後村上天皇
1351年 崇光天皇
1352年 空位
1368年 後光嚴天皇
1371年 長慶天皇
1382年 後圓融天皇
1383年 後小松天皇
1392年 後龜山天皇
