雍正帝登位後，對一向結黨謀位、樑鴦不馴的允禩、允禟等採取迷惑麻痹政策，減少自己的統治離心力。是允禩、允禟等不受迷惑，還是剷除他們本是雍正的已定方針?這是雍正朝的又一謎案。
雍正一上臺，就任允禩等四人爲總理事務大臣，總理事務大臣位尊權重，是新朝的核心人物，也是新君的親信。有人認爲雍正帝任用政敵，是他的一個戰略決策。允禩及其追隨者紛紛被加官晉爵，一部分人因而彈冠相慶。允禩晉王爵，其妻烏雅氏的親戚來祝賀，烏雅氏卻說：有什麼可喜的?不知道哪一天要掉腦袋哩!允禩也對朝中的大臣說：皇上今日加恩，不知道哪天會誅殺我的?他們這些當初的儲位鬥爭的當事人都明白，雍正帝是不會放過他過去的政敵的，現在的榮寵是靠不住的、是不會長久的。他們對雍正的這種拉攏性的臨時政策看得很清楚。
果然，雍正不久就對允禟等人加以了整治。允禟生母宜妃的太監張其用違禁做買賣，被髮往土兒魯耕種，允禟的太監也被髮往雲南邊疆當苦役以及給人爲奴。爲允禟料理家務的禮科給事中秦道然，雍正也以其仗勢作惡、家產過於富裕而加以逮捕監禁。雍正對允禟本人也沒有放過，以前線需人爲名，命允禟前往西寧前線。允禟故意拖延，雍正即強迫命令他加快速度。允禟到青海後，年羹堯將城內居民全部遷出，加派官兵監視，實際上是將他監禁起來。允禟派人到河州買草料，宗人府也參奏他違抗軍法。
雍正元年(1723)，哲卜尊丹巴到京師拜謁康熙的靈堂，不久卻染病而死。雍正帝命允?前往送其靈盒、印冊賜奠等。允?不肯離京，先說無力準備馬匹行李，及至出發到張家口外又不肯再走。雍正知道允禩和允?關係很好，命對其議處。允禩說，可行文允?將不行諫勸他繼續前進的長史官責罰，雍正沒有同意。當允禩請求把允?的郡王革去時，雍正帝即斷然將他革去世爵，調回京師，永遠監禁，查抄家產。殺雞給猴看，以爲不聽皇帝命令者戒。
雍正用軟硬兼施的手段對付允禩一夥，把他們分散各地，使他們無法聯絡，動輒得咎。雍正還對他們採取分化瓦解、有拉有打、各個擊破的策略，在繼位之後不久就取得成功。雍正以允禩等諸兄弟“任意妄行”等等爲名，對他們不斷的加以整治，削弱他們的力量，打擊他們。但雍正帝對其他參與過爭奪皇位的兄弟開始時是根據情況區別對待，有拉有打。但在平定青海羅卜藏丹津叛亂、地位進一步鞏固以後，則發生了顯著的變化，主要表現在對允禩的態度上。雍正二年(1724)四月初七諭諸王大臣說，自康熙四十七年(1708)以來，他的無知兄弟們就結黨妄行，惹康熙帝生氣。他繼位之後，不計允禩等的“從前諸惡，惟念骨肉兄弟”之情，但他不知痛改前非，“不以事君事兄爲重，懷私心，由此觀之，其大志至今未已也!”他還命大臣對允禩據實揭發，不許隱諱，展開了凌厲的攻勢。五月，因蘇努、勒什享父子黨庇允禟、允禩，“擾亂國家之心毫無悛改”，革去蘇努貝勒，撤回公中佐領，與諸子發往右衛居住。七月，雍正帝公佈《御製朋黨論》，開始了他進一步懲治朋黨勢力的第二階段。
其間有年羹堯、隆科多問題插進來，延緩了雍正帝大刀闊斧整治政敵的進程。但雍正帝還不時指斥他們，間或處理其中的個別人。待到收拾了年羹堯，調出了隆科多，雍正四年(1726)正月，雍正帝發出了上諭，大力整飭允禩黨人。他歷數允禩的罪狀：“廉親王允禩狂逆已極，朕若再爲隱忍，有實不可以仰對聖祖仁皇帝在天之靈者……當時允禩希冀非望，欲沽忠孝之名，欺人耳目，而其奸險不法，事事傷聖祖仁皇帝慈懷，以致忿怒鬱結，無時舒暢……朕聞之不勝驚怪。是年二阿哥有事時，聖祖仁皇帝命朕同允禩在京辦理事務，凡有啓奏，皆蒙御批，奏摺交與允禩收貯。後向允禩問及，允禩雲：前在要(遙)亭時，皇考怒我，恐有不測，比時寄信回家，將一應筆札燒燬，此御批奏摺藏在佛櫃內，遂一併焚之矣。”
雍正帝揭露允禩爲謀取儲位和皇位已經是一個“不忠不孝、大奸大惡之人”，解決的辦法只有懲治允禩，逐出宗室，削除宗籍。他的同黨允禟、蘇怒等也受到同樣的處分。允禩妻烏雅氏革去福晉，休回母家，嚴加看守。允禟編造似西洋字的十九字頭與家人通信，此時被發覺，抄檢了他的家。
雍正四年(1726)二月，將允禩降爲民王，交所屬旗內稽查，不得依宗室諸王例保留所屬佐領人員，隨之圈禁。貝子魯賓當允禵在西北軍前時，代允禩與之聯繫，以後也被揭發並被圈禁。
雍正四年(1726)三月，允禩改稱“阿其那”，其子弘旺也不配作宗室子弟，改名“菩薩保”，允禟改稱“塞思黑”。“阿其那”、“塞思黑”在滿語中是豬、狗的意思。之後，雍正帝又加快了對允禩黨人的處理步伐。五月，雍正帝向內外臣工、八旗人等頒佈允禩、允禵、允禟等罪狀。允禟被視爲可厭可恨的人，他被都統楚宗從西大通押至保定，直隸總督李紱奉命將之圈禁。李紱將衙門附近三間小房，四面砌牆，置允禟入內，封閉前門，設轉桶傳進飲食，外派官兵看守。時值酷暑，悶熱難忍，允禟帶着鐵鎖、手梏幾度暈死過去。八月，李紱奏報允禟病死。雍正帝說他是服冥誅，罪有應得。顯然，允禟是被害死的。
雍正帝治死允禩、允禟等人，是因爲他們在先朝結黨謀奪儲位，今朝仍然固結不散，變本加厲地企圖製造新君的失誤而獲大位。在宮廷鬥爭中，雍正帝處置了許多宗室王公，削弱了他們的勢力，迫使他們圍繞皇帝的意志從事政治活動。
